Існують дві версії походження прізвища Щукін.
За першою версією прізвище Щукін належить до досить поширеної групи єврейських прізвищ, утворених від назв професій або роду діяльності. У більшості випадків єврейські, так звані, «професійні» прізвища представляють собою просто назва професії незалежно від мови, з якого взято відповідне слово, що утворить прізвище.
Найчастіше такі прізвища створені на основі івриту, їдишу чи німецького, а також слов'янських мов.
Прізвище Щукін походить від російського слова «щука». Мабуть, перший носій цього прізвища торгував рибою.
За іншою версією прізвище Щукін відноситься до так званих «топонімічних» прізвищами, тобто до прізвищ освіченим від назви міста чи містечка, з якого відбувалися перші носії цього прізвища. Причому найчастіше прізвище присвоювалась людині не тоді, коли він проживав в цьому місці, а тоді, коли він переїжджав на нове місце проживання. За людиною закріплювалося певне прізвисько, тому що на питання «Звідки він?» Часто відповідали, наприклад: «Так він з Вільно. Він - віленський (або - Вільнер) ». Таким чином сформувалася більшість топонімічних прізвищ.
Прізвище Щукін сталася від назви села Щуки в районі Лепеля.
У Російській імперії в 19-м столітті прізвище Щукін зустрічалася на території Білорусії.
Більша частина даних по етимології і географії прізвищ на початок ХХ століття взяті з робіт ін. Олександра Бейдер (див. Бібліографію)