Чому колір шкаралупи яєць різних видів птахів відрізняється один від одного? Чому навіть всередині одного виду птахи несуть яйця, що відрізняються від яєць інших одноплемінниць відтінком або навіть кольором? Відповідь на це питання вчені шукають вже багато років. В кінці XIX століття орнітологи прийшли до висновку, що кольорова шкаралупа виконує виключно маскувальну функцію, дозволяючи птахам ховати свої яйця від очей хижаків або демонструючи явну неїстівне яйця.
Однак зараз нарешті знайшли голос і прихильники «внутрішніх» теорій, які вважають, що шкаралупа не тільки захищає ненародженої пташеня від фізичних впливів, а й чинить серйозний вплив на його розвиток. Пігменти, що забарвлюють шкаралупу, здатні відфільтрувати шкідливе випромінювання, пропустивши всередину яйця тільки корисні для пташеняти промені, в той же час вони не відсікають повністю сонячне світло, адже відомо, що навіть чорні яйця страусів ему пропускають деяку частку світла. Забарвлення на одному кінці яйця часто відрізняється від забарвлення іншого - вчені пов'язують це з процесами індивідуального розвитку пташеняти, можливо, різниця в одержуваному випромінюванні підштовхує клітини на одному полюсі до більш інтенсивного поділу або змушує їх переміщатися.
Крім того, припускають, що світлові хвилі певної довжини можуть прискорювати розвиток пташеняти, що також сприяє і його захисту від хижаків - адже чим швидше малюк вилупиться і виросте, тим коротше буде той період, коли він дуже вразливий для своїх природних ворогів. Різна забарвлення може і сповільнювати поява на світ малюків, встановлюючи певну черговість вилуплення - адже відомо, що в гніздах чайок одне з трьох яєць завжди значно темніше двох інших.
Забарвлення шкаралупи може навчити пташеняти відрізняти світло від темряви, встановити циркадні ритми, стимулює молекулярні процеси ДНК-репарації і, можливо, допомагає формуванню власної мікрофлори. Також забарвлення змінюється в залежності від географічних і сезонних кліматичних особливостей.
Всі ці новинки не спростовують «зовнішніх» теорій фарбування яєць, але лише підтверджують їх, і вказують на те, що внутрішні причини в цьому питанні є не менш важливими.