Однак до 7-ми років хлопчик захворів на ентерит, що спричинило за собою рахіт і значне погіршення стану. Лікарі не знали, як боротися з недугою, і тільки рекомендували Іву постільний режим. Це поставило хрест на його подорожах найближчих декількох років. Після Першої світової Даніель Кусто влаштувався на роботу в американську фірму Хіггінса, тому йому знову доводилося надовго їхати від рідного дому. До 1920-го року Жак-Ів жив в школі-інтернаті, а з початком 20-х сім'я переїхала в Штати, де хлопчик і навчився англійської. Ближче до 1923 му році родина Кусто знову повернулася до Франції, а сам Ів захопився механікою. Середню освіту здобув у спеціальному молодіжному інтернаті Парижа.
У 1930-му вступив до морську академію на військове відділення, яку закінчив у званні прапорщика. Незабаром за розподілом потрапив на базу ВМС в Шанхаї. До роботи ставився творчо, багато фотографував, писав нариси і замітки про подорожі по Азії і СРСР. У 1933-му несподівано кинув морехідку і вступив в авіаційну академію, однак нещасний випадок на гірській дорозі поставив хрест на його щойно створеній стажуванні.
Оговтавшись від страшної аварії, Жак-Ів Кусто не став впадати у відчай і повернувся на службу на військовий крейсер «Сюфрен» в якості інструктора. Підводне царство для себе відкрив випадково. Стрибаючи в воду з друзями з флоту зі спеціальними окулярами, Жак зрозумів, що прекрасніше океанських глибин на світі нічого не може бути.
У 1937-му одружився на дівчині Сімоне, яка народила йому двох чудових синів Мішеля і Філіпа. 40-ті роки пройшли у Кусто в пошуках можливостей для проведення його власних досліджень морського дна і в роботі на крейсерах як механіка. І тільки з початком 1950-х зміг дозволити собі придбати старенький списаний тральщик ВМС Британії з вельми промовистою назвою «Каліпсо».
В кінці 50-х був призначений главою Океанографічного королівського музею в Монако, а на початку 1970-х самим Жак-Ів був створений некомерційний «Фонд Кусто», орієнтований на охорону водного середовища. Також їм було зроблено чимало значущих відкриттів, наприклад, він виявив у китоподібних здатність до ехолокації. Іншими словами, всі тварини цього сімейства мають якесь сонаром, завдяки якому вони орієнтуються у воді і заздалегідь дізнаються про небезпеку.
До 80-х років у Кусто була ціла команда вчених-дослідників і водолазів, а навесні +1985-го у нього з'явилося нове судно - велика яхта під назвою «Алсіон» з турбопарусом тяги Магнуса. За своє життя Жак зняв більше 200 великих документальних фільмів про підводний світ і скоїв більше десятка відкриттів.