З 1981 року є завідувачем відділенням колопроктології. Постійно бере участь в роботі російських і міжнародних з'їздах і конференціях, займається науковою роботою, підвищує свій професійний рівень.
Є членом асоціації колопроктологів Росії, членом "Асоціації стомованих хворих", членом асоціації хірургів-гастроентерологів та Товариства фахівців з онкологічної колопроктології.
У відділенні, очолюваним Смирновим Миколою Федоровичем, виконується один з найбільших обсягів операцій з приводу захворювань прямої та ободової кишки в місті Нижньому Новгороді. Проводиться консультативна робота з приводу захворювань прямої та ободової кишки.
Смирнов Микола Федорович володіє всім арсеналом втручань на органах малого таза та черевної порожнини. Їм активно впроваджуються в хірургічну практику нові в Росії оперативні посібники, такі як мезоректумектомія, розширена латеральна лімфаденектомія при раку прямої кишки, розширена лімфодіссеція і мезоколонктомія при раку ободової кишки, резервуарні технології після прокт- і колектоміі, нервосохраняющіе операції, Трансанальна видалення новоутворень прямої кишки, різні методи хірургічної реабілітації стомованих хворих. Крім того їм активно впроваджуються нові методи лікування при синдромах обструктивної дефекації і тазової десценціі. Проводяться оперативні втручання при хронічних колостаза (тривалих запорах) і запальних захворюваннях товстої кишки (виразковий коліт, хвороба Крона). Під його керівництвом активно розвивається використання сучасних хірургічних технологій в «малої проктології» (безопераційне лікування геморою, лікування гнійних захворювань прямої кишки і параректальної області та ін.)
Особливе місце в хірургічній діяльності Миколи Федоровича Смирнова займає лікування хворих з новоутвореннями прямої та ободової кишок.
Впроваджені і широко використовуються різні операційні втручання при раку прямої кишки (низька і Ультранизька резекція прямої кишки, брюшноанальная резекція прямої кишки, інтрасфінтерная резекції прямої кишки, екстралеаторная екстирпація прямої кишки). Виконуються Сфінктеросохраняющіе операції при раку прямої кишки. Хірургічні втручання проводяться з використанням високо технологічного обладнання.