Однак, інші енергоблоки ЧАЕС продовжували працювати, що стало однією з причин створення комплексу секретних лабораторій з індексом «X» (ікс). Група вчених вивчала гіпотезу про ноосферу - інформаційної оболонці Землі. Ними був створений генератор випромінювання Кайманова, джерело пси-випромінювання. З його допомогою був проведений експеримент по впливу на об'єкт, розташований в іншій півкулі Землі. Сигнал був отриманий з спотворенням, ніби хтось його «підправив», виходячи з цього, теорія про розумність ноосфери стала розглядатися серйозно. Побічним результатом дослідження стало відкриття здібностей живих істот генерувати спрямоване пси-випромінювання. У лабораторії X-16 був створений біологічний випромінювач (гігантський мозок). Проводилось опромінення біологічних зразків інформаційним полем різної інтенсивності (тотожність пси і інформаційного полів не вказано) з наступними мутаціями. У випробувальних цехах проводилися розробки нових видів озброєння, зокрема «виробу № 62», більш відомого як Гаусс-пушка.раняемим периметром.
Після проведених дослідів, головною метою робіт стала установка контролю над ноосферою. З'явився проект «О-Свідомість», його учасники об'єдналися в загальну мережу, створивши колективний розум. Поблизу ЧАЕС були зведені Генератори - спеціальні споруди для спроби установки контролю над ноосферою.
Доступна частина Зони досліджена майже повністю. Сталкерство досягло свого піку, сформувалися сталкерського угруповання. Найбільші з них - «Борг», сформований з колишніх військових і добровольців, «Свобода», що складається з сталкерів-анархістів - починають протиборство за вплив в Зоні. Свої інтереси виявляють і військові, що охороняють периметр, бандити, які заробляють на пограбуваннях сталкерів, а також іноземні держави в особі найманців. На Звалищі в купах радіоактивного сміття сталкери стали знаходити багато корисного устаткування, формуються групи дигерів. Через місцевих торговців здійснюється збут артефактів і поставки зброї. В результаті виникає напруженість, що загрожує вилитися в великомасштабні бойові дії.
війна угруповань
Скориставшись проблемами «Боргу», бандити, поставивши собі за мету здійснити повний контроль над потоком артефактів до периметру, міцно влаштувалися на Звалищі, своєрідному перехресті доріг, і побажали свою частку в промислі дигерів. Витіснення з Звалища одинаки стали концентруватися на Кордоні, де тримався нейтралітет з військовими, поки їх командир не розв'язав укласти угоду з паханами бандитів. В результаті одинаки вступили в конфлікт і з ними, взявши командира в полон.
Для запобігання спробам проникнення «О-Свідомість» вербує шляхом зомбування угруповання «Моноліт», яка виступала за недоторканність Зони і вірила в божественну сутність Виконавця бажань - Моноліту. Незадовго до сверхвиброса КПК членів угруповання разом вимикаються, а самі вони несподівано покидають свою базу і направляються за Вижігатель.
Під час сверхвиброса військові на Армійських складах зазнали великих втрат, а через деякий час з боку Вижигатели стали приходити агресивно налаштовані загони угруповання «Моноліт», що ще більше ускладнило захист Бар'єру. Решта військові були змушені відступити на базу, а захистом Бар'єру зайнялися сталкери. Майже відразу армійської базою зацікавилася Свобода, яка захотіла мати стратегічно важливе положення, близьке до центру Зони, і, не дивлячись на проблеми, направила туди свої загони. Таким чином, сили угруповання виявилися розрізненими.
