60 видів риб населяють Байкал. Кормом їм служать ракоподібні, молюски, черви й інші дрібні організми, що виконують свою роботу в екосистемі озера. Через скляне дно прогулянкового катера добре видно «зарості» прісноводної байкальської губки - це найпростіші сидячі тварини зі скелетом з кремнію. Вони, харчуючись мікроскопічними водоростями, яких в Байкалі близько тисячі видів, утилізують органіку, благотворно впливаючи на прозорість води в озері. На губах завжди багато рачків-гаммарусов, яких налічують близько 300 видів. Це і корм для риби, і відмінні фільтратори води Байкалу, і хижаки-трупоеди - санітари Байкалу. Не варто препарувати скелет риб, це успішно і досить швидко роблять рачки-бокоплави «Бормаш» (так їх називають байкальци), а й трупи шукати через тиждень марно, тому що бокоплави вже зроблять свою справу. А кольори ракоподібних разючі: від яскраво-малинового до фіолетового, на глибинах вони безбарвні і сліпі, але з великими вусами-антенами, якими обмацують дно і знаходять собі їжу. З нижчих ракоподібних особливу роль відіграє веслоногий рак епішура байкальська. Цей рак є основним споживачем планктонних водоростей. Сам він становить основу харчування планктоноядних риб, таких, як омуль, желтокрилий бичок, молодь голомянки. Разом з великою різноманітністю інфузорій вони активно беруть участь в процесі фільтрації води. У музеї всі ці «дива» представлені і малюнками, і препаратами, і в живому вигляді.
Власними очима
Живі експозиції музею складаються з двох великих блоків: один - акваріумний, що показує мешканців глибин Байкалу, інший представляє собою дендропарк «каменушка», присвячений рослинному світу Байкальського регіону - особливо рідкісних і зникаючих видів. За задумом дендропарк повинен послужити зразком створення зберігають природне середовище екскурсійних стежок і шкіл для турінструкторов і операторів. Музей має у своєму розпорядженні інтерактивної експозицією під назвою «Батискаф». Вона дає можливість побачити і відчути Байкал, ставши інтерактивним мандрівником в його водне середовище по підводним схилах і дну аж до максимальних глибин, випробувати незабутні емоції і на власні очі переконатися, що життя в Байкалі багата і різноманітна на всіх глибинах. У музеї зараз йде реконструкція експозиції. Концепція розвитку передбачає його перетворення освітній центр, який використовує всі накопичені знання і відомості про минуле, сьогодення і майбутнє Байкалу і Байкальського регіону. У цій новій «сухий» експозиції на великих екранах оживуть мешканці різних геологічних періодів в житті Землі і Байкалу. Вони стануть головною сполучною ланкою елементів, що показують розвиток життя на тлі геологічної еволюції. Такий унікальний природний об'єкт, як озеро Байкал, що є національним надбанням Росії, гідний великого національного музею-акваріума, площею близько 10 тис. Кв. м з 17 великими акваріумами, конференц-залом, освітнім центром, залом підводних спостережень, магазином сувенірів і рестораном. І це питання найближчого майбутнього.