З одного боку, формулювання закону допомагали державі уникнути правових колізій, пов'язаних з передачею власності церкви, з іншого боку, вони дозволили РПЦ і іншим організаціям претендувати на ті об'єкти, які ніколи раніше їм не належали. Саме така ситуація склалася і з Исаакиевский собором, який до революції належав державі і знаходився в управлінні Міністерства внутрішніх справ.
Закон полегшив передачу релігійним організаціям будівель, які не використовуються безпосередньо для богослужінь. У поняття «майно релігійного значення» увійшли будівлі, побудовані для вивчення релігії, життєдіяльності ченців і тимчасового проживання паломників. У сучасній Росії в таких приміщеннях розташовуються школи, лікарні і установи культури. Порядок передачі майна став заявний, він не припускав спеціальної експертизи на предмет можливості передачі пам'ятника і не вимагав узгодження з Міністерством культури.
Перед прийняттям нового закону в Калінінградській області вирішили скористатися його положеннями в своїх інтересах. Обраний за три місяці до спірного рішення губернатор Микола Цуканов заявив, що в разі вступу в силу нових норм регіон може втратити багатьох колишніх культових споруд. Область буде змушена передати їх колишнім власникам - лютеранам і католикам. Щоб зберегти старовинні пам'ятки, було вирішено передати їх РПЦ, яка не мала ніякого відношення ні до однієї з релігійних будівель в колишній Східній Пруссії.
«Головною умовою договору стануть зрозумілі цілі інвестора або користувача. Якщо якась людина прийде і скаже: "Дайте мені в оренду на 49 років, я щось хороше зроблю", - це несерйозно », - заявили тоді в РПЦ.
Пожежники приїхали через чотири хвилини, але було вже пізно. Історичний пам'ятник не вдалося врятувати. Їм доводилося працювати позмінно через високу температуру, не вистачало тиску монастирської водної системи, воду доводилося качати безпосередньо з річки. Вогонь перекинувся на вежу і галерею, погрожував зачепити Музей дерев'яного зодчества. В кінцевому підсумку була знищена не тільки історична церква, вигоріли різьблені ворота під Зеленої вежею. Саме через них на царство в Москву виїжджав Михайло Романов. Розжарилися даху кутових веж монастиря. Одна з дахів з хрестом впала з десятиметрової висоти на дорогу, ледь не зачепивши людей.
Далі, за твердженнями реставратора, нові господарі храму розкопали сімсотлітня кладовищі. Людські останки з землі вигрібали екскаватором. Кілька коробок з кістками ієромонах монастиря поховав за православним обрядом, решта просто повантажили на самоскиди і відвезли на звалище разом з фундаментом Дмитровського трудового табору (Дмітлага) з стирчать могильними плитами з бетону. Від пропозиції зробити з плит загальну підставу для великого пам'ятного хреста архімандрит відмовився. Також на звалище відправився фундамент невідомої споруди, яке існувало до XVII століття, початкові білокам'яні пороги, частина склепінь погребів і цоколя собору XVI століття. Настоятельські келії XVII століття були повністю перероблені, хоча їх реконструкція пройшла незадовго до «капітального ремонту».
Протоієрей Свято-Троїцького Кафедрального Собору Пскова заперечував практично всі звинувачення в погано проведеної реставрації іконостасу. За його словами, нижній ряд конструкції наситився вологою і при запуску в храмі опалення «зазнав деяких змін». Наявність срібної басми в церкви заперечували, заявивши, що вона була мідної, прибитої іржавими цвяхами. Представники храму списали пошкодження на «слабку» основу.
Якщо раніше собор відкривався рідко і ніколи не працював в дощ, то в нових умовах він функціонує при будь-якій погоді. Нерідко двері відчинені навстіж. І без того пошкоджений іконостас руйнується ще більше. Єпархії передали також унікальну колекцію ікон з давньоруської колекції музею. Кусова стверджувала, що в церкві вони зберігаються з грубим порушенням норм протипожежної безпеки. У Палаці Олега, де збереглися унікальні портали і настінні розписи, РПЦ регулярно проводить обряди хрещення.
Крім того, в віконні рами вставили нові дерев'яні конструкції, а віконні решітки 1688 року замінили на сучасні. Будівельники прикручували металеві конструкції безпосередньо до древньої кладці. Схожа доля спіткала огорожу і ворота храму Іллі Пророка в Черкізово - перебували в аварійному стані огорожу і ворота замінили грубим невдалим.
Кладка стін нижнього ярусу на 90% просочилася вологою, промерз взимку наскрізь, втратила половину товщини. В результаті склепіння храму вкрилися тріщинами, дзвіниця похилилася. Питання про новому вигляді храму, який повністю змінить цілу площу, і про повну перебудову стін залишилися без відповіді. Були пропозиції випробувати новий спосіб підняття храму нема на історичному пам'ятнику, проте представники Москомнаследия схвалили план ремонту.