І знову втрутилася доля. Служити б і служити Захарову на надводних кораблях, але командир групи спецназу на одному з останніх тренувань отримав серйозну травму, і часу його замінити вже не залишалося. Тоді розвідники і запропонували взяти замість командира на час показною висадки старшого лейтенанта Захарова. Благо його фізична підготовка дозволяла це зробити. І взяли. І не пошкодували. Захаров відпрацював так, що після навчань йому запропонували перейти в спецназ КБФ- 561 МРП.
Весь час цікавився новою спеціальністю, постійно шукав шляхи самовдосконалення в бойовій підготовці, впроваджував ці нововведення в підготовку підлеглих. Геннадій Іванович розповідав:
«У середині 1970-х нас на Балтиці відвідала група ветеранів-розвідників, учасників Великої Вітчизняної війни. Ми їм продемонстрували свою майстерність подолання перешкод на «стежці розвідника», а також плавання, стрілянину і марш-кидок. Тут один з ветеранів, полковник А. С. Муравйов, запитав, чи є у нас пістолет ТТ і револьвер «Наган». Я сказав, що є, тільки наган спортивний. Тут же Муравйов продемонстрував стрілянину з двох рук в русі. Стріляючи від стегна і рухаючись по косій уздовж ряду грудних мішеней, він вразив всі мішені двома-трьома кулями в голову і груди. При цьому відстань до мішеней було спочатку 25, а в кінці 15 метрів. Ми так не вміли. Виявилося, полковник Муравйов служив в «СМЕРШ» і за довгі роки щеплені на війні навички не розгубив. Я його попросив поділитися своєю майстерністю. Він не відмовив, і цей унікальний фронтовий досвід був узятий нами на озброєння ».
У 561-му морському розвідувальному пункті він виріс до командира загону. Все складалося благополучно, але доля знову змусила Геннадія Івановича приймати рішення, яке змінило його подальше життя.
Морські розвідувальні пункти, так раніше називалися частини спеціального призначення флоту, були практично на всіх флотах і навіть в складі Червонопрапорної Каспійської флотилії. Винятком був Північний флот. Створений в 1957 році в його складі 304 МРП проіснував недовго. Було визнано, що суворі умови півночі не дозволяють повноцінно займатися бойовою підготовкою, і в 1960 році пункт розформували. Для вирішення спеціальних завдань на Північний флот прямував загін водолазів-розвідників з Балтики. Цими водолазами командував капітан 3 рангу Захаров. Однак ряд проведених навчань і занять показав, що для нормальної роботи в цьому районі все-таки необхідно мати тут частину, з постійним місцем дислокації, укомплектовану фахівцями, підготовленими до дій в цих суворих умовах. У зв'язку з цим в 1985 році на Північному флоті був створений 420 РПСпН - розвідувальний пункт спеціального призначення. Командувати нової військової частиною був призначений Г. І. Захаров.
Що таке створювати нову частину, знають ті, хто з цим стикався. Організація всіх питань - від забезпечення підрозділів усім необхідним, включаючи житло, до організації бойової підготовки.
Останнє - завдання не з простих, враховуючи температури, рельєф берегової лінії і глибини. Для прикладу: глибини Балтійського моря (видалення від берега 1-3 милі - 40 метрів) дозволяли підводному човні лягати на грунт для організації виходу водолазів-розвідників через торпедний апарат. На півночі глибини були набагато більше, і там, де човен могла лягти на грунт, вихід водолазів був неможливий. У зв'язку з цим почали відпрацьовувати вихід з підводного човна без постановки на грунт на плавучому якорі. Це у багато разів складніше, перш за все для екіпажу човна. А що таке змусити екіпаж човна, яка формально тобі не підкоряється, почати працювати так, як вони ніколи не працювали? Захаров і тут домігся свого.
Про все розповідати, напевно, немає сенсу. Про це написано чимало. Досить сказати, що зусиллями Геннадія Івановича новий пункт став однією з кращих частин на флоті.
«Чи не запізно, - поцікавився генерал, - вчити? У спецназі потрібно не просто розповідати, а й показувати ». Тоді Захаров без зайвих слів прямо в кабінеті зробив стійку на руках.
«Ну ладно, - сказав Коржаков, - підемо в спортзал». Коли прийшли, там йшли заняття з рукопашного бою. Коржаков поставив проти Захарова майстри карате, володаря чорного поясу. Той відразу встав в стійку, а Захаров йому: «Ти що і охороняти об'єкт в стійці будеш?» Хлопець не очікував такого питання і прийняв звичайний стан, після чого отримав від Захарова блискавичний удар ногою. Цього вистачило. Далі спарингу не було. Коржаков посміхнувся, і вони вирушили в тир. Там стріляли з пістолета Макарова, перебуваючи в академічній стійці. Захаров поставив запитання: «А в разі застосування зброї зможете прийняти таку стійку?» Хлопці запитали, що він замість цього може запропонувати. Тоді Геннадій Іванович взяв два «Макарова» і показав, чому його навчив ветеран «Смерша». Більше у Коржакова питань не було.
Капітан 1 рангу Г. І. Захаров очолив спецпідрозділ Головного управління охорони, яке згодом стало Службою безпеки президента, а в даний час називається Управлінням спеціального призначення ФСО. По суті, за його активної участі було створено спецназ Президента РФ, який здатний в даний час вирішувати найширший спектр спеціальних завдань, пов'язаних з охороною першої особи держави.
Після конфлікту з Єльциним і догляду Коржакова зі свого поста в званні контр-адмірала звільнився в запас і Геннадій Іванович.
Жив на пенсії, займався справами ветеранів СБП, будучи віце-президентом Регіональної громадської організації «Асоціація ветеранів і співробітників Служби безпеки президента». Зустрічався з молоддю, передавав свій досвід.
Те, що зробив він за свою яскраву і насичену подіями життя, вистачило б не на одну біографію. За час служби він зробив близько 700 стрибків з парашутом і майже 1000 годин провів під водою. Поставив практично з нуля два спецпідрозділи, причому абсолютно різної спрямованості.
Сам же він так оцінював свої заслуги: «Згідно з офіційною статистикою, в 1960-1980-і роки в частинах водолазів-розвідників гинули 3-4 людини в рік. За 15 років командування спецчастинами на флоті я не втратив жодної людини. Це і є головна справа мого життя ».