Гіпотеза, в сенсі наукової методології, є невизначене припущення - про властивості, причини, структурах, зв'язках досліджуваних об'єктів або явищ. В силу своєї предположительности гіпотеза потребує перевірки, в ході якої вона або підтвердиться, або буде спростована. Яка б не виявилася в підсумку гіпотеза - помилкової або істинної - вона має евристичну цінність, тому що в ході перевірки з'являються нові факти, емпіричний матеріал. А значить. наше знання розширюється.
Гіпотези поділяються на загальні і приватні. Загальні гіпотези - про властивості, причини, структурах, зв'язках цілих класів досліджуваних об'єктів. Наприклад, «всі гриби їстівні» або «ні один з котів не літає». Приватні гіпотези - про властивості, причини, структурах, зв'язках окремих явищ або їх груп. Наприклад, «деякі гриби їстівні один раз» або «цей кіт днем літає, тому що господарів немає вдома».
Гіпотези, як правило. робляться щодо поки невідомих властивостей, причин, структур, зв'язків. Однак існує різновид гіпотез, в яких всі явища вже відомі і добре вивчені. Такий різновид гіпотез називається гіпотезою ad hoc (для даного випадку). Особливий різновид гіпотез - гіпотези «робочі». Робоча гіпотеза - це навіть не припущення, це скоріше «спрямовуюча ідея», яка не потребує ні в обгрунтованості, ні навіть часто в строго логічної формулюванні. Це, власне, гіпотеза про шляхи до гіпотези.
Гіпотеза лежить в основі так званого гипотетико-дедуктивного методу, характерною особливістю якого є виведення з посилок гіпотези тверджень, що суперечать відомим фактам або істинним твердженням, з їх подальшою експериментальною або теоретичної перевіркою.