З самого початку XVIII століття Казахське ханство, переживши глибоке потрясіння, викликані подальшим загостренням зовнішньополітичного становища. Боротьба між казахами і джунгарськими володарями тривала понад століття. В основі її лежало суперництво через пасовищ. Крім пасовищних територій джунгарских хунтайджі залучали торгово-ремісничі центри півдня Казахстану. З захопленням міст Південного Казахстану джунгарськими феодалами відкривалася перспектива оволодіння не тільки торгово-ремісничими центрами, а й територією, де проходили караванні шляхи, що зв'язували Казахстан з Росією і з країн сходу. Цеван-Рабдана (1697-1727 рр.), З його ім'ям пов'язані важкі утиски і страждання казахського народу. Зміцнюючи Джунгарське ханство, він направив свої зусилля на захоплення в казахських кочовищах. У землях Тянь-Шанського киргизів, в Східному Туркестані, серед народностей Саяно-Алтаю і Барабинской степи джунгар наносили одну поразку за іншою, викрадаючи полонених і худобу, віднімаючи пасовища і майно. Джунгари Тайджі в 80-х рр XVII століття утримував за собою казахські кочовища в Жетису і по річці Чу і Талас. Велике вторгнення джунгарских військ в межі Казахстану стався в 1710-1711 рр. Восени 1710 було скликано збори представників казахських жузов в Каракумах. Основне питання - ставлення до Джунгарського ханства. Був обраний верховний командувач з числа ханів - Абулхаир, предводителем ополчення був обраний Богенбай батир. Військові дії Джунгар все більше зростали, хунтайджі Цеван Рабдана підпорядкував своєї влади Східний Туркестан, здійснив вторгнення в Тибет. Основна подія військових дій відбулося а річці Аягуз. Перемога казахів. Через відсутність єдності в керівництві казахські воїни зазнали поразки. У 1723 році був укладений Джунгаро-Китайський світ. Джунгари, убезпечивши свої тили зі Сходу, став діяльно готуватися до війни з казахамі.К 1723 році в Казахської-джунгарских відносинах ситуація різко змінилася: помер китайський імператор Хансен. Постало питання про саме існування казахського народу. У «роки великого лиха» загинуло 2/3 всього народу. Багато казахські пологи і громади не були готові до несподіваного удару джунгар. До того ж була захоплена по суті вся територія Казахстану, виключаючи пустельні землі. Джунгари окупували більшу частину казахських земель до 20-х років XVIII століття. Приблизними межами між джунгарськими і казахськими володіннями стали Улитау, озеро Балхаш і смуга між річками Чу і Талас. Впали Ташкент, Сайра, Туркестан. На захід хлинула хвиля біженців. Казахи Молодшого жуза довго не могли залишатися в межах середньоазіатських ханств, бо місцеві правителі не тільки не надали їм кочовища, але заодно з джунгарська загарбниками не проти були розграбувати їх. Пригнічені джунгарами казахи відійшли до Середнього течії Сирдар'ї, в місцях, де жила значна частина Каракалпаки. Від джунгарского навали в 1723-1725 рр. великої шкоди завдали також Киргизи, узбеки, каракалпаки, але їх положення здавалося менш трагічним.В 1635 році в горах Тарбагатая і південного Алтаю утворилася нова монгольська держава Джунгария. Подталкиваемое зі сходу китайською імперією Цин, воно почало походи в казахську Степ. Джунгари (самоназва ойрати, по-казахському калмаки) вторгалися в 1635, тисячі шістсот п'ятьдесят дві (загинув хан Жангір), 1681-1684 (спалений Сайрам), тисяча шістсот вісімдесят сім (облога Туркестану). 1711-1712. 1714-1717 роках. Але самим спустошливим було вторгнення 1723-1727 рр. зафіксовані в народній пам'яті казахів, як «актабан шубиринди» - «роки великого лиха», коли значна частина казахського народу, роздробленого на безліч ворогували між собою володінь, була вирізана джунгарами, захоплені міста Туркестан і Ташкент, маси знедолених людей, рятуючись від загарбників, бігли в Самарканд і Бухару.
