Для більшості технік в ниндзюцу потрібне використання внутрішньої енергії - чакри. Є два джерела чакри: перший - внутрішня енергія мільярдів клітин тіла, другий - ментальна і фізична енергія, що накопичується в результаті ментальних і фізичних тренувань. Також збільшується завдяки подоланню складних життєвих ситуацій. Для того щоб застосувати техніку, ніндзя повинен вміти контролювати і вивільняти ці два види енергії. Кількість чакри, яке поглинає техніка залежить від її складності та майстерності самого ніндзя. Чим досвідченіший ніндзя, тим менша кількість енергії він витрачає на один і той же дзюцу. У тайцзюцу (рукопашному бою) немає необхідності використовувати чакру - так як більша частина атак грунтується на фізичних можливостях тіла шиноби. У ниндзюцу витрати енергії залежать від здатності виконавця до контролю над своєю чакрою. У ніндзя з досконалим контролем вся енергія буде використовуватися за прямим призначенням. Новачки ж витрачають невиправдано багато чакри навіть на прості дзюцу.
Потоки чакри в тілі визначаються системою її циркуляції. Існує безліч найтонших каналів, що з'єднують життєво важливі точки. З їх допомогою ніндзя може перерозподіляти чакру усередині тіла. Якщо якимось чином канали виявляються розірваними, навіть досвідченому медику виявляється дуже складно їх відновити. Система циркуляції чакри охоплює всі внутрішні органи і включає в себе 361 tenketsu (своєрідні вузли, що зв'язують між собою канали протікання енергії). Маніпулюючи tenketsu ніндзя може примусово посилювати чи послаблювати потік чакри. Лише шиноби, що володіє технікою Бьякогана може побачити систему циркуляції енергії іншої людини. Шаринган дозволяє власникові побачити лише основні потоки чакри, але ніяк не всю систему. Комбінація з Бьякогана і спеціального тайцзюцу клану Хьюго дозволяє його представникам атакувати tenketsu противника. Після таких атак потік чакри через tenketsu блокується і ніндзя втрачає можливість використовувати техніку. Крім того, атаки клану Хьюго пошкоджують не тільки tenketsu, але і внутрішні органи. Оскільки ніндзя не має можливості тренувати внутрішні органи нарівні з м'язами, подібні атаки вкрай небезпечні.
Використання чакри
Фокусуючи певну кількість чакри в ногах, ніндзя можуть прикріплювати своє тіло до будь-якої поверхні - наприклад, до дерева або стіні. Також ця здатність дозволяє їм переміщатися по будь-якій місцевості - наприклад, гуляти по вертикальній стіні як по землі. Навик ходьби по воді складніше у вивченні - так як вимагає кращого контролю над власною чакрой. Крім того, фокусуючи енергію в м'язах, ніндзя може тимчасово збільшити їх силу і витривалість.
Крім того, чакра активно використовується в бою. Наприклад, Канкуро створює найтонші енергетично нитки, щоб управляти своїми маріонетками, а Кабуто з її допомогою створює невидимі скальпелі, розрізають внутрішні органи противника. Крім того, за допомогою чакри створюються захисні бар'єри.
Будь-яке гендзюцу ґрунтується на впровадженні своєї чакри в розум і органи чуття противника. Після цього ніндзя отримує практично необмежені можливості по контролю над які потрапили в техніку людиною. Є всього дві можливості нейтралізувати гендзюцу. У першому випадку - ніндзя повинен повністю зупинити потік чакри в своєму тілі. У другому - потрапив в гендзюцу залишається лише розраховувати на допомогу товаришів, що руйнують ілюзії своєю енергією.
різновиди чакри
Синя звичайна чакра:
Звичайна чакра в аніме завжди зображується світло-блакитний, в той час як за описом в манга вона жовтого кольору.
Помаранчева чакра Дев'ятихвостого:
У ті моменти, коли Наруто використовує енергію Демона-Лиса, навколо нього з'являється червоно-помаранчевий кокон, який Дзірайя описує як "плащ"
Зелена - чакра медиків-ніндзя:
Техніка Shousen no Jutsu використовується медиками для зцілення ран союзників. Візуально процес виглядає як зеленого кольору хмара огортає долоні медика.
Рожево-пурпурова чакра села Прихованої Зірки:
Чакра шиноби з села Прихованої Зірки, які пройшли спеціальне тренування завжди пурпурного кольору. По суті, це їх власна чакра, пропущена під час медитацій через спеціальний метеорит, який вважається найціннішим артефактом.
Пурпурова чакра Проклятою друку:
В аніме чакра народився при активації Проклятою друку Орочімару має пурпурний колір.
Біла чакра Хатаке:
В манзі навколо Какаші і його батька Сакумі іноді з'являлася чакра білого кольору.