Дар проповідника, дар зцілення хворих і біснуватих, готовність «душу покласти за вівці своя» залучали до нього численних чад з усіх верств суспільства. Але суворі викриття сваволі місцевої влади та моральної розбещеності пастви викликали невдоволення і озлоблення, внаслідок чого він не раз був битий ледь не до смерті і женемо. Шукаючи захисту в Москві, зблизився там з гуртком ревнителів благочестя. очолюваним царським духівником о. Стефаном Воніфатьевим. До кухоль примикав і майбутній патріарх Никон.
Метою боголюбцев було впорядкування церковного богослужіння, видання справної богослужбової і духовно-просвітницької літератури, а також поліпшення вдач тодішнього російського суспільства. Ставши патріархом, Никон став діяти в протилежному напрямку. Замість виправлення, він став змінювати книги і чин богослужіння по новогрецькою зразкам, виданим в католицькій Венеції. Коли боголюбцев дізналися про це, у них, за висловом протопопа Авакума, «серце змерзло і ноги затремтіли».
Никонівський реформи застали Авакума в Москві, де він служив у церкві Казанської Божої Матері на Червоній площі. Боротьбу за святоотеческое переказ очолив «огнепальний протопоп». Прихильники Никона не гребували найжорстокішими засобами: тортури, заморених голодом, спалення на багатті, все йшло в хід для насадження «затеек» деспота патріарха. Авакум був посаджений «на чепь», потім разом з сім'єю засланий до Тобольська, потім ще далі на схід, в Даурию (Забайкальський край), під початок «лютого воєводи» Пашкова.
«Сице аз вірую, сице сповідую, з цим живу і помираю», - відповідав мучителям святий Христовий воїн.
Беззаконно розстриженими і відданий анафемі, разом зі своїми однодумцями ієреєм Лазарем. Диякон Феодором і ченцем Єпіфаній він був відправлений в далекий Пустозерск, розташований поблизу Північного моря, в край вічної мерзлоти, де в земляній ямі нудився 15 років. Позбавлений можливості усній проповіді, Авакум пише і через вірних людей розсилає по всій Русі послання, тлумачення і розради чадам Церкви Христової. Нині відомо понад 90 творінь святого, і майже всі вони створені в роки пустозерского ув'язнення. Тут же він написав знамените «Житіє».
Слухаючи закликів протопопа Авакума, все більше число російських людей вставало на захист старої віри. Завзятий прихильник нововведень патріарх Іоаким став вимагати страти святих сповідників. Після смерті царя Олексія Михайловича на російський престол сходить його малолітній син Феодор. Протопоп Аввакум шле новому царю чолобитну з закликом повернутися до дідівського благочестя. У відповідь послідував наказ:
спалити пустозерскіх в'язнів «за великия на царський будинок хули».
Православні! Коли таким хрестом будете молитися - у вік не загинете. А покинете цей хрест, і місто ваш піском занесе, а там і світла кінець настане! Стійте у вірі, детушки! Не піддавайтеся лестощів слуг антихристових ...