Так як нове місце було нижче старого майже на 4 м, то були побудовані фундамент і перший поверх, на які «понасували» пересуватися будівлю, і таким чином воно з триповерхової стало чотирьохповерховим.
Колектив евакогоспіталю №5011. 1-й ряд: 3-тя зліва - Е.М. Бочевер, в центрі проф. Є.Б. Рабкин, правіше - М.М. Діслер, професор В.П. Страхов, Е.В. Фірюкова, 2-й ряд: крайній зліва - І.М. Міллер, 3-й ряд: крайня праворуч - С.Є. Шарц. Кінець 1944 р
Влітку 1941 року повинен був розвернутися капітальний ремонт будівлі, але почалася Велика Вітчизняна війна. В результаті всю війну будівля стояло на транспортному обладнанні і домкратах, без нормальної тепло- і гідроізоляції на основі будівлі, позбавлене нового першого поверху, підвалів і природних бомбосховищ.
Емма Ісаківна Шапіро
З перших же днів війни стаціонар лікарні повністю був перетворений в госпіталь, амбулаторія продовжувала функціонувати в колишньому режимі і служила консультаційним пунктом для багатьох інших військових медичних установ.
Опалення будівлі здійснювалося котельні, дрова для якої доставлялися на вулицю Горького, а звідти співробітниками лікарні перетягували вже в лікарні.
Частина лікарів і сестер були мобілізовані і поїхали на фронт. Серед них - заступник головного лікаря по медичній частині М.Б. Мендельсон, завідувач відділенням рентгенології та фізіотерапії Г.Я. Сабуров (в майбутньому професор), лікарі лікарні Л.Л. Фельдман, Д.Л. Новогрудська, Є.П. Горська, М.Д. Цвіллінг, Г.І. Березкіна, І.Г. Возлінскій, медсестри Л.М. Зискинд, Н.П. Лозівському, О.Ф. Никонова і багато інших. Частина співробітників лікарні була евакуйована в тил (зокрема, старша медсестра 3-го відділення Е.В. Зарецька, старша операційна сестра Л.А. Слободник). Деякі співробітники переходять на роботу в інші установи Москви.
На другому і третьому поверхах лікарні було розгорнуто три відділення, які очолювали ті ж лікарі, що і перед війною (професора Н.М. Благовіщенський і В.П. Страхов і М.М. Діслер). Перший час в палатах поміщалися упереміж воїни командного і рядового складу, в подальшому виявилося більш зручним розділити їх: правого крило другого поверху зайняло офіцерське відділення, а в лівому крилі і на третьому поверсі розмістили червоноармійців.
Е.М. Бочевер, Н.К. Іванов, професор Є.Б. Рабкин, Є.І. Шапіро, професор В.П. Страхов, М.М. Діслер
При госпіталі діяли рентгенівський кабінет, фізіотерапевтичний кабінет, лабораторія. Госпіталь мав два відділення з рівною кількістю ліжок в кожному відділенні. Відділення очолили кандидати медичних наук, учні професора В.П. Страхова, Микола Кузьмич Іванов і Олена Мінаевна Бочевер при постійних консультаціях професора В.П. Страхова і доктора М.М. Діслера, хоча головна робота їх тривала в тих же відділеннях стаціонару.
Деякий час по тому госпіталь був розширений за рахунок приміщення нижнього поверху наріжного будинку по провулку Садовських напроти лікарні, теж пересунути в провулок перед війною.
Крім того, на базі Моки, який стає консультативним установою для всіх евакогоспіталів Москви, професор В.П. Страхов організовує очне відділення, яким паралельно з роботою в лікарні керує до середини 1943 року. Разом з ним на базі відділення працює лікар Московської очної лікарні Олександра Миколаївна Крутова.
Олена Мінаевна Бочевер
Олена Мінаевна Бочевер відправила свою дочку (майбутнього відомого офтальмолога Е.О. Саксонову) зі своїми старими батьками в евакуацію. Поранені під Москвою бійці безперервним потоком надходили в госпіталь, і Олена Мінаевна без сну і відпочинку безперервно оперувала (з роботи вона не йшла, тут і жила). З її спогадів відомо, що серед поранених було багато танкістів, у яких були пошкоджені не тільки очі, а й особи були так понівечені, що доводилося робити «пластику». Вона оперувала і вдень і вночі, але в якісь моменти не витримувала і повинна була перед черговою операцією хоча б присісти хвилин на 10 і поспати. Слова «Олена Мінаевна, митися!» Служили сигналом для наступної операції - кількох хвилин сну вистачало для відновлення сил. Це був подвиг. Довгі роки після виття-ни вона отримувала безліч листів зі словами подяки і любові від своїх «військових» пацієнтів (її племінниця згадувала, що бачила гори листів і листівок).
Вона була дуже м'яким доктором, вміла заспокоїти хворого, вселити йому впевненість і разом з тим настояти на необхідності потрібного лікування. Хворі були зачаровані нею і як лікарем, і як людиною. А вона була високим професіоналом - хірургом із золотими руками і неперевершеним діагностом.
Повних звітів про роботу евакогоспіталю за 1942-1944 роки не збереглося, проте відомо, що за час існування госпіталю в ньому знаходилося на лікуванні 9441 поранених, вироблено 10398 операцій у 5559 осіб. Повернення в лад склав 82,4%, виписані були 88% поранених. Переважний контингент направляються в госпіталь - тяжкопоранені з проникаючими травмами очей.
Застосовувалися всі новітні методи лікування: сульфаніламідні препарати, тканинна терапія, переливання крові, сироватка Богомольця. За пропозицією професора В.П. Страхова значно вкорочені терміни застосування пластичних операцій після поранень і опіків повік і обличчя. Широко застосовувалися електромагнітні операції видалення сторонніх тіл з ока, переважно діасклеральним методом. Освоєно і застосовувалися методи видалення амагнітних чужорідних тіл з ока.
Одночасно госпіталь проводив велику консультативну роботу з хворими, що направляються з інших госпіталів м Москви і області, і, крім того, сюди стікалися найбільш складні і важкі осліплі поранені хворі з багатьох міст Радянського Союзу.
Багатьом сотням важко пораненим осліпнув шляхом тонких і складних операцій було повернуто зір.
Для хворих було проведено тисячі лекцій, доповідей і бесід, понад 300 концертів і вечорів, а також 4000 кіносеансів.
У роки війни продовжують надавати консультативну допомогу лікарні та поліклініці консультанти: невролог С.Д. Вознесенський, отоларинголог І.Г. Жилінський, терапевт А.П. Пєсков.
З огляду на мобілізації Г.Я. Сабурова консультантом рентгенологом запрошується професор М.М. Балтін, однак практично відразу він евакуюється в тил разом з багатьма співробітниками інституту офтальмології ім. Гельмгольца, і протягом всієї війни консультантом рентгенологом є учениця М.М. Бал-твань Белла Ізраілевна Свядощ.