В першу чергу джерела забруднення води діляться на природні і антропогенні.
До антропогенним джерелам ставляться:
-- Промислові стоки (точкові джерела забруднення) - заводи, фабрики, шахти, збагачувальні комбінати)
-- Сільськогосподарські стоки (точкові джерела забруднення) - в першу чергу, ферми, а також рибоводні комплекси. Найбільш небезпечні комбінати по вирощуванню птиці і свиновідгодівельний комплекси.
-- Сільськогосподарські стоки (майданні джерела забруднення) - розорані землі, пасовища, вигони худоби та інші
-- Побутові стоки (точкові і площинні) - стоки з каналізації, з міських територій, підприємств інфраструктури, стоки з рекреаційних установ і зон відпочинку населення.
Ще одне джерело забруднення (може бути як природного, так і антропогенного походження) - атмосферне перенесення забруднюючих речовин.
До природних джерел належать:
-- поверхневий стік з водозборів, що не змінених господарською діяльністю
-- продукти життєдіяльності диких тварин, птахів і риб
-- забруднення від вулканів та інших небезпечних природних джерел
-- самозагрязненіе водойм продуктами життєдіяльності фітопланктону і вищої водної рослинності.
Якість води багато в чому залежить від місця розташування водойми (в природному сенсі, звичайно). Наприклад, вода болотних водойм має воду низької якості. Найбільш високоякісна вода гірських озер і вода озер субполярних і полярних територій.
Наявність на приозер'я заліснених територій (або чагарникова смуга уздовж водойми) - позитивний фактор, тому що забруднення затримуються лісовими і чагарниковими смугами.
Але основне джерело погіршення якості води - антропогенна діяльність людини.
Є ще один фактор, який може впливати на якість води - морфометричні та морфологічні характеристики водойми. Так, глибокі водойми з великим об'ємом гіполімніона забруднюються швидше, ніж мілководні озера з великою площею.
Ще один фактор - гідрологічні особливості. Швидка течія води позитивно в сенсі швидкого самоочищення води. Водойми з сильно уповільненим водообміну в цілому менш стійкі до забруднення.
Існує також вплив хімічного складу води. Точніше, її мінералізації. Слабо мінералізовані водойми забруднюються швидше, ніж сильно мінералізовані, тому що самоочищення від вступників забруднень в цьому випадку йде повільніше.