Розвиток сюжету починається в тюрмі. Ув'язнені учиняють бунт. Рухайтеся по маркерами, попутно розбираючись з ворогами, які будуть на вас нападати. В кінці вас чекає бій з Кіллеркроком. Після перемоги над ним, вас чекає сюжетний ролик.
Після ролика, дотримуйтесь згідно маркерами, і ви вийдете до будівлі. Усередині нього буде кімната, в якій вороги тримають заручників. Вам необхідно звільнити всіх заручників і дізнатися, хто ж жертва. Для цього скористайтеся детективним режимом.
Далі, щоб пройти двері, необхідно відшукати ключ-карту. Знайти її можна в вентиляційній шахті. Після всього, підніміться на дах будівлі і використовуючи пристосування Бетмена летите по мітках, які будуть позначені у вас на радарі. В кінці місії, вас чекає сутичка з бандитами. Після того, як ви розправитися з ними, вимкніть вишку.
Остання пропозиція Пінгвіна
На початку цієї місії, вам потрібно потрапити на борт "Final Offer" Пінгвіна. На самому кораблі, вас будуть чекати вороги, з якими вам необхідно розправитися, після ви потрапляєте на арену. На ній вам потрібно вступити в сутичку з численними ворогами, і в кінці перемогти Electrocutioner-а.
Після того, як ви розправитися з Electrocutioner-му, проберіться в кабінет Пінгвіна. Пройшовши по коридору, ви виявите стіну, суцільно вкриту кригою. Дістаньте рідкий гель і висадіть лід. У стіні буде прохід, який приведе вас в казино. Розправтеся з усіма ворогами і пройдіть в ліфт. Після цього, на вас буде чекати група ворогів, з ватажком.
Далі, буде бій з Дефстроуком. Головна порада, відбивайте його удари контрударом. Після того, коли ви здолаєте Дефстроука, йдіть з корабля, слідуючи вказівкою маркера. Ви потрапите на місце злочину. Зберіть всі докази, і відтворити всі етапи злочину. Потім, в притулок Бетмена заберіть ударний детонатор.
На початку місії, вам потрібно буде вийти з Batcave і прокласти свій маршрут згідно маркера. Він вас приведе до будівлі. Там ви почуєте бесіду Гордона зі своїми підлеглими. Потім знайдіть вентиляційну шахту, і лізьте в неї. Будьте готові, в ділянці вас чекатимуть велика кількість спецназівців. Вам необхідно проникнути в кімнату допитів. Як тільки ви в неї зайдете, включиться ролик. Після нього, вашим завданням буде порятунок бродяги, бійка з поліцейськими. Після цього, пройдіть до ліфта. Ви потрапите прямо в тюремні камери. Позбавтеся від поліцейських, після висадіть стіну, і пройдіть через що утворився прохід. Пройшовши через нього, в кімнаті ви виявите деструктор, за допомогою якого, ви зможете відкрити двері.
Підберіть комбінацію слів, яка відкриє двері. Пройшовши по довгому коридору, вийдіть на головні двері. Далі вас чекає ролик, в якому показано, як Бетмен тікає від погоні, в особі загону поліції, через ліфт. Однак, перед тим як покинути будівлю, вам потрібно буде розправитися з ворогами.
Далі, дотримуйтесь згідно маркера, і ви потрапите в каналізацію, яка пролягає прямо під ділянкою. У каналізації, вас чекає новий вид ворогів, які навчені навичками єдиноборств. Даний вид відрізняється від інших тим, що вміє блокувати ваші удари, і наносити контрудари. Після бійки з ними, лізьте наверх і убийте мета за склом. В кінці місії, необхідно залишити каналізацію.
Зустріч з Джокером
Далі, в кімнаті, ви повинні позбавитися від ворогів, але залиште останнього в живих і допитати його. Після допиту, рухайтеся згідно маркера в промисловий район. Щоб пройти цю локацію без істотних втрат, знешкодьте ворогів з автоматами безшумно. Після цього, можете спокійно заходити в будівлю. У ньому вас також чекатимуть вороги, після бійки з ними, ви потрапите прямо на склад. Вам потрібно буде розбити стіну, за допомогою залізних балок. Через дірку, потрапите до ліфта. Вийшовши з ліфта, знешкодьте ворогів і після них, вас чекатиме бос - Медноголовка. Після того, як розправитися з нею, йдіть з заводу.
Далі, рухайтеся в готель Готем - Плаза. Там ви зустрінете поліцію. Після, потрапте на стоянку, здолайте ворогів і за допомогою кнопки відкрийте ворота. Далі йдіть до ліфта. На самому останньому поверсі, вас буде чекати загін ворогів. Після бійки, заходите в двері. Далі вас чекаємо ролик.
