Чисельність військовослужбовців і цивільного персоналу військових слідчих органів Слідчого комітету встановлюється Президентом Російської Федерації за поданням Голови Слідчого комітету пропорційно чисельності Збройних Сил Російської Федерації, інших військ, військових формувань і органів, в яких федеральним законом передбачена військова служба, і включається в штатну чисельність Слідчого комітету.
Військові слідчі органи Слідчого комітету здійснюють відповідно до законодавства РФ повноваження в сфері кримінального судочинства в Збройних Силах РФ, інших військах, військових формуваннях і органах, в яких федеральним законом передбачена військова служба. Військові слідчі органи Слідчого комітету РФ розглядають повідомлення про злочини та проводять попереднє розслідування у формі попереднього слідства і дізнання у кримінальних справах про злочини, до яких відносяться злочини, вчинені:
- військовослужбовцями і громадянами, що проходять військові збори;
- особами цивільного персоналу Збройних Сил РФ, інших військ, військових формувань і органів у зв'язку з виконанням ними своїх службових обов'язків або вчинені на території (в розташуванні) військової частини, з'єднання, установи;
- суддями військових судів, прокурорськими працівниками органів військової прокуратури, працівниками військових слідчих органів Слідчого комітету РФ, в тому числі не є військовослужбовцями;
- іншими особами, кримінальне переслідування яких за рішенням Голови Слідчого комітету РФ віднесено до компетенції військових слідчих органів Слідчого комітету РФ.
На військові слідчі органи Слідчого комітету РФ покладено здійснення функцій у виконанні законодавства Російської Федерації про кримінальне судочинство в місцевостях, де в силу виняткових обставин не діють інші слідчі органи Слідчого комітету РФ, а також за межами території Російської Федерації, де і відповідно до міжнародних договорів Російської Федерації перебувають війська Російської Федерації, в тому числі і республіках Вірменія, Таджикистан, Абхазія, Південна Осетія, Казахстан і Україна.
На слідчих військових слідчих органів Слідчого комітету РФ, прикомандированих до екіпажів військових кораблів Військово-Морського Флоту, що виконують завдання по боротьбі з піратством і забезпечення безпеки судноплавства, покладено обов'язки щодо проведення перевірок повідомлень про злочини, передбачені ст. 227 КК РФ ( «Піратство»), порушення кримінальних справ і виконання по ним первинних слідчих та інших процесуальних дій.
Структура військових слідчих органів відповідає новому військово-адміністративним поділом країни, встановленому Президентом РФ.
Військові слідчі органи Слідчого комітету РФ утворюють власну систему органів, до якої входять:
- Головне військове слідче управління Слідчого комітету РФ;
- військові слідчі управління Слідчого комітету РФ по військових округах, флотам та інші військові слідчі управління Слідчого комітету, прирівняні до головним слідчим управлінням і слідчим управлінням Слідчого комітету по суб'єктах РФ (військові слідчі управління Слідчого комітету РФ окружного ланки);
- військові слідчі відділи Слідчого комітету РФ по об'єднаннях, з'єднаннях, гарнізонах та інші військові слідчі відділи Слідчого комітету РФ, прирівняні до слідчих відділів і слідчим відділенням Слідчого комітету РФ по районам, містам (військові слідчі відділи Слідчого комітету РФ гарнізонного ланки).
Крім того, у військових слідчих органах Слідчого комітету РФ Головою Слідчого комітету РФ можуть створюватися слідчі відділення і слідчі ділянки.
Очолює систему військових слідчих органів Слідчого комітету РФ Заступник Голови Слідчого комітету Російської Федерації - керівник Головного військового слідчого управління, його перший заступник, заступники та інші посадові особи військових слідчих органів Слідчого комітету, для посад яких передбачені військові звання вищих офіцерів, призначаються на посаду і звільняються з посади Президентом Російської Федерації за поданням Голови Слідчого комітету.
Заступник Голови Слідчого комітету РФ - керівник Головного військового слідчого управління має першого заступника, заступників, помічників, старших помічників і помічників з особливих доручень.