"Чисте небо"
Разом з територіями, прохід до яких відкрився після сверхвиброса, відкрилися і проходи на болота. З'ясувалося, що весь цей час на них мешкала невідома раніше угруповання, що займається вивченням Зони. Її члени носили небесно-синій камуфляж і називали себе «Чисте Небо». Очолювали угрупування вчені: Лебедєв Н. А. Каланча Е. Ф. Суслов В. І. брали участь в проектах «О-Свідомості». Вони намагаються з'ясувати причину сверхвиброса і використовують при цьому врятованого найманця Шрама. Лебедєв висуває версію, що те, що трапилося є результатом проникнення деяких осіб до центру Зони, а головною метою стає запобігти можливому повторний випадок будь-якими способами. Волею випадку, з КПК Ікла стає відомо про Стрілка, і Шраму було наказано ліквідувати його, найманець переслідує сталкера, але тому вдається втекти. Тоді Лебедєв вирішує всієї угрупованням слідувати до ЧАЕС через Лиманск. «Чисте Небо» з боями проривається до станції, де вже знаходиться Стрілець. Шраму вдається відключити його пси-захист, але очікуване не досягнуто. Відбувається новий потужний викид, що поклав край війні угруповань.
Зона прийшла в відносний спокій, війна угруповань закінчилася, безліч сталкерів загинуло після чергового катаклізму. Угруповання Борг залишила свої позиції на Агропромі і повернулася на завод Росток, де керував генерал Воронін. Під охороною угруповання сталкери могли спокійно відпочити і купити спорядження в місцевому барі «100 Рентген». Це місце стало великим центром сталкерства. Колишню базу «Боргу» в НДІ незабаром зайняли висадилися в пошуках важливих документів військові. Вони давно готувалися до великомасштабної операції по прориву до центру Зони і знищення причин її виникнення. Їх пошуки приносять результат: з'являються відомості про секретних лабораторіях.
Угруповання «Свобода» по непоясненим причин (швидше за все, посилений тиск з боку бандитів і постійні атаки мутантів) була змушена покинути базу в Темної долині і перебратися на Армійські склади. Також, за непоясненим причин, змінився її лідер, ним став Лукаш (в Тіні Чорнобиля згадувалося, що його попередник зібрав загін і пішов за Вижігатель). Однак угруповання змогла закріпитися на новому місці, і навіть утримувати Бар'єр. Головним її ворогом продовжував бути «Долг». Конфлікти між цими фракціями періодично поновлювалися, потім наступало хитке перемир'я. Серед сталкерів навіть пішли чутки, що лідери угруповань таємно домовляються про втечу на «Велику землю». Однак в обох угрупованнях є люди, які не бажають мирно співіснувати зі вчорашніми ворогами. Загін фанатично налаштованих долговцев, послухавшись генерала Вороніна, висунувся до Складах.
У бандитів також з'явився новий ватажок. Борів зміг захопити владу і зібрати свою банду, разом з нею він влаштувався на колишній базі Свободи в Темної долині. Однак єдиної організованої структури у бандитів не існувало, більшість з них збиралися в дрібні банди, що більше нагадують ренегатів. Боячись патрулів «Боргу», вони залишалися поблизу Периметра, доставляючи багато клопоту простим сталкерам. Колишній прохід в Рудий ліс утримують найманці, явно мають інтерес до «Свободи». Ними завербований один з членів угруповання. Незадовго до цього в покинутому селі був убитий Ікло. Привид, який перебував з ним, зумів уникнути загибелі і незабаром пішов до вчених на Янтар. Кордон став місцем скупчення новачків, база сталкерів на свинофермі спорожніла, а військові посилили контроль.
