Після запуску програми з'являється робоче вікно. Вгорі знаходиться стандартне меню і панель інструментів. Під ними розташовується панель скриптів, за допомогою якої можна присвоювати імена (мітки) елементам книги, а також робити посилання і виноски. Велику частину робочого вікна займає головне вікно редагування тексту. Воно має три режими: редагування опису книги, редагування тексту книги в режимі WYSIWYG і в режимі исходника, коли видно все теги і справжня структура файлу. Зліва від головного вікна знаходиться панель Document Tree, в якому відображається деревоподібна структура документа. За допомогою її можна швидко перейти в потрібний елемент книги. І внизу - службова рядок. Там виводиться структура поточного редагованого елемента (наприклад: body / section / p) або повідомлення валідатора.
Пройдемося по пунктах меню. В меню File, крім стандартних Створити (New), Відкрити (Open), Зберегти (Save), є команда Перевірити (Validate) (F8). При виклику її документ перевіряється на відповідність специфікації schema. Якщо при цьому були виявлені помилки, то програма автоматично переходить в режим редагування исходника, встановлюючи курсор на 1-2 рядки нижче «проблемної» рядки. Пункт меню File \ Import за замовчуванням має один підпункт: «No import plugins installed». Модулі для імпорту книг з інших форматів в комплект FB Tools не входять. Але якщо ви встановите пакет Any2FB2, то FB Editor сам виявить його, і відповідна іконка з'явиться в меню File \ Import. Встановлювати Any2FB2 в одну папку з FB Tools для цього зовсім не обов'язково. Пункт меню File \ Export дозволяє експортувати книгу в формат HTML. Структура книги повністю зберігається. Якщо ви встановили пакет FB2Any, тут з'являться плагіни для експорту книги в txt, Rocket Book, MS Reader, iSilo.
Наступний розділ меню - Вид (View). Спочатку йдуть прапорці відображення панелей - Панель інструментів (Toolbar), Link bar, Status bar, Doсument Tree. Під ними - вибір режиму редагування книги - Description, Body, Source. І останній пункт - Options. Тут можна вибрати колір фону, а також колір, тип і розмір шрифту для вікна редагування.