При вирішенні проблеми достовірного, абсолютно непохитного знання Декарт, як уже говорилося вище, повинен був подолати грунтовне перешкоду, яке представляли ідеї скептицизму. Розчарувавшись в схоластичної ( «шкільної») мудрості, як і в тих навчаннях - алхімічних, астрологічних, натурфілософських, - які прагнули відтіснити схоластику або навіть перекреслити її, філософ і сам підпав під вплив скептицизму, бо якийсь час не вбачав якихось певних контурів нового , зв'язкового і переконливого філософського вчення. Однак таке умонастрій не могло бути тривалим і тим більше остаточним у філософа, який мав могутнім математичним хистом і понад усе цінив достовірність людських знань.
Притаманне скептицизму заперечення можливості знайти достовірне знання було цілком прийнятно для фидеизма, поза і без якого неможлива жодна релігія. Цілком закономірно тому, що деякі теологи XVII в. намагалися використовувати ту сторону скептицизму, яка, на їхнє переконання, послаблюючи домагання науки, зміцнювала релігійну віру.
Сказане пояснює боротьбу проти скептицизму тих видатних філософів XVII ст. які, як, наприклад, Ф. Бекон, використовуючи притаманний скептицизму критичний, антидогматичного компонент, разом з тим прагнули розкрити його обмеженість і неспроможність в запереченні можливості досягти абсолютно достовірних істин науки. Але саме Декарт зробив подолання скептицизму найважливішим питанням своєї методології. Він був переконаний, що рішення цього питання підведе міцний фундамент під його метафізику. Схоластична ж метафізика, положення якої були усвідомлені багатьма філософами як хиткі і сумнівні, теж, вважав Картезий, виявлялася вельми уразливою для критики скептицизму.
Підходи до подолання скептицизму можна бачити вже в «Правилах для керівництва розуму», де йдеться (в гл. XII), що з сумніви Сократа витікала та безперечна істина, що він був переконаний у факті свого сумніви. Абсолютно ясно питання про подолання сумніву поставлений в IV частини «Міркування про метод». Але найбільше значення має та аргументація, яку Декарт розвиває в першому і другому з «Роздумів про першу філософію».
У цьому творі Декарт чудово демонструє прийоми суворої і майстерною аргументації. Загальний його задум полягає в тому, щоб подолати скептицизм зсередини, всіляко загострюючи і навіть підкріплюючи його доводи. Картезий висуває принцип всеосяжного, радикального сумніву (de omnibus dubitandum), згідно з яким в людській свідомості немає жодного абсолютно достовірного, вільного від будь-яких сумнівів факту.
У «Роздумах про першу філософію» відтворюються аргументи античних скептиків (доповнені міркуваннями «нових пірроністов» - М. Монтеня і його послідовника П. Шаррона). По-перше, це аргументи, що розкривають недостовірність зовнішніх чуттєвихсприймань: палиця, опущена в воду, здається зламаною, чотирикутна вежа видали представляється круглої і т. П. Не менш оманливі і свідчення внутрішніх почуттів. Біль, наприклад, люди іноді відчувають і в ампутованих кінцівках. Друга група скептичних аргументів пов'язана з частим відсутністю чіткої межі між реальністю і сном: буває адже, що пережите нами уві сні більш яскраво і вражаюче, ніж пережите наяву. Аргументи, що показують недостовірність чуттєвого сприйняття, виявляють тим самим хиткість наших знань як про зовнішні речі, так і про наше власне тіло. Але ж ми можемо протиставити їм цілком достовірні чисто інтелектуальні математичні істини. Однак і тут помилки не такі вже й рідкісні. Своє всеосяжне сумнів Декарт поширює і на цю сферу. Картезий вдається до припущення про існування такого собі «злого генія» (genius malignus), якому приносить задоволення вводити нас в оману навіть в найвірогіднішою з наук. Гіпотетичне існування цього диявольського початку покликане у Декарта довести до найвищого ступеня заперечення можливості досягти будь-якої було достовірної істини.
Сенс всієї цієї, здавалося б, ультраскептіческой аргументації зводиться до того, що методичне роздум занурює мислячого таким чином людини в безодню сумнівів. Однак скептицизм для Декарта - не самоціль, як для дійсного скептика. Справжній сенс картезіанського скептицизму полягає в очищенні людського розуму від безлічі всіляких забобонів. І якою б глибокою не здавалася нам безодня сумнівів, є момент, що дозволяє її подолати. Це - сам факт сумнівів, що представляють собою прояв нашої думки. Хто має сумнів завжди мислить, навіть якщо це відбувається уві сні, а якщо мислить, то, отже, живе, існує. Звідси знамените висновок Декарта: Я мислю (сумніваюся), отже, я існую (Cogito (dubito) ergo sum). У цій істині, на переконання філософа, ніякий нормальний чоловік сумніватися не може. Її і слід розглядати як вищу, вихідну для всіх наших інтуїцій. Спираючись на неї, Декарт прагне внести в свою метафізику математичну достовірність.