Сюжет гри подається за допомогою мультиплікаційних фільмів між рівнями. Вступний ролик гри зображує трьох богів: Юпітера (римляни), Гора (єгиптяни) і Чи Ю (китайці), грузнути в бездіяльності і пияцтві. Верховний бог, був невдоволений їхньою поведінкою, наказує їм знайти гідного лідера серед своїх народів, який приведе його до перемоги над іншими. Бог переміг народу уникне покарання. Роль лідера одного з трьох народів бере на себе гравець.
Як і в Settlers II. в Settlers III мета гри зводиться до будівництва працездатною економіки. спрямованої на виробництво солдат, і подальшого захоплення з їх допомогою територій ворога. Серйозною відмінністю від свого попередника є відсутність доріг. Гравцеві пропонується очолити один з трьох народів: римлян, азіатів (фактично китайців) і єгиптян на шляху до світового панування.
Значну частину гри займає будівля і облаштування будівель. Зведення будівель можливо тільки на території зони впливу гравця. Для розширення території використовуються сторожові вежі, що розташовуються поруч з кордоном. Для виробництва всіх будівель необхідні камінь і деревина. а також спеціальні юніти-будівельники. Всі будівлі в грі діляться на промислово-видобувні (Resource), сільськогосподарські (Food), військові (Military) і загальні (Miscellaneous). До першої групи належать будівлі, видобувні природні ресурси, такі як, наприклад, будівельні матеріали чи корисні копалини (залізо і вугілля) необхідні в подальшому для виробництва військ. До сільськогосподарських будівель належать будинки, службовці для виробництва їжі для шахтарів. а також спиртних напоїв. принесених в жертву богам. До групи військових будівель входять сторожові вежі, казарми, верф. майстерня облогових знарядь. Четверта група включає в себе: житлові будинки, службовці для виробництва носіїв, храми. ринок і доки.
Всіх юнітів в Settlers III можна розділити на юнітів, керованих безпосередньо, і юнітів, які реагують тільки на непрямі вказівки. До першої групи належать: воїни, кораблі, облогові знаряддя. священики. геологи. першопрохідці і шпигуни. До другої: носильники, будівельники, а також юніти, "закріплені" за будівлями. Юніти цієї групи не можуть залишати території зони впливу гравця. Всі юніти в грі, крім священиків, виходять з носіїв. Для того щоб, наприклад, зробити фермера, необхідний вільний носій, коса і вакансія в відповідному будівлі. Щоб зробити воїна, потрібен носій, зброю і казарми, і так далі. Самі носії "народжуються", всередині житлових будинків, що зводяться гравцем.
військові юніти
У кожного народу є в наявності три різновиди солдат: мечник. копейщик і лучник. Крім того, в грі присутні облогові знаряддя, унікальні для кожної нації (римляни - катапульта. Азіати - гармата. Єгиптяни - баліста). Юніти можуть бути поліпшені за допомогою "енергії" (мани), що видобувається при жертвоприношеннях в храмах. Жертвопринесення складається з алкогольних напоїв унікальних для кожної раси. Кожен вид юнітів може бути поліпшений два рази, при цьому змінюється його зовнішній вигляд і зростають військові якості.
Магія в грі представлена у вигляді заклинань. Заклинання творяться священиками, при цьому витрачаються окуляри мани, що видобувається за допомогою жертвоприношень. Серед заклинань є як бойові, так і мирні. До перших отоносятся, наприклад: звернення солдатів ворога в союзників, тимчасове збільшення захисту або атаки. та інші. До мирних такі як: створення випадкового набору ресурсів, перетворення одних ресурсів в інші, терраформинга (висушування болота або опустелювання землі). Кожен народ має набором з восьми унікальних заклинань.
В Settlers III у гравця є можливість вибору між трьома народами: римлянами. азіатами і єгиптянами. Крім набору заклинань і облогових машин, сторони відрізняються один від одного, деякими будівлями і ресурсами. Крім того, у різних народів різні вимоги до будівельних матеріалів: якщо у римлян приблизно однакова потреба і в каменях, і в деревині, то єгиптянам потрібно значно більше каменю, а азіатам - дерева. Це частково визначає тактику гри за ці народи. Так як камінь в грі був вичерпним ресурсом, а дерево - ні (ліс можна було заново висаджувати за допомогою лісника), то єгиптяни відчувають брак матеріалів в пізній грі, проте мають більше переваг в ранній, так як камінь видобувається швидше деревини. Азіати ж, навпаки, більше заточені під довгі гри.