Однією з головних завдань даного підрозділу КНБ є недопущення нанесення шкоди обороноздатності держави. У зазначеному аспекті органами військової контррозвідки вживаються заходи, націлені на підвищення ефективності забезпечення безпеки Збройних сил, інших військ і військових формувань країни.
За 15 років по лінії протидії спецслужбам іноземних держав органами військової контррозвідки у взаємодії зі структурними та територіальними підрозділами Комітету викрито і засуджено до різних термінів позбавлення волі ряд агентів спецслужб іноземних держав. Встановлено співробітники і агенти іноземних спецслужб.
Крім того, військова контррозвідка бореться і з таким негативним явищем, як незаконний обіг зброї і боєприпасів. Ці цифри досить великі, скажемо лише, що вилучені у злочинців сотні тисяч різних боєприпасів.
Нині військова контррозвідка ефективно взаємодіє з військовими правоохоронними органами щодо виявлення в армійських підрозділах корупції. Чимало було попереджено і розкрадань державного майна. Це результат щоденної і копіткої оперативно-розшукової діяльності військових контррозвідників і налагодженої роботи з іншими структурами Збройних сил.
Керівництвом КНБ ставляться перед військовою контррозвідкою особливі пріоритетні завдання - сприяти військовому командуванню в побудові високоефективних Збройних сил, які дозволять Казахстану на постійній основі підтримувати сформований режим національної і державної безпеки.
Окремо хотілося б мені відзначити те, що військова контррозвідка успішно працює і з іншими оперативними підрозділами Комітету національної безпеки в плані боротьби з тероризмом і екстремізмом. В поле зору контррозвідників входить проникнення в армійську середу ідеології екстремістських організацій. Цьому приділяється особлива увага, з огляду на міжнародну обстановку в регіоні.
Актуальним є питання боротьби з наркобізнесом. Адже всім відомо, що Казахстан і раніше залишається перевалочним пунктом для наркоділків. У зв'язку з цим військова контррозвідка веде роботу і по своїй лінії.
Втім, для всіх структурних підрозділів Комітету національної безпеки стоїть одне спільне завдання - щоденна і навіть щогодини робота по забезпеченню безпеки наших громадян і країни.