Фінансове забезпечення військових слідчих органів Слідчого комітету РФ здійснюється Міноборони Росії, іншими федеральними органами виконавчої влади, в яких федеральним законом передбачена військова служба, відповідно до бюджетного законодавства Російської Федерації Матеріально-технічне забезпечення військових слідчих органів Слідчого комітету РФ, виділення ним службових приміщень, транспорту , засобів зв'язку та інших видів забезпечення та забезпечення здійснюються Міноборони Росії, іншими федеральн ми органами виконавчої влади, в яких федеральним законом передбачена військова служба, за встановленими нормами.
Охорона службових приміщень військових слідчих органів Слідчого комітету РФ здійснюється військовими частинами, Головне військове слідче управління Слідчого комітету РФ і військові слідчі управління Слідчого комітету РФ окружного ланки є юридичними особами.
Головне військове слідче управління Слідчого комітету РФ є структурним підрозділом центрального апарату Слідчого комітету РФ. До складу цього Головного управління входять управління та відділи, відділи у складі управлінь, створювані на підставі рішень Голови Слідчого комітету РФ. У Головному військовому слідчому управлінні Слідчого комітету РФ передбачаються військові посади (керівників управлінь, їх перших заступників та заступників, керівників відділів і їх заступників, старших слідчих з особливо важливих юлам, старших слідчих-криміналістів, старших інспекторів, слідчих з особливо важливих справ, слідчих- криміналістів, інспекторів, старших слідчих і слідчих) і посади федеральної державної цивільної служби (начальників відділів, заступників начальників від ялинові, референтів, провідних радників, радників, головних консультантів, консультантів, головних спеціалістів, провідних спеціалістів та ін.).
Військові слідчі управління Слідчого комітету РФ окружного ланки являють собою середню ланку системи військових слідчих органів Слідчого комітету, а також є вищестоящими військовими слідчими органами Слідчого комітету для військових слідчих відділів Слідчого комітету гарнізонного ланки.
Військові слідчі управління Слідчого комітету окружного ланки очолюють їх керівники, які призначаються на посаду і звільняються з посади, за якою передбачено присвоєння військового звання вищого офіцера Президентом РФ, а також керівники, які призначаються на посаду і звільняються з посади, за якою передбачено присвоєння військового звання «полковник юстиції », Головою Слідчого комітету РФ.
Керівники військових слідчих управлінь окружного ланки мають перших заступників, заступників, старших помічників і помічників.
До складу військових слідчих управлінь Слідчого комітету РФ окружного ланки входять відділи та відділення, що створюються на підставі рішень Голови Слідчого комітету РФ. У них передбачаються військові посади (керівників відділів і їх заступників, старших слідчих-криміналістів, слідчих з особливо важливих справ, слідчих-криміналістів, старших інспекторів, інспекторів, старших слідчих і слідчих) і посади федеральної державної цивільної служби (начальників відділів та їх заступників, головних спеціалістів, провідних спеціалістів, старших фахівців і фахівців).
У Криму і Севастополі наказом глави Слідчого комітету РФ створена структура військових слідчих органів щодо Чорноморського флоту. У створену структуру Військового слідчого управління Слідчого комітету РФ по ЧФ входять військове слідче управління і 6 підлеглих військових слідчих відділів. Два відділу створено в Севастополі, по одному в Сімферополі, Ялті, Феодосії та Євпаторії.
Військові слідчі органи по Чорноморському флоту здійснюють свої повноваження в підрозділах Збройних сил Російської Федерації, інших військах, військових формуваннях і органах, в яких передбачена військова служба і які дислоковані в Республіці Крим і місті Севастополі.
Військові слідчі відділи Слідчого комітету гарнізонного ланки є низовим ланкою системи військових слідчих органів Слідчого комітету РФ. Очолюють зазначені військові слідчі відділи керівники військових слідчих відділів, які призначаються на посаду і звільняються з посади Головою Слідчого комітету РФ.
Керівники таких військових слідчих відділів можуть мати перших заступників і заступників.
Крім того, в них передбачаються військові посади (старших слідчих-криміналістів, слідчих з особливо важливих справ, слідчих-криміналістів, старших слідчих і слідчих), посади федеральної державної цивільної служби та посади, які не є посадами федеральної державної цивільної служби (головних спеціалістів, провідних фахівців, старших фахівців, фахівців і ін.).