Дацан був заснований в 1825 році (іноді називається 1824 рік) біля річки Шулута, поблизу улусу Ацагат. в місцевості Боро-Тоонтой. Перший дерев'яний храм-суме був побудований без офіційного дозволу. У 1831 році тайша Хорінськ бурять звернувся до іркутському губернатору з проханням дозволити діяльність дацану. 5 травня 1831 року губернатор дозволив відправлення релігійного культу в Курбінском, або Ацагатском дацане.
До 1841 року були побудовані Цогчен-Дуган (головний соборний храм), Дара-Ехин суме, Хурдин суме.
У 1840 році в дацане значилося 17 лам. в 1841 році - 28 лам і хувараков, з них 1 - комплектний лама, 21 - служивих і 6 хувараков. Територія приходу дацану простягалася від східних кордонів міста Верхньоудинськ. місцевості Дабата, далі по обох берегах річки Уди аж до річки Худан. Прихід дацану до кінця XIX століття становив понад 4 тисяч 700 осіб.
будинки дацану
На новому місці був побудований Цогчен-дуга - головний соборний храм. Триповерхова будівля поєднувало тибетські і китайські архітектурні стилі. Перший поверх кам'яний, в тибетському стилі, другий і третій поверхи дерев'яні - в китайському стилі.
До 1875 році в дацане була 21 буддійська танка на тканини, в бібліотеці були 325 томів канонів "Ганджур" і "Данжур" і 16 томів твору "Юм".
На початку XX століття був побудований Джуд-Дуган. Дерев'яне будинок розташовувалося на північ від Цогчен-дуга, за огорожею монастиря.
Друкарня дацану
Друкарня в дацане виникла, імовірно, у другій половині XIX століття. Тут видавалося 46 найменувань книг тибетською мовою і 47 - на монгольському. Крім книг, друкарня друкувала ксилографії відбитки зображень Бурханов і дисководу морін.
Дерев'яне будинок друкарні збереглося до теперішнього часу - воно розташоване на північний схід від огорожі монастиря.
Школа тибетської медицини
Викладачів запрошували з Монголії. Лікарські препарати привозилися з Китаю і Монголії, заготовляли місцеві лікарські трави. У 1926 році з Цугольскій дацану в Ацагатскій був переданий Атлас тибетської медицини.
В середині 1920-х років лами дацану пропонували на базі школи Мамба створити республіканську школу тибетської медицини.
На початку 1930-х років на Ацагатском аршанов (мінеральному джерелі) будувалися будівлі для лікарень, планувалося будівництво будинку для влаштування ванни, придбання житлових будинків і перенесення їх на джерело, ремонт раніше споруджених будівель. На території Аршай було кілька двоповерхових будинків.
радянський період
Навесні 1933 року поряд з дацаном був утворений міліцейський радгосп. який почав використовувати землі монастиря. При радгоспі був відкритий будинок для безпритульних.