Позиції парламенту покращилися, коли вдалося укласти угоду з шотландцями, що об'єктивно ускладнило становище роялістів. Головною причиною перелому в ході першої громадянської війни вважають військову реформу, здійснену під керівництвом О. Кромвеля. У 1643 р він організував загін, солдати якого за стійкість і фанатизм отримали прізвисько "залізнобоких". На цій основі виникла армія "нового зразка", відмітними рисами якої були міцна дисципліна, закріплена положеннями статуту, радикальний пуританський фанатизм, що забезпечував високий бойовий дух, а також висунення на керівні офіцерські посади осіб не тільки дворянського походження. Полковниками парламентської армії стали візник Прайд, шкіпер Рейнсборо, швець Х'юсон і ін.
До кінця 1644 року парламент контролював в Англії і Уельсі 37 графств з 57, а також майже всі головні міста і стратегічно важливі пункти, за винятком Брістоля, Ексетера і Честера. Проте у короля зберігався військовий і особливо політичний потенціал. Саме тоді Манчестер вимовив знамениту фразу про 99 перемогах, на що Кромвель швидко відповів: "Якщо це так, то навіщо ми першими підняли зброю?" Спори між пресвітеріанським керівництвом армії і индепендентами, як стали називати себе ті, хто наполягав на рішучої боротьби, привели до того, що парламент вирішив "розвести" політику і армію. Відповідно до біллем про самозречення парламентаріїв (як лорди, так і Коммонер) повинні були відректися від військових посад, а новим командувачем армії "нового зразка" став Т. Ферфакс. єдиний з генералів, зберігав в цих суперечках політичний нейтралітет. Кромвель, зберігши місце в палаті, став його заместітетем.