Події гри відбуваються після закінчення Mortal Kombat: Armageddon. Поле битви всіяне мертвими бійцями. На вершині піраміди залишилися двоє - Шао Кан і Райден. Імператор, використовуючи божественні сили Блейз, отримані після перемоги над ним, легко перемагає Райдена - він кидає його в сторону, і у Райдена розбивається медальйон. Райден встигає зібрати осколки амулета і закласти в них заклинання, в той час як Шао Кан дістає молот, щоб завдати фінальний удар. Кан ставить Рейдена на коліна і замахується молотом, але Райден, завершивши заклинання, посилає повідомлення самому собі в минуле: «Він повинен перемогти!», Перш, ніж молот Імператора опускається на нього. Повідомлення успішно дійшла до Райдена в той час, коли починався перший турнір. Отримавши його, Райден виявляється в подиві, тому що на медальйоні з'явилася тріщина. Після цього вся сюжетна лінія від початку першого турніру йде по зовсім іншому шляху. Перед Райденом постають бачення, за якими він дізнається, що відбудеться в майбутньому, і намагається змінити його.
Частина 1. Десятий турнір "Смертельною Битви"
Райден і Лю Кан спочатку були єдиними бійцями, які брали участь заради порятунку Земної Царства, інші переслідували свої цілі. Скорпіон хотів помститися Саб-Зіро за смерть його сім'ї і клану, Соня Блейд хотіла врятувати Джакса, якого захопив Шан Цзун, Джонні Кейдж хотів всім довести, що він сам робить все трюки в його фільмах, а не його каскадери. Соня відправляється на пошуки Джакса, але її мало не вбив Кано, проте Джонні Кейдж рятує Соню. Соня знаходить Джакса в темниці Шан Цзун, але Цзун намагався вбити Соню, але Рейден зупинив Цзуна. Але все ж після того як Кейдж перемагає в турнірі Рептилію і Бараку, а Соня рятує Джакса, Райден пояснює Соні, Джаксом і Кейджу для чого створений цей турнір і чому вони зобов'язані перемогти. Пізніше до них приєднується Нічний Вовк. На наступний день турнір триває і з'являється Скорпіон і вимагає у Шан Цзуна битви з Саб-Зіро. У той же момент у Райдена з'являється бачення що Кун Лао одягнений в одного з слуг Шан Цзуна пробрався на турнір. Райден знаходить Лао і вмовляє його повернутися в храм ченців, так як монахи обрали Лю Кана як кандидата в турнірі. Але Лао говорить Райдену що він рівня Лю Кану і викликає на бій Скорпіона. Скорпіон приймає виклик і перемагає Лао. Наступне бачення Рейд про те, як Скорпіон перемагає Саб-Зіро, і його душа в Нижньому Світі перетворюється в демонічну версію самої себе з новим ім'ям Нуб Сайбот. Райден намагається не допустити цього і вмовляє Скорпіона не вбивати Саб-Зіро, натомість Райден попросить у Старших Богів оживити його сім'ю і клан. Крім Саб-Зіро на турнірі присутні ще два бійці з клану Лін Куей: Сектор і Сайракс. Усіх трьох найняв Шан Цзун для особистої охорони. Пізніше, нарешті, Скорпіон бореться з Саб-Зіро і перемагає останнього. Скорпіон не став вбивати Саб-Зіро, але тут з'являється Куан Чи і закликає вбити Саб-Зіро. Скорпіон відмовляється. Однак Куан Чи на цьому не зупинився і показав Скорпіону бачення як Лін Куей і Саб-Зіро вбивають клан і сім'ю Скорпіона. Хоча насправді це не так. Сім'ю і клан Скорпіона знищив сам Куан Чи в нагороду Саб-Зіро за виконане завдання. Після побаченого Скорпіон не стримується і вбиває Саб-Зіро, сам Саб-Зіро встигає тільки сказати що це не він, але Скорпіон його вже не слухає. Після цього Райден намагається умовити Сайракса встати на їх сторону. Сам же Сайракс хоч і відданий своєму клану, але проти того що кращих бійців перетворюють на кіборгів. Райден пояснив, що якщо Шан Цзун переможе в цьому турнірі, то Земній Царства кінець так само, як і клану Лін Куей. Сайракс погодився стати на сторону Рейд. Шан Цзун дізнався, що Сайракс перейшов на сторону Райдена і вирішив позбутися від нього, відправивши Шиву і Бараку покінчити з Сайраксом, проте він їх здолав. Пізніше після розмови Сектора з Шан Цзуном, Сайраксу дали ще один шанс спокутувати зраду. Він повинен був перемогти і вбити Кейджа в наступному поєдинку, але той пощадив Джонні. Після Сектор остаточно зрозумів, що Сайракс тепер на стороні Райдена і спробував відправити його на кібернатізацію. Але Сайракс переміг Сектора і покинув турнір так і не вирішивши на чий бік стати. Подальша доля Сектора невідома, можливо, що він покинув турнір. Того ж вечора Шан Цзун представляє нового бійця турніру Ермака. Лю Кан - єдиний з Земної Царства хто не програв ще жодного поєдинку, тому він єдина надія на порятунок Землі. Наступний поєдинок Ермак проти Лю Кана. Лю Кан перемагає. Шан Цзун доручає Китаном вбити Лю, так як він становить небезпеку. Китана програє, а сам Лю не вбиває її і каже, що не проти зустрінеться з нею ще раз, але вже в іншій обстановці. У наступному бою Лю Кан перемагає Куан Чи і Скорпіона. Шан Цзун оголошує, що наступний бій має бути з чемпіоном дев'яти турнірів поспіль, тобто з принцом Шокану Горо. Однак і Горо не зміг зупинити Лю Кана, і для перемоги Лю залишився один бій. Шан Цзун викликає Лю Кана на поєдинок за титул чемпіона Смертельною Битви. Лю Кан перемагає. Всі бійці Нижнього Світу повертаються до Шао Кану, а Лю Кан отримує титул нового чемпіона Смертельною Битви. Однак амулет Райдена продовжує руйнуватися.