відключення Вижигатели
Навесні ( «Тінь Чорнобиля» починається 01.05.12.), Під час нічної грози, на Кордоні розбивається Грузовик смерти, єдиним, хто вижив виявляється Стрілець. Його відносять до місцевого торговця Сидоровичу, і той йому допомагає прийти в себе, а так як Стрілець нічого не пам'ятає, Сидорович називає його Міченим через татуювання на руці. За порятунок і подальшу допомогу в пошуках Стрілка торговець вимагає плати, і після пари дрібних завдань розкриває свої плани: він і інші торговці мріють відкрити шлях до покладів артефактів в центрі Зони. Сидорович явно знає про наміри військових, його розвідники доповідають про документах в НДІ «Агропром». Також він знає, що Стрілець бував в центрі, і його пошуки можуть відкрити його секрет. Мічений (Стрілець) на прохання торговця видобуває документи, в яких йдеться про лабораторії X-18. Бармен, господар бару «100 Рентген» і великий торговець, передбачає, що вона знаходиться в Темної долині. Сталкери давно розповідали про якісь підземних спорудах на покинутому заводі і про що кояться там жахи. Мічений проникає в лабораторію і з документів дізнається, що Вижігатель - пристрій, створене людьми. З тих же документів стає відомо про лабораторію X-16 в районі озера Янтар, в якій знаходиться установка, що нагадує за властивостями Вижігатель. Мічений відправляється до вчених, що розташувався в мобільній лабораторії на місці висохлого озера. Від них він дізнається про загибель Примари в лабораторії X-16, а також отримує експериментальну захист від псі-випромінювання. З її допомогою він зміг проникнути в X-16 і відключити експериментальний випромінювач в ній. Потім, віднісши здобуті в X-16 документи Бармену, отримує від нього завдання відключити Вижігатель. З боями прорвавшись крізь ряди охороняють його монолитовцев в бункер під антенами Вижигатели, Мічений зміг відключити їх. Прохід до центру Зони виявився відкритий.
Прорив в центр
Моментально безліч сталкерів рушило до ЧАЕС, «Долг» і «Свобода» почали нове протистояння за нові території. Однак, всім їм, у міру просування, довелося долати опір бійців «Моноліту». На колишні закриті території висадився військовий спецназ. Вже незабаром фанатики були відтіснені до Прип'яті. Групи сталкерів-ветеранів і військові сталкери, незалежно один від одного починають штурм міста. Збройні сили приступають до операції «Моноліт», бронетехніка і десант за підтримки з повітря повинна була закріпитися у блоків електростанції. Крім загонів «Моноліту», військові зіткнулися з надзвичайно потужними аномаліями, а в ході вирішальної стадії операції почався викид, в результаті операція терпить невдачу. У той же час Стрілець, вже дізнався правду про себе, зумів проникнути під саркофаг станції, де знаходився ілюзорний Виконавець бажань - Моноліт. Сталкер викликає збій в роботі установки, чим привертає увагу «О-Свідомості». Один з його представників, у вигляді голограми, розмовляє зі Стрільцем, розповідає про причини виникнення Зони, пропонує приєднатися до них. Стрілець відмовляється і після тривалого бою з Монолитовцями знищує проект «О-Свідомість».
Всупереч його очікуванням, Зона не зникла. Енергія ноосфери все ще надходила на землю. З відключенням великих пси-установок, сили угруповання «Моноліт» ослабли, її члени почали виходити з-під контролю, самостійно мислити. Однак ближче до станції зберігалися локальні антени, і фанатики все ще утримували території. Прип'ять практично спорожніла, місце людей зайняли мутанти. Загони сталкерів, що хлинули до центру, стикалися з новими, більш небезпечними їх видами. Перед постійними погрозами і малою кількістю безпечних місць, угруповання поступилися своїми принципами і домовилися не конфліктувати в місцях відпочинку. Відповідних місць за колишнім Вижигатели виявилося всього два. Перше організували сталкери в висохлому руслі річки на суховантажі «Скадовськ». На ньому встановився хиткий мир між одинаками і бандитами. Другим став будинок вокзалу на ж / д станції «Янів», поділене між угрупованнями «Долг» і «Свобода» під час викиду. Крім них недалеко від Янова знаходиться нова мобільна лабораторія вчених. Нові території досить швидко стали об'єктом вивчення і отримання наживи. Майже відразу з'являється чергова Сталкерська легенда про якийсь місці, де гояться всі рани, «легенда про Оазисі». Зацікавилися таємницями Зони і багато західних держав. Над її територією зазнав аварії безпілотний літальний апарат, прийнятий багатьма за НЛО. Високу активність проявили найманці, зацікавившись роботами вчених і секретними лабораторіями в Прип'яті.