Лео - неофіційний лідер черепах, що є найстаршим з братів, права рука Сплінтера. Основна зброя - пара катан, здатні прорубувати практично все, навіть інопланетні види металів.
Може руйнувати деякі предмети в грі, що дає здатність знаходити нові секрети і бонуси. Також здатний завдавати ушкодження ухиленням в бік ворога. Атакою-зарядкою є синя хвиля енергії у формі бумеранга від удару катанні.
Дон є мозковим центром команди, володіє великими знаннями в точних і природничих науках. Практично все технічне обладнання четвірки створено їм поодинці. Основною зброєю є посох бо, за допомогою якого, він може наносити дистанційні атаки, що може дуже стати в нагоді в битві.
За допомогою своїх великих знань в комп'ютерах Дон може зламувати комп'ютери, тим самим він може відкривати двері, відключати лазерні пастки і прибирати перешкоди. Замість сюрікенів Дон стріляє лазерними кулями зі свого апарату, що знаходиться на правій руці. Атакою-зарядкою є синє поле, здатне одночасно наносити удари і захищати від них.
Раф - самий дикий і неприборканий з братів. Він швидкий, сильний і майже не поступається за майстерністю в ниндзюцу навіть свого старшого брата Лео. У бою Раф зазвичай використовує саи, завдяки яким він може лазити по стінах.
Раф - дуже сильний, тому він може штовхати важкі предмети, за допомогою цього можна знайти нові секрети і бонуси. Також Раф може швидко бігати. Атакою-зарядкою є кружляється навколо нього вогненна хвиля.
Кейсі - один з кращих друзів черепах, який часто витягав їх з біди. Він є відмінним гравцем багатьох спортивних ігор і може грати практично в усі види спорту: від гольфу до бейсболу. А в битві він зазвичай використовує ключку для гольфу або біту для бейсболу, так як цими предметами він володіє дуже добре, але улюбленим його зброєю є хокейна ключка.
Сплинтер фактично є батьком черепах. Це він знайшов їх, коли вони ще були маленькими черепашками, в каналізації, там же він про них і дбав. Сплинтер - майстер нііндзюцу, так як, коли він ще був вихованцем Хаматов Йоші, майстри ниндзюцу, Сплинтер спостерігав за всіма його тренування, повторюючи його руху. На жаль для Сплінтера, Хаматов Йоші був убитий шредери, і через це Сплинтер виявився в каналізації один, поки не зустрів черепах.
Сплинтер має такі ж види прийомів, що і Дон, навіть таку ж атаку-зарядку. Значним і єдиною відмінністю техніки Сплінтера від техніки Дона є удар з стрибка, який відбувається у Дона в вигляді падаючого бо, а у Сплінтера - у вигляді удару ногою в стрибку.
Караї була ученицею і прийомною дочкою ороки Саки, тобто Шреддера, і була віддана йому всім серцем до того, як його вбили. Так як Шреддер - керівник таємного клану ніндзя, чиє ім'я Фут, то Караи автоматично стала його членом. Також вона дуже здібна фехтувальниця на мечах, і у неї навіть є свій невеличкий загін ніндзя.
В основному Караи має свої власні прийоми і здібності, але атака-зарядка у неї така ж, як і у Лео, але в формі пурпурової стріли. У неї єдиною є здатність до заморожування ворогів. Щоб зробити цю заморозку, треба під час стрибка різко натиснути кнопку сильною або слабкою атаки, тобто вдарити суперника в стрибку.
Слешуур - це вигаданий персонаж всесвіту Черепашки-ніндзя, що не з'являвся ні в серіалі, ні в коміксі, а тільки як додатковий персонаж в Черепашки Мутанти Ніндзя 2: Битва Нексуса. Але, незважаючи на це персонаж має свою власну історію і є одним з діючих осіб протягом всієї гри.
Слешуур має свої оригінальні прийоми в грі, але можна також сказати, що він володіє сумішшю здібностей Рафаеля і Леонардо: від Рафаеля Слешуур взяв таку ж атаку-зарядку, але у нього вона є крутиться навколо нього світло червоної хвилею електрики, а від Леонардо здатність руйнувати деякі об'єкти своєю косою.
Неіграбельние персонажі
Можливо Ейпріл найперший і найкращий друг черепах. У самій грі вона несе невеликий сюжетний зміст. В основному вона оцінює антикваріат, який добули гравці і зберігається в меню. 2 раз навколо ". Там і зазвичай можна знайти Ейпріл.
Шреддер - найголовніший ворог черепах. Він ватажок древньої злочинної організації Клану Фут. Його головною мрією є знищення черепах і завоювання світу, але брати ніколи не давали здійснитися його планам.
Фуджітойд - робот, якого брати знайшли на планеті Д'Хуніб, де він переховувався від збройних сил Федерації і Тріцератонской Республіки. Насправді Фуджітойд - людина, прізвище якого Ханікатт, але через нещасного випадку, його розум виявився в тілі робота. Шукають його через те, що він володіє секретом створення телерепортер, який хоче бути використаний Федерацією і Тріцератонской Республікою в якості зброї. А так як черепашкам під час їх подорожі на віддалені планети потрібен був спосіб знайти шлях додому, завдяки щасливому випадку професор Ханікатт став їх квитком додому.
Кожеголовий, мутований крокодил, один черепах і один з небагатьох на Землі, хто знає про вранці. Давним-давно, коли Кожеголоивий був ще маленьким вихованцем, його вилили в каналізацію. По каналізаційних трубах він потрапив в штаб квартиру вранці. Там він потрапив під дію того ж мутагена, який перетворив черепах в мутантів, і його виявили вранці і зрозуміли, що він стає розумним. З цієї причини вони почали його вирощувати і навчати як свого побратима. Після цього Кожеголовий вважає вранці своєю сім'єю.
Цього хлопця часто називають Усаги YOжімбо, хоча його справжнє ім'я Міямото. Він - самурай класу ронин. Коли він був маленьким, його знайшов мудрий і досвідчений майстер меча і став ростити Міямото як сина. Незабаром Міямото став непоганим самураєм і навіть взяв участь в Битві Нексуса, де познайомився з черепахами.
СПАЗМОЗАВР Багато хто запитує як вбити Спазмозавра. Дуже просто. Для початку перед входом в гру введи код, який забезпечить тобі безсмертя: DRMSRLR Виберіть Мікеланджело. Вбити Спазмозавра можна тільки ним. Коли в грі дійдеш до Спазмозавра, підійди до нього впритул і натисни Пропуск + F. Мікеланджело підлетить вгору і ногам буде махати дуже високо вповітрі. Цілься йому в верхню губу. Потім Спазмозавр відкриє рот від болю - а ти біжи до стінки, Спазмозавр буде гнатися за тобою і вдаритися головою з розбігу. Роби рази так 4 -5. Інших способів не знаю. Хай щастить.