Піднімається молдавське національний рух фактично відразу висунуло гасло возз'єднання з Румунією. Активно насаджувалася румунська культура, то звіщали вони ідеологічні та історичні міфи, що використовували в Румунії в міжвоєнний період і в роки Другої світової війни. Однак все це не викликало ентузіазму навіть у великої частини молдавського населення. У пізній радянський період Румунія серед членів РЕВ була країною з найжорсткішим політичним режимом і найнижчим рівнем життя (відрізняючись в гіршу сторону за цими показниками і від Молдови).
В кінці 1980-х рр. повалення комуністичного режиму пройшло тут збройним шляхом і стало початком тривалого етапу політичної нестабільності і балансування на межі громадянської війни.
Посилення позицій молдавських націоналістів викликало стурбованість ще однієї національної меншини - 150 тисяч гагаузів, народу говорить на мові тюркської групи, але сповідує християнство, Компактно розселені в деяких південних районах Молдавії, гагаузи не мали власної територіальної автономії, але могли в радянські часи розвивати свою мову і культуру.
Наслідки цього розпаду для аграрно-індустріальної Молдови носили переважно негативний характер. До того ж республіка не входила в число пріоритетно значущих для країн Заходу регіонів і не могла розраховувати на отримання першочергової допомоги з їх боку.
В знак протесту проти їх дій проросійськи налаштовані депутати вийшли з парламенту і, з'їхавшись в Придністров'ї, проголосили створення Придністровської Молдавської республіки окремо від самої Молдавії. Одночасно оголосили про вихід з неї і про утворення самостійної союзної республіки у складі СРСР гагаузи. Спроби націоналістичних лідерів Молдавії придушити опір Придністров'я збройною силою сформованої ними місцевої поліції викликали у відповідь формування збройних загонів і сутички між ними.
Після розпаду СРСР конфлікт між знайшла незалежність Молдовою і Придністров'ям ще більш загострився.
Роль миротворчих сил було доручено виконувати 14 армії, новим командувачем якої був призначений А.Лебедь. Лебедю вдалося стримати амбіції не тільки молдавських керівників, а й лідерів Придністров'я, на чолі з президентом невизнаної республіки І.Смірновим (колишній директор одного з Тираспольських заводів). Конфлікт був заморожений, проте принципового вирішення так і не отримав.