Якщо каріозний процес не зупиняється в межах емалі, а поширюється за емалево-дентинних кордон і поглиблюється в дентин, то розвивається середній, а потім глибокий карієс. При середньому карієсі над дахом порожнини зуба ще є значний шар неушкодженого дентину. Каріозний процес розгортається переважно в межах плащового дентину. При глибокому карієсі процес захоплює і надпульпарного дентин, над пульпою залишається лише тонкий шар дентину, нерідко пігментованого і м'якого. Каріозний вогнище розвивається але напрямку до пульпи у вигляді конуса, вершина якого спрямована до порожнини зуба. Іноді каріозний процес поширюється вшир, уздовж емалево-дентинної кордону, що тягне за собою утворення подритие країв емалі. Каріозна порожнина при цьому набуває різних форм. Вона заповнена харчовим детритом, скупченням бактерій, осколками некротичного дентину. Численні мікроби, що заповнюють каріозний дентин і поширюються по дентинних канальцях, надають карієсу дентину характер інфекційного процесу, що певною мірою пояснюється значним у порівнянні з емаллю кількістю органічної речовини в дентині.
Реминерализация розм'якшеного дентину відбувається за рахунок відкладення мінеральних солей, що надходять з пульпи через відростки одонтобластів. Активність пульпи значно підвищується внаслідок того, що після некротоміі каріозної порожнини припиняється інтоксикація пульпи. У зону м'якого і пігментованого дентину починають надходити з пульпи поживні соки, насичені мінеральними солями. Отже, залишений при глибокому карієсі шар розм'якшеного дентину при певних умовах по може бути причиною подальшого просування каріозного процесу і можливого виникнення пульпіту.
Мікрофлора каріозної порожнини закономірно змінюється при переході від поверхневих шарів до глибоких. Мікрофлора поверхневого шару при кариозном ураженні значно багатшими і різноманітніше мікрофлори глибокого шару.
У кариозном процесі беруть участь дві групи мікробів: група кислотоутворювачами і група розщеплюють білок. Кожна з цих груп бактерій, що діє сама по собі, без участі іншої, не може підтримувати каріозний процес. Якщо внаслідок мінливих умов існування припиняється діяльність протеолітичних мікробів і залишаються тільки ацидофільні мікроби, каріозний процес призупиняється.
І. С. Бетехтін виявив при глибокому карієсі зубів наявність коккових груп в зоні твердого дентину. При гострому середньому карієсі посіви з першої зони каріозного вогнища показали переважання бацилярних груп. У другій зоні були виявлені ланцюжки з різних видів коків, микрококков і одиничних грампозитивних паличок. П. Ф. Бєліков знайшов, що переважаючим мікроорганізмом при глибокому кариозном процесі є стрептокок. Т. Г. Гольдова знаходила в глибоких шарах дентину в якості постійної флори стрептококи, діфтероіди і в незначній кількості мікрококи. О. Г. Даценко, вивчаючи мікробні асоціації при різних формах карієсу, виділила при всіх формах: від 80 до 100% стрептококів. Str. lactis, виділений О. Г. Даценко, мав активними фібринолітичними властивостями і здатністю виділяти в навколишнє середовище гіалуронідазу. Остання сприяє проникненню в глиб тканини стрептококів і, можливо, інших мікробів, що не володіють цими властивостями. При глибокому карієсі О. Г. Даценко виділила в 82-88% випадків молочнокислі мікроби, в 51% - гнильні мікроби. З гнильних бактерій переважала сінна паличка, рідше кишкова. В. Ф. Кускова встановила суттєві відмінності між стрептококами каріозних вогнищ і слини.
Наявність великої кількості (82-88%) молочнокислих бактерій при всіх формах карієсу дає підставу вважати, що вони беруть участь в кариозном процесі. Часте виявлення (38%) Str. faecalis при всіх формах карієсу, його висока здатність до кислотоутворення, властивість виділяти в навколишнє середовище гіалуронідазу, що сприяє проникненню в глиб каріозного дентину, показує, що цей мікроб не є випадковим в кариозном процесі, а грає важливу роль.
Kraus зазначає, що при всіх випадках карієсу він знаходив Рас. acidophilus. Виняток становили випадки дуже повільно протікав хронічного карієсу, коли знаходили тільки Str. lactis. Ацидофільна паличка в зв'язку з сильним кислотоутворенням розчищає шлях іншим патогенних мікробів в кариозном вогнищі.