У Бетмена з'являться електричні рукавички, які можна досить успішно використовувати в бою. З їх допомогою, потрібно зарядити генератор, щоб запрацював ліфт. Позбавтеся від ворогів і потрапте в шахту ліфта, там зарядите ще один генератор і потрапте наверх, і звільніть заручників.
В іншій кімнаті стоятиме турель, за якою стоять вороги, що б прйті їх, потрібно обійти їх ззаду і знешкодити. Після, зійдіть в шахту і вирушайте наверх. Позбавтеся від ворогів, і звільніть чотирьох бандитів, яких Джокер прив'язав до стільців. Вони стоять у воді, в яку пущений струм.
Постинаєте дві кнопки і за допомогою свого троса потрапте наверх, висадіть стіну і підберіть шифр, який допоможе відключити електрику.
Далі, врятуйте ще одного заручника, який знаходиться під дерев'яним люком. Для цього, за допомогою бетарангов лусніть все кульки в вірною послідовності. Після цього, знешкодьте ворогів, увійдіть в двері і безшумно убийте ворога, у якого на мушці лежить заручник. У наступних дверей, вас будуть чекати ще вороги, після бійки з ними, лізьте в люк. Але рано радієте, там вам необхідно буде розібратися ще з парою - трійкою ворогів.
Наступним етапом, буде потрапляння в кімнату, в которй вас чекає сюрприз від Джокера. Це бомба. Вам потрібно її знешкодити, але це не вийде, тому стрибайте у вікно. На даху, вас в черговий раз буде чекати група ворогів. Після цього, увійдіть в будівлю, там ви знайдете ліфт, на якому підніметеся наверх. Далі слід ролик. В кінці буде битва з Бейн.
Після того, як здолаєте Бейн, дотримуйтесь в свій притулок, і підберіть клейову гранату. Дотримуючись маркера, рухайтеся в зазначеному напрямку, Це приведе вас до поліцейської дільниці. У ньому вас чекає бійка з поліцейськими, злобно налаштованих до вас. Після цього, спускайтеся в каналізацію, і заткніть труби гранатою, яку підібрали в притулок. Далі проскануйте труп і комп'ютер. Після виходите на поверхню і дотримуйтесь маркера. Він приведе вас на Паркову вулицю.
Обезвредьте першу бомбу і потрапте в Elevator. Потрапте на верхні поверхи і убийте Брендона і його спільників. Ще вище, буде кімната з заручниками, яких тримають у вагоні. Убийте всіх ворогів і після запитайте у заручників, як спустити вагон вниз. Ви дізнаєтеся, що це можна зробити в кімнаті управління. Туди-то і необхідно вам рухатися. Спустіть вагон і повинна бути вилучена другу бомбу.
Ідіть в технічно коридор, підлогу почне валитися, і вам потрібно буде підніматися по зруйнованому мосту. Таким чином, ви потрапите прямо до третьої бомбу. Розберіться з охоронцями і повинна бути вилучена бомбу.
Далі, поверніться до заручників, які знаходяться у вагоні трамвая. Пройдіть в пожежну двері. Бийтеся зі світлячків. Четвертою бомбою займеться Гордон.
Бетмену надійде повідомлення про те, що Альфред і його притулок в небезпеці. Швидко рухайтеся в Batcave. Врятуйте Альфреда.
Після цього, прямуйте до в'язниці Blackgate.
На початку даної місії, після того, як ви потрапите до в'язниці, належить бійка з ув'язненими. Спустіться в каналізацію, висадіть підлогу і спускайтеся ще нижче. Щоб пройти далі, необхідно підняти воду. Щоб це зробити, знайдіть неподалік будку і натисніть в ній кнопку включення електрики. Наелектризується бетарангов швидкими рухами і кулючте рубильник. Вода підніметься. Для того, щоб пройти далі, за допомогою клейової гранати зробіть пліт і на піднялася воді підпливемо до дерев'яної стіни. Підірвавши її, ви зможете рухатися далі.
Потім, вас будуть чекати вороги. Необхідно знищити їх і потрапте наверх. Там теж вас буду чекати вороги.
Розправте з ними і звільніть заручників. Далі поговоріть з Харлі.
Далі будуть дві особливо запеклі бійки з ув'язненими. Наближається кінець гри. Вас чекає знову сутичка з Бейн. Бійка з Гордоном проти ув'язнених. Після цього підніміться в тюремну каплицю. Там і буде вас чекати Джокер. Після перемоги над ним і буде кінець гри.