Казахські об'єднані ополчення теж здобували ряд перемог над джунгарами: в 1643 році в Орбулакской битві (хан Жангір), в 1712 році (Богенбай батир), в 1718 на річці Аягуз (Кабанбай батир), під керівництвом Абулхаир-хана на річці Буланти (1727) і в Анракайской битві (1 729). Але постійної армії не було, і кожен жуз збирав військо до певного походу, взаємодія між загонами було слабке, чим і користувалися джунгари, ведені одним своїм ханом - хунтайчі. Крім того, у джунгар з'явилося російське і китайське вогнепальну зброю. Казахські посольства в Москві все частіше просили Росію про допомогу. У важкому 1717 року хан Тауке вперше звернувся до Петра I з проханням прийняти казахів в російське підданство, але без виплати ясака, без виконання повинностей і при збереженні влади хана. Зараз би це назвали широка автономія. Петро I одразу ж оцінив значення Казахського ханства в зовнішній політиці Росії: «Всім азіатським країнам та землях она орда ключ і ворота, і тієї заради причини она орда потребна під Російської протекцією бути». Петро I звелів казанському і сибірському губернаторам Петру Салтикова і князю Матвію Гагаріну посилити дії проти джунгар, тим більше, що це відповідало планам Росії. Росія тоді стрімко просувалася на схід, до Тихого океану. Ще в кінці 16 століття загонам козаків отамана Єрмака, що знищили Сибірське ханство Чингізидів Кучума, за указом царя Івана Грозного був наданий особливий статус - Царська Служива Рать. І з цього часу воно встало на вірну і невсипущу службу своїй державі. У 1715-1720 роки, незважаючи на протидію джунгар, почалося будівництво сибірськими козаками іртишських укріпленої лінії, закладені фортеці Омська (+1716), Семипалатинська (1718), Усть-Кам'яногірська (1720) вгору по Іртишу. Росія сама затверджувалася на Алтаї. Допомога казахам так і не прийшла і, коли хан західного Молодшого Жуза Абулхаир в 1730 році знову запросив військовий союз у імператриці Анни Іоанівни, Росія, що мала свої далекосяжні плани, погодилася тільки на протекторат (місія Тевкелева, 1731). Абулхаир теж переслідував свої цілі. Ображений на інші жузи через необрання його всеказахскім ханом після успішної Анракайской битви, він повів свою політику, випрошуючи у Росії в обмін на підданство передачі ханства у спадок своїм дітям. Тоді ж Середній жуз хана Аблая, лавіруючи між двома потужними імперіями (горезвісна політика «між левом і драконом»), прийняв подвійне підданство, і Китаю і Росії (1740). Старший жуз тоді взагалі більше перебував під впливом тісних його з півдня Кокандского ханства.В +1741 при черговому вторгнення джунгар Сенат Російської імперії тепер приймає різкі заходи (місія Міллера). Зустрівши в особі Росії сильного противника, джунгари стримують свій запал. А в 1745 році помирає їх останній «яструб», хунтайчі Галдан Церен, починається розбрід. Джунгария не виконала уготованную їй місію і циньской-маньчжурські війська завдають нищівних ударів їй в спину. У 1756 році при імператорі Айсіньгіоро Хунлі циньской-маньчжурська армія остаточно громить Джунгарське ханство. Велика частина джунгар гине на полі битви і від хвороб, залишки живих біжать на Волгу в Калмицьке ханство. Джунгария припиняє своє існування, а на її землях Цінськая імперія створює в 1761 році свою провінцію Сіньцзян (Нові землі). Але далі її інтереси стикаються з інтересами Російської імперії, спішно претендувала на Туркестан, щоб випередити Британську імперію, вже захопила Індію (1757), і військова активність в цьому районі затихає. Казахські степи залишилися в зоні російського впливу.