Навряд чи я буду сильно корисний, але мав справу з yGuard (у них можливостей і опцій як мені відомо поменше ніж у ProGuard) - там все подібні речі налаштовуються для окремих пакеджей або класів. Або ж глобально - наприклад «Не обфусціровать статичні методи", "не обфусціровать імена методів» і т.д.
Приблизно ось так виглядають настройки (прямо в білд-скрипті):
Тут, звичайно, не все, але думаю загальна ідея повинна бути ясна.
Те що знаходиться між «keep» - якраз виключаються з обфускаціі речі.
Ми трохи схитрували, звичайно - зробили окремий інтерфейс NonObfuscable - все що його імплементіт автоматично виключається з обфускаціі (принаймні імена методів і змінних) і дозволяє в підсумку користуватися класами для збереження даних в XML.
Сподіваюся це хоч якось Вам допоможе.