Частина 2. Альтернативний варіант
Шао Кан вирішує вбити Цзуна за провал на турнірі, але маг пропонує новий план - влаштувати другий турнір вже у Зовнішньому Світі. Кан дарує Цзун молодість, і той атакує шаолиньский монастир разом з армією таркатанов - раси Бараки. Не бачачи іншого виходу, Райден і воїни Землі приймають бій. Але і тут все йде не так гладко. Воїни Зовнішнього Світу намагаються покінчити з Земними воїнами поза турніром, що їм частково вдається. Ряди борців Землі ослаблені, але турнір ще не закінчено. Райден ж все розмірковує над словами «Він повинен перемогти!», Не знаючи, про кого вони. Він вирішує виставити на останній бій Кун Лао, але після перемоги над Кинтаро, що святкує Лао гине від рук Імператора. Лю Кан вирішує помститися за свого друга і бореться з Шао Каном. Завдавши смертельний удар, Лю Кан перемагає в новому турнірі. Але амулет Райдена продовжує тріскатися.
Частина 3. Вторгнення Шао Кана
Тим часом з'ясовується, що Кан не вбитий. Він остаточно засумнівався в лояльності Цзуна, чим користується Куан Чи. Він пропонує Імператору воскресити його давно загиблу королеву Сіндел на Землі, завдяки чому світи починають зливатися. Таким чином, душі тих, хто гине борців-захисників Землі потрапляють в руки Шао Кана. Райден знову збирає оновлений загін бійців для протистояння загарбникам. Воїнам вдається послабити сили Зовнішнього Світу і зупинити поглинання душ. Однак в склепі, колишнього їхнього основною базою, на них нападають численні кіборги Лін Куей. За невеликий час до цього Райден і Лю Кан відправляються до Старшим Богам за порадою, але не отримують його. До їх поверненню все воїни Землі вже побиті або вбиті Сіндел, посиленою душею Шан Цуна. Саму ж Сіндел вбиває ціною свого життя Нічний Вовк. Лю Кан, Соня і Джонні Кейдж, що вижили при атаці, відправляються на бій з Шао Каном. Райден вирішується на відчайдушний крок: попросити допомоги у Куан Чи і відправляється в його лігво. Маг нацьковує на Райдена привидів воїнів Землі, убитих під час бою з Сіндел, чиї душі знаходяться в розпорядженні чаклуна. Перемігши їх, Райден отримує відповідь: висловлювання «Він повинен перемогти!» Відноситься до Шао Кану, так як тільки коли Кан буде близький до перемоги, Боги зупинять його за порушення своїх законів про чесну «турнірній» війні між світами.
Частина 4. Битва Старших Богів
Райден добирається до порталу на даху одного з будинків, де Кан проходить процес переходу в наш світ. Лю Кан вже не вірить Райдену і хоче сам перемогти Імператора. Райден змушений надати йому опір. Під час битви Лю Кан використовує вогненний кулак проти блискавки Райдена, що вбиває його. В цей час прибуває Імператор. Соня і Джонні намагаються чинити йому опір, але той просто розкидає і так змучених бійців. Повторюється сцена з початку гри, де Кан б'є Райдена і готується зробити fatality. Але, як тільки Імператор заносить молот для удару, Старші Боги дають Райдену сили для перемоги над порушником правил Смертельною Битви. Райден бореться з Імператором і перемагає. Використовуючи сили Старших Богів, Райден остаточно виганяє його з нашого світу. Райден, Соня Блейд і Джонні Кейдж переміщуються в безпечне місце разом з тілом Лю Кана. У цей момент з'являється Куан Чи, піднімає шолом Кана і спілкується з перебувають в ув'язненні занепалим богом Шінноком. З'ясовується, що події перших трьох турнірів частково були планами чаклуна і занепалого бога із захоплення світів. Шіннок каже, що вже набирається сили, щоб позбавиться від ув'язнення і розтрощити і Земне Царство, і Зовнішній Світ.