Правильно писати "анекдот", звичайно. Підкреслю, що з буквою "К", але не з "Г".
Сумнівів ні у кого ніколи і не виникало б, якби не часта помилка при вимові на користь саме згодної "Г".
Треба сказати, що поєднання приголосних букв "кд" в російській мові - не таке вже звичне явище. Зараз пригадувала-пригадувала, але нічого, крім "сінекд оха" і "нокд Аун" швидко і не згадала, за виключенням слів, однокореневих "анекдоту". І у всіх цих словах хочеться вимовити і написати "г" або "х" замість "до". Але це всього лише фонетична ілюзія, закономірно виникає за непростому вимові двох стоять один за одним звуків.
Іменник чоловічого роду і однини Анекдот ми віднесемо до другого відміні і тим самим припустимо в його складі наявність нульового закінчення. Коренем цього слова буде морфема АНЕКДОТ, адже слово це запозичене і прийшло до нас із давньої Греції, де ще до нашої ери був випущений перший збірник анекдотів, правда в більшості своїй повчальних і не зовсім смішних.
На жаль поставити після сумнівною гласною Т в корені слова голосну ми не можемо і тому написання цього слова просто запам'ятовуємо - АНЕКДОТ. У греків ця згодна передавалася буквою каппа, яка точно повторює написанням нашу рідну К.