У разі використання Неонкогенні Т-ДНК необхідні маркери трансформування рослин. На цій посаді використовують не самі гени onc і nos, а їх промотори і сайти поліаденілювання, між якими поміщають бактеріальні селективні маркери. Це неоміцинфосфотрансферази (neo, стійкість до аміноглкозідним антибіотиків канаміцину і неоміцину), гігроміцінфосфат трансфераза (hpt, стійкість до гігроміціну), хлорамфеніколацетілтрасфераза (cat, стійкість до хлорамфеніколу), дигідрофолатредуктази (dhfr, стійкість до метотрексату) і ін.
Здатністю трансформувати клітини дводольних рослин мають також деякі плазмідосодержащіе штами A.risogenes. У рослин, заражених цими бактеріями, провокується освіту тканини, яка отримала назву кудлатого кореня. Тому плазміди, що викликають цей ефект, називають Ri-плазміди (root-inducing). Генетичні карти схожі з Ti-плазміди. Інфекційної частиною Ri-плазмід також є Т-ДНК. Однак трансформовані клітини Неонкогенні. Вони синтезують опінію, швидко ростуть в культурі і з них можна регеніровать здорові плодовиті рослини. Тому такі плазміди більш привабливі. На їх основі були створені інтеграційні і бінарні вектори.
3.2. Трансформація рослинних клітин
При роботі з новими видами рослин в попередніх дослідах, використовуючи онкогенні агробактреіі, визначають, які експланти підходять для таких дослідів. Ними можуть бути сегменти листя, стебла, бульби, кореня, черешка, проростка або розмножуються in vitro рослини. Потім досліди повторюють з Неонкогенні агробактерій. Далі каллус або нитки кудлатого кореня переносять на щільну живильне середовище і, змінюючи склад середовищ і умови культивування, домагаються регенерації рослин по першій схемі.
Клон трансформованих клітин отримують виходячи з їх протопластів. Протопластірованіе є надійним методом отримання ізольованих рослинних клітин. У відповідних умовах протопласт заново синтезує клітинну стінку і вступає в мітоз. Синтез ДНК служить сигналом про готовність рослинної клітини до її трансформації агробактерій. У цей момент, який настає через тиждень після початку культивування протопластів в рідкому середовищі, до них додають агробактерії. Після 1-2 тижнів додаткового культивування, що утворилися в суспензії мікроколонії рослинних клітин (вони після поділу не розходяться) висівають на щільну селективну середу. Через 3-6 тижнів на чашках утворюється каллус, з якого потім можна регенерувати цілу рослину. Саме така рослина буде трансгенним, якщо інфікують агробактерії містили рекомбинантную ДНК.
Метод перенесення чужорідних генів в рослини за допомогою агробактерій перестав бути універсальним. Основним недоліком є обмеження по колу господарів. Лише в поодиноких випадках вдавалося трансформувати однодольні рослини агробактерій. Наприклад, виявилося можливим індукувати освіту корончатого галла у батата Discorea bulbifera (однодольное рослин), інфікованого клітинами агробактерій, у яких vir область була попередньо індукована ацетосірінгону пораненого картоплі (дводольні рослина). Але проблема обмеження пов'язана не тільки з однодольними. Для багатьох видів культурних дводольних теж поки не знайдені умови їх трансформації і / або регенерації цілих рослин з ізольованих клітин. У таких випадках для трансформації використовують препарати ізольованою ДНК.