У 17 років Мері бігла до Європи з П.Б.Шелли; через два роки, коли його перша дружина наклала на себе руки, вони одружилися. У них було четверо дітей, але троє померли в дитинстві.
У травні 1816 року Мері Годвін, Персі Шеллі і їх син їздили в Женеву з Клер Клермонт. Вони збиралися провести літо з поетом лордом Байроном, результатом відносин Клер з яким стала її вагітність. Вони прибули на місце 14 травня 1816 р а Байрон приєднався до них лише 25 травня разом з лікарем і письменником Джоном Вільямсом Полидори. В цей час Мері Годвін просить звертатися до неї як до місіс Шеллі. У селі з назвою Колоньї, поруч з Женевським озером, Байрон знімав віллу, а Персі Шеллі - більш скромний будинок, зате прямо на березі. Вони проводили час за творчістю, катанням на човні і нічними розмовами.
«Літо було сирим і холодним, - згадувала згодом Мері, - невпинний дощ цілими днями не випускав нас з дому». Крім численних тем для розмов, мова зайшла про експерименти філософа і поета Еразма Дарвіна, який жив в XVIII столітті. Вважалося, що він займався питаннями гальванізації (в той час термін "гальванізація" означав не створення металевих покриттів електрогальванічним способом, а вплив електричним струмом на мертвий організм, якої викликало скорочення м'язів і видимість пожвавлення), і здійсненності повернення мертвого тіла або розрізнених останків назад до життя. Навіть ходили чутки, що він все-таки зміг оживити мертву матерію. Сидячи біля каміна на віллі Байрона, компанія розважалася також читанням німецьких оповідань про привидів. Це наштовхнув про Байрона на пропозицію про те, щоб кожен з них написав «надприродний» розповідь. Незабаром після цього, уві сні Мері Годвін привиділася ідея про написання Франкенштейна:
«Мені привидівся блідий учений, послідовник окультних наук, схилився над істотою, яке він збирав воєдино. Я побачила огидного фантома в людській подобі, а потім, після включення якогось потужного двигуна, в ньому проявилися ознаки життя, його рухи були скуті і позбавлені сили. Це було жахливе видовище; і надзвичайно жахливими будуть наслідки будь-яких спроб людини обдурити досконалий механізм Творця ».
Після смерті чоловіка в 1822 вона повернулася до Англії, написала ще п'ять романів, але з Франкенштейном може зрівнятися тільки Остання людина (1826), де описується загибель людського роду в 21 в. від таємничої чуми.
Мері Шеллі видала також поеми свого чоловіка, писала біографії, розповіді і подорожні нотатки.