Реалізуючи умисне вбивство Гонгадзе за попередньою змовою групи Попович, за вказівкою Пукача, недалеко від місця зупинки автомобіля, в якому вже знаходився Гонгадзе, викопав лопатою яму, приблизною шириною 70 см і глибиною метр. В цей час Протасов і Костенко залишалися в службовому автомобілі Хюндай соната, утримуючи Гонгадзе.
Далі Протасов, Костенко, Попович і Пукач вивели Гонгадзе, зняли з нього куртку, поклали на землю і зняли з нього черевики. Після цього Костенко пов'язав мотузкою руки і ноги Гонгадзе. Після цього Пукач, Протасов і Костенко віднесли пов'язаного Гонгадзе до викопаної ями і поклали обличчям вниз. Костенко, за вказівкою Пукача, обшукав Гонгадзе, забрав у нього з кишені ключі і передав їх Пукачу.
Після цього його поклали горілиць. Гонгадзе, розуміючи злочинні наміри щодо себе, почав просити не вбивати його. Незважаючи на це, Пукач запхав у рот Гонгадзе носовичок і почав руками здавлювати його горло і шию. При цьому Протасов для подолання опору Гонгадзе тримав його за плечі.
Оскільки так задушити Гонгадзе не вдалося, Попович витягнув зі штанів Гонгадзе ремінь і передав його в якості знаряддя вбивства Пукачу. Пукач накинув його на шию Гонгадзе, уперся колінами в область грудей і почав затягувати. В цей час Протасов тримав Гонгадзе за праве плече, а Костенко за ноги.
Намагаючись уникнути смерті, Гонгадзе набрав у легені повітря. Тоді, за вказівкою Пукача, Попович для того, щоб змусити Гонгадзе видихнути повітря, наніс кілька ударів в область живота. Після отриманих ударів Гонгадзе видихнув. Через здавлювання шиї петлею з ременя, Гонгадзе був зламаний кадик. Почалися конвульсії. Протасов і Костенко тримали Гонгадзе за ноги до самої смерті.