Клініка середнього карієсу. За клінічним перебігом розрізняють гострий і хронічний карієс дентину (середній або глибокий). Для гострого карієсу характерний швидкий розвиток процесу, виникнення більш інтенсивних болів від подразника. Хронічний карієс характеризується повільним розвитком процесу, незначною інтенсивністю несамопроізвольное болів або їх відсутністю і пігментацією дентину. При гострому середньому карієсі хворий скаржиться на незначні болі, що з'являються в зубі від різних подразників (хімічних, термічних і механічних). Болі виникають під час прийняття їжі, тривають кілька секунд і зникають після усунення подразника. Об'єктивно відзначається неглибока каріозна порожнина з меловидной плямою в центрі і порівняно вузьким вхідним отвором. Каріозний дентин розм'якшений, при екскавації його виникає незначна хворобливість. Зондування дна порожнини майже безболісно.
Вражений дентин має консистенцію хряща, легко ріжеться гострим екскаватором і знімається пастами. Він набуває сірувато-біле забарвлення, злегка пігментований. При хронічному середньому карієсі болю від подразників відсутні або виражені дуже мала. При об'єктивному дослідженні наголошується різної величини неглибокий каріозний дефект. Дентин незначно розм'якшена, часто не екскавіруется, різко пігментований - набуває коричневого або чорного кольору. Нерідко хронічний середній карієс носить стаціонарний характер, процес зупиняється. Завдяки підвищенню функції одонтобластів пульпи спостерігається реминерализация ураженого дентину, який значно ущільнюється, склерозується. Утворюється як би «рубець», що володіє підвищеними бар'єрними якостями, в зв'язку з чим дентин але реагує на зовнішні подразники, що свідчить про наступив одужання.
Клініка глибокого карієсу. Гострий глибокий карієс відрізняється високою активністю процесу, який порівняно швидко просувається в область надпульпарного дентину. У зв'язку з цим не встигає утворитися замісний дентин, який би з'явився бар'єром для інфекції. Нерідко при гострому глибокому карієсі відзначається роздратування пульпи, що характеризується гістологічно гіперемією. Хворий скаржиться на болі, що виникають при прийомі кислої, солодкої, холодної чи гарячої їжі, при тиску їжі на дно каріозної порожнини. Після усунення причини болю відразу зникають. Ватний тампон, змочений в спирті, покладений в каріозну порожнину, викликає ниючий біль, яка негайно зникає після видалення тампона на відміну від болю при пульпіті, коли після видалення тампона деякий час триває тягне біль. Однак болю при глибокому гострому карієс заподіюють неспокій хворому, змушують його зазвичай звертатися за лікарською допомогою. Дуже рідко при глибокому гострому карієсі можуть виникати короткочасні мимовільні болю, що пов'язано з інтоксикацією і гіперемією пульпи. При об'єктивному дослідженні відзначається порівняно глибока каріозна порожнина з розм'якшеним стінками, що мають незвичайне забарвлення. Сірувато-білий демінералізований розм'якшений дентин легко екскавіруется, знімається пластами, як при середньому карієсі. Однак екскавація дентину болюча, як і зондування, особливо дна порожнини.
Хронічний глибокий карієс характеризується повільним просуванням каріозного процесу, в результаті чого поряд з демінералізацією первинного дентину відбувається під впливом захисних сил організму освіту замісного вторинного дентину і реминерализация стінок каріозної порожнини. Хворий скаржиться на незначний біль при прийомі їжі, особливо холодної або гарячої. Нерідко болі під час їжі відсутні, хворий лише відчуває незручності при жуванні. При об'єктивному дослідженні виявляється велика каріозна порожнина з порівняно щільними стінками і дном, що мають темно-коричневий, а іноді чорний колір. Каріозний дентин важко екскавіруется, він щільний, майже завжди безболісний при зондуванні і при препаруванні. Хронічний глибокий карієс розвивається протягом багатьох місяців. Процес може повністю припинитися (але це буває рідше, ніж при середньому хронічному карієсі), набуваючи рис стаціонарного карієсу. Стаціонарний карієс молочних зубів спостерігається рідко.