Система селекційних ланок у сої типова для самоопилітелей. Вибір методу відбору та схеми селекційної роботи залежить від цілей селекції та генетичної природи вихідного матеріалу.
Більшість оцінок дається при дозріванні рослин, оцінка по стійкості до хвороб і шкідників - до відповідних фази вегетації, оцінка кормових сортів - в фазі господарської придатності.
Техніка схрещування. Квітка сої дуже дрібний і крихкий, запилення відбувається ще при повністю закритому віночку. Тому гібридизація її технічно досить важка. Схрещування краще проводити на початку цвітіння, так як в середині і до кінця його багато (зав'язей опадає. Найбільш підходяще для кастрації і запилення час між 5 і 7 ч ранку і вечора. Для кастрації вибирають квітки, які повинні розкритися в день схрещування. Віночок таких квіток ледь проступає між зубцями чашолистків. Пиляки в них жовто-зелені, близькі до дозрівання, по ще не розтріскуються. Рильце пухке, з багатьма отросточка, з краплею світлої клейкої рідини.
Зазвичай в кисті каструють 1-2 квітки, інші видаляють. Кастрацію можна проводити трьома способами:
1) видалення пиляків після розрізу віночка;
2) видалення пиляків після видалення віночка;
3) видалення пиляків після обриву чашолистків і видалення віночка.
За даними Всеросійського науково-дослідного інституту сої, третій спосіб найбільш ефективний. Інструментом для кастрації служить пінцет з гладкими, багнисто заточеними кінцями або голка. Притримуючи бутон двома пальцями лівої руки, поодинці висмикують чашолистки і, захопивши пінцетом віночок, обережним відтягуванням видаляють його. Якщо пильовики при цьому залишаються, їх видаляють після зняття вінця. Треба уважно стежити, щоб не пошкодити рильце. Якщо доторкнутися до рильце, крапля секрету на ньому мутніє, воно темніє, підсихає і, втрачаючи життєздатність, не сприймає пилку.
Запилення кастрованих квіток краще проводити відразу ж, так як життєздатність пилку в ранкові та вечірні години теж найбільш висока. Для цього використовують тільки що тріснуті пильовики з одного-двох квіток. Брати пилок з верхівкових квіток не слід, тому що життєздатність її часто знижена. Крайній термін зберігання пилку у вологому середовищі 1 годину.
Обпилені або підготовлені до запилення квітки етикетують і, як правило, ізолюють. Хорошим ізолятором при сприятливих умовах служить зелений лист сої, а в роки з великою кількістю опадів і високою відносною вологістю - пергаментний ковпачок. Слід зазначити, що ізоляція робиться не для попередження перехресного запилення, оскільки трипси кастровані квітки не відвідують, а для захисту зав'язі від зайвої вологи і прямих сонячних променів.
Удача схрещувань при третьому способі 50-60%, а при висіві материнської форми в вегетационном будиночку може досягти 80 «0%. Американські селекціонери при гібридизації сої також обривають чашолистки і видаляють віночок.
Оскільки соя відрізняється протерогініей, у неї можлива гібридизація без кастрації. Запилення проводять зрілої пилком до пожовтіння пиляків запилюється квітки. Небезпека пошкодження стовпчика і рильця в цьому випадку значно зменшується, а відсоток вдалих схрещувань збільшується. Районований в Україні сорт Кіровоградська 4 (ВНІІМК 9186 × Куйбишевська 77) виведений методом схрещування без кастрації.