Історія Великого театру ляльок починалася в маленькому будиночку у Поклонній гори, де в один прекрасний день п'ятеро друзів - три актори: Н.К. Комина, А.А. Гак, А.Н. Гумільова, художник В.Ф. Комин і музикант М.Г. Аптекар, - закохані в мистецтво театру ляльок, вирішили створити свій театр. Їх прихистив Будинок комуністичного виховання дітей Смольнинський району на проспекті Володарського (нині Ливарний провулок, 49), і 16 травня 1931 п'єсою «Інкубатор» театр відкрив свій перший сезон.
Крок за кроком театр набирав силу. У 1932-1948 роках на чолі театру був учень В.Е. Мейєрхольда, театральний рецензент і режисер Савелій Наумович Шапіро, який став будувати професійний театр. Найбільш значні його роботи - «Каштанка» А. Чехова (1935, 1945), «Аладдін і чарівна лампа» Н. Гернет (1940), «Аленький цветочек» С. Аксакова (1945).
У 1939 році театр став називатися Другий ленінградський театр ляльок і отримав статус державного, а в 1940 році «стаціонар» на вулиці Некрасова, 10, де БТК перебуває донині. У блокаду Ленінграда театру вдалося евакуюватися. На вантажівці, кузов якого сколотили своїми силами, колектив через Ладогу відвіз своїх ляльок і залишилися в живих акторів в Сибір. Вони виступали з виставами для дітей, сатиричними виставами для дорослих. Двічі вони побували в блокадному Ленінграді, під обстрілом на катері добиралися до Кронштадта, виступали там перед моряками. Одним з перших театр повернувся з евакуації в Ленінград.
Перший післявоєнний сезон відкрився «Аленький квіточкою». Епоха С.Н. Шапіро (він помер в 1948 році) завершилася поетичним спектаклем «Сказання про Лебединцев-місті». З 1949 по 1963 рік театр очолював Михайло Михайлович Корольов. Найбільш відомі його роботи - «Казка про царя Салтана» і «Руслан і Людмила» по Пушкіну, а також «Дикі лебеді» і «Дюймовочка» Г.Х. Андерсена, «Коник-Горбоконик» П. Єршова. У 1954 році з'являється репертуар і для дорослих. Це «1002-я ніч» Н. Гернет і К. Шнейдер. У 1957 і 1961 роках вперше в Росії і на лялькової сцені інсценовані романи І. Ільфа та Є. Петрова «12 стільців» і «Золоте теля».
Студія вже має і свій власний репертуар. Серед дитячих вистав, випущених Кудашова, «Маленький принц» за казкою А. де Сент-Екзюпері, «Лускунчик, або Різдвяні сни і бачення Марі Штальбаум» за казкою Е. Т. А. Гофмана, «Велика подорож маленької Ялинки» (фантазія за казкою Г.Х. Андерсена «Смерічка») та інші. У репертуарі театру сьогодні 22 дитячих вистави і 9 вистав для дорослих.