Вперше Скельской печеру пройшов місцевий учитель Е. Кирилов в 1904 році, а з 1964 року Скельская печера знаходиться під охороною закону, як пам'ятник природи. Протяжність досліджених ходів 670 метрів.
Печера утворилася в результаті тектонічних процесів і дії підземних вод, що протікали кілька мільйонів років тому в вапнякових шарах. В результаті природних явищ верхній звід обвалився і утворився великий зал, розділений згодом на менші кімнати натічними утвореннями. У Скельской печері було знайдено безліч кісток вимерлих звірів: кримського сайгака, лісового кота та інших. Також печера відрізняється добре збереженими кальцитовими натічними утвореннями. Скельская печера налічує три рівня і кілька залів.
Традиційно печеру ділять на кілька залів. Перший зал Скельской печери зветься «Камінний зал», оскільки наплив дуже нагадує камін. Тут же і своєрідний страж печери - солідний сталагміт.
Другий майданчик - найбільш красивий і найбільший із залів. Довжина залу 80 метрів, ширина 10-18 метрів, висота склепіння 25 метрів.
Третій зал - це Лицарський зал, який отримав назву через семиметрового сталагміта, нагадує лицаря зі списом. Це найцікавіше місце у всій Скельской печері.
Четверту майданчик називають залом Привидів. Починаються тут 25-45-метрові колодязі, з'єднують кілька верхніх залів Скельской печери з формувалися нижніми поверхами. Нижні вузькі галереї унікальні тим, що по ним течуть ріки, утворюючи підземні озера з глибиною 70 метрів. Ці річки і озера живлять водою Байдарській водосховище.
Печера внесена в книгу рекордів Криму, тому що тут мешкає величезна кількість комах і ссавців, які зустрічаються тільки в цій печері.
Скельская печера знаходиться на 350 метрів вище рівня моря. У верхніх залах температура тримається постійно в районі 12 градусів, а в нижньому - 9 градусів. Температура води - 8 градусів.