Справжнім бичем для тодзама стала система заручництва (Санкін Кота), яка була офіційно введена третім сьогуном Токугава Іеміцу в 1634 р Іеміцу ні винахідником системи Санкін кота. Спроби ввести її робилися і раніше. Наприклад, ще Тойотомі Хідейосі зобов'язав сім'ї всіх дайме жити не в князівствах, а під постійним наглядом в Осаці і Фусімі - офіційних резиденціях диктатора.
Поліцейська система мецуке
Для нагляду за діяльністю всіх верств населення і, в першу чергу, за тодзама-дайме була створена потужна система розшуку і таємної поліції. Особливе місце в ній займали особливі чиновники, які називались «мецуке» - «чіпляють до очей». Діяльність мецуке була спрямована на виявлення порушень інтересів сьогуна. Будучи незалежними від посадових осіб і поєднуючи функції поліцейського і прокурорського нагляду, мецуке здійснювали таємну і явну стеження за служивим самурайством центрального і місцевого апарату і всіма дайме.
Мецуке сильно різнилися за своїми функціями і положенню. Так називалися і високопоставлені чиновники, які контролювали діяльність губернаторів міст або провінцій, і рядові, нікому невідомі шпигуни, зовсім не відрізнити від сірої маси городян або селян. У мирний час в низовій ланці мецуке розрізнялися Хасир-мецуке - «бігають мецуке», Сенін-мецуке - «карликові мецуке», сенте-гумі-но досін - «стражники загону попередження», про-нівабан - «садівники», тайоку-Кейко - «охорона внутрішніх покоїв» та деякі інші. Власне таємні агенти, які приховували приналежність до апарату мецуке, називалися «омміцу» - «темна таємниця».
Начальником над новоствореним відомством, або про-мецуке, був призначений знаменитий майстер кен-дзюцу школи Ягю Сінкаге-рю і особистий вчитель фехтування сьогуна Ягю Дзюбей Міцуёсі, в сім'ї якого передавалася і особлива традиція нин-дзюцу, що сягала Каторі Синто-рю. Вважають, Ягю Дзюбей був чудово знайомий з роботою мецуке на всіх рівнях, аж до низового таємного агента. У його біографії є один цікавий епізод, який відзначають всі історики нин-дзюцу. Одного разу Дзюбей несподівано зник зі столиці і не з'являвся цілих 12 років. Що він робив у цей період свого життя, одному Богу відомо, але припускають, що весь цей час він пропрацював рядовим ніндзя сьогуна. Причому для прикриття напередодні його зникнення Токугава навіть вчинив скандал, звинувативши Дзюбея в пияцтві і офіційно звільнивши його з посади о-мецуке. Цікаво, що після повернення через 12 років, Ягю Дзюбей був негайно відновлений на колишній посаді.
Першими мецуке на службі сьогунату були ніндзя з загонів Кога-гумі і Іга-гумі. Саме з них набиралися омміцу, а також охорона сьогуна. Хоча нова робота сильно відрізнялася від колишнього ремесла лазутчика, багато шпигунські навички стали в нагоді новоявленим поліцейським. Характерно, що перекваліфікувалися шпигуни продовжували зберігати багато традицій ніндзя. Наприклад, мецуке, слідуючи своєму неписаним кодексом, приховували своє ім'я, не розповідали про завдання, місці призначення, наймача і т.д.
Сьогунат мав колосальним апаратом мецуке, який дозволяв йому контролювати абсолютно всі верстви населення. Будь-яка людина міг бути шпигуном бакуфу. Існує легенда, що навіть найбільший японський поет, автор хайку Басьо Мацуо був шпигуном сьогунату. Хоча більшість істориків зі скепсисом ставляться до цієї версії, можна привести і деякі факти в її підтвердження. Відомо, наприклад, що Басьо був уродженцем м Уено провінції Іга і вільно переміщався по всіх провінціях, для чого було потрібно спеціальний дозвіл мецуке.
У перші роки після закінчення воєн великою проблемою для уряду була наявність величезної кількості безхазяйних самураїв-ронінів, сюзерени яких були страчені або втратили своїх володінь. Однак апарат мецуке і цю складну ситуацію зумів використати собі на користь. У цей час з'явилася особлива буддійська секта Фуке-сю, пов'язана з Дзен-буддизмом. Комусо, послідовники Фуке-сю, були членами закритою громади і виділялися своїм незвичайним виглядом: нестандартним чернечим шатами, плетених з тростини і повністю закриває голову і обличчя капелюхом-тенгай і довгою бамбуковою флейтою сякухаті. Членами секти могли бути тільки самураї, простолюдинів в секту не допускали. Особливим укладенням секта Фуке-сю була оголошена подподающей під юрисдикцію тільки самого сьогунського уряду. Її членам надавалася необмежена свобода пересування, вони звільнялися від повинності платити мито на митних заставах і мали можливість проникати в будь-які місця розваг. Така організація дозволяла бакуфу легше контролювати великі групи ронінів. Крім того, комусо використовувалися як шпигуни і інформатори.
Ніндзя в охороні сьогуна
Воїнам з Іга-гумі крім роботи таємних агентів було довірено і охорона самого сьогуна. Існувало кілька груп ніндзя з Ярма-гумі: акіясікі-бан - «сторожа нежитлових садиб», про-хіроясікі-бан - «сторожа головних садиб», сёфусін-гата - «службовці дрібного ремонту садиби», ямадзато-Кейб - «охорона гірських сіл " і т.д.
Акіясікі-бан Іга-моно здійснювали нагляд за приїздом дайме і хатамото в столицю з метою заручництва і їх від'їздом в свої володіння. Зазвичай вони діяли трійками. Командир трійки отримував за свою службу платню трьох самураїв.
Сёфусін-гата Іга-моно підкорялися столичному префекта і наглядали за ремонтом палацових споруд, щоб вороги не могли роздобути точні плани потайних кімнат і виходів. Їх начальник отримував платню чотирьох воїнів.
Ямадзато Іга-моно охороняли заміські резиденції сьогуна і отримували оплату в розмірі 30 мішків рису кожен.
Сёдзюнін-каку правом аудієнції не мали і отримували менше, їх було 8 чоловік.