Боротьба проти єретиків була однією з основних задач середньовічного папства - адже вони погрожували єдності церкви. Ще III Латеранський вселенський собор 1179 року засудив вальденскую і Альбігойські єресі, але крайні заходи проти них були зроблені лише при Інокентія III. Коріння середньовічних єресей сходять до часів григоріанських реформ, коли всередині церкви з'явилися також радикальні паростки руху за реформи, які були спрямовані проти церковної ієрархії. З'явився в XI столітті радикалізм ще вдавалося успішно підключати до здійснення програми реформатського папства.
Спочатку незалежно від катарів в Південній Франції виникла вальденская єресь. Це було світське рух, очолюване багатим ліонським торговцем на ім'я П'єр Вальдо, який роздав своє майно бідним і почав проповідувати. Грунтуючись на Євангелії, він проповідував апостольську бідність і закликав слідувати за Христом, все більш рішуче виступаючи проти багатого духовенства. У 1184 році папа Луцій III оголосив рух Вальдо єретичним. Починаючи з цього часу вальденси все більше замикалися з катарами, вони відкидали церковну ієрархію, святі таїнства, відпущення гріхів, десятину, заперечували військову службу, жили суворої моральної життям. Після винищення альбігойців вальдеіская єресь в XIII столітті поширилася майже по всій Європі. Замість класового ладу феодального суспільства вальденси здійснювали рівноправність в дусі ранньохристиянської церкви. У своїх громадах вони в якості єдиного закону визнавали Біблію. Вальденская єресь з міст поширилася і в села.
В кінці XIII століття в Ломбардії виник рух так званих гуміліатов, рух наполовину чернечого, наполовину єретиків-аскетичного характеру. Луцій III і їх оголосив єретиками.
Світська влада охоче запропонувала папської церкви свою збройну допомогу для розправи з єретиками. Під час понтифікату Інокентія III набуло широкого поширення виявлення єретиків і засудження їх церковним судом, але за допомогою світської влади. В принципі інквізиція завжди існувала в церкві. Спочатку вона означала не що інше, як збереження в чистоті догматів віри і виключення з церкви погрішив проти них. Ця практика була закріплена починаючи з XIII століття. У зв'язку з тим що в середні століття церква і релігія стали громадськими чинниками, нападки на них розцінювалися одночасно і як нападки на державу і суспільний лад. Правові та організаційні засади середньовічної інквізиції були розроблені татом Олександром III на соборах 1162 року в Монпельє і 1163 року в Type і викладені в документі, де було вказано, як слід поводитися з єретиками. До середніх століть діяв принцип, згідно з яким єретиків було не винищувати, а переконувати. Починаючи з цього часу церковники мали виступати проти єретиків, навіть не пред'являючи їм звинувачення в службовому порядку (ex officio). Теологи і правознавці розробили принцип про те, що єресь тотожна образи вищої влади (образи величності) і тому підлягає покаранню державою. У 1184 році на соборі в Вероні Луцій III видав декрет, що починається зі слів "Ad abolendam", спрямований проти єретиків. Духовенству ставилося в обов'язок не тільки висувати звинувачення в єресі в випадках, які стали їм відомі, але і проводити процес розслідування (inquisitio). Присутній на соборі імператор Фрідріх I звів церковне прокляття єретикам в імперський закон; тим самим єретики підлягали переслідуванню і з боку держави. Світська влада об'єдналася з церковної інквізицією проти спільного ворога. Розслідування вели церковники, судові процеси проти єретиків організовувала також церква, але допит і виконання вироків - брудна робота - покладалися на світську владу.
Вперше відповідно до кодексу законів від 1197 року короля Арагону Педру II було встановлено, що єретиків слід спалювати на вогнищах. А Інокентій III, підтверджуючи 1199 року раніше згаданий декрет Папи Луція, доповнив його словами про те, що єресь відповідно до римським правом тотожна образі величності і, як така, карається смертю на вогнищі. Згідно з іншим поясненням єретика спалювали на багатті тому, що спочатку єресь порівнювали з чумою. Єресь - це чума душі, смертельний ворог істинної віри, і вона так само швидко поширюється, як і справжня чума. Єдиним способом зупинити чуму і перешкодити подальшому зараженню вважалося спалення трупів померлих від чуми і належали їм речей. Тому і проти єресі це був єдиний спосіб лікування. У 3-му каноні IV Латеранського вселенського собору постанову Інокентія було канонізовано, а імператор Фрідріх II 1224 року зробив його імперським законом.
Папська інквізиція в остаточній формі склалася в 1200-х роках. За папи Григорія IX стосуються її закони зазнали подальші зміни, і нарешті в 1231 році була видана папська конституція, що починалася словами "Excommunicamus". Тепер вже поряд з єпископськими інквізиції діяли і папські інквізитори; проведення інквізиції тато доручив новим злиденним орденів. Особливо детально положення про інквізицію було розроблено домініканцями. Розгортання папської інквізиції було прискорене головним чином конституцією Інокентія IV 1252 року починалася словами "Ad extirpande". У цьому документі папа передбачив використання при допитах камери тортур. Створення першого папського суду інквізиції відбулося за Миколи IV в кінці XIII століття. Інквізиція була нещадною. Єретиків - по друге коліно - позбавляли громадянських і політичних прав, заборонялося їх ховати, вони не мали права на апеляцію і захист, їхнє майно підлягало конфіскації, а доносили на них нагороджували. У цьому церковні установи діяли спільно зі світською владою. В епоху терору інквізиції, який переріс в масові переслідування, за допомогою горіли на площах міст багать намагалися залякати людей і утримати їх від будь-яких виступів проти існуючого ладу.
Середньовічна церква була багатим і впливовим установою, в якому єпископські і абатські звання присвоювали представникам феодального дворянства. У той же час важливою рисою духовних філософських течій була ідеалізація бідності, і найбільш палким проповідником бідності став послідовник Бернара Клервоского Святий Франциск Ассизький. Життєвим ідеалом буржуазних прагнень, що протистоять феодального суспільства, було якщо і не прагнення до бідності, то, без сумніву, прагнення до простоти, до раціоналізму. Це проявилося в рухах, які проповідували бідність: з одного боку, в єретичних рухах, які розвивалися поза церквою; з іншого боку, всередині церкви - в жебракуючих орденах.
Статут ордена миноритов (Ordo Fratres Minorum), заснованого на централистских засадах, був затверджений в 1223 році папою Гонорій III.
Боротьба проти єресі катарів зумовила необхідність створення ордена домініканців, або ордена братів-проповідників. Назва пізніше пояснювали так: ченці вважали себе Domini canes - псами Господніми. Засновником ордена братів-проповідників (Ordo Fratrum Praedicatorum) був Святий Домінік (близько 1170-1221), який був каноніком, але, відмовившись від посади, прийняв обітницю бідності і присвятив своє життя боротьбі з єретиками. Інокентій III ще опирався посиленню ордена, але наступний папа в 1216 році затвердив його. Теологічна діяльність домініканців не в останню чергу служила прагматичним цілям дискусії з єрессю. Орден розробляв для інквізиції не тільки теологічні аргументи, але і хитромудрі правові положення. Папська інквізиція виявилася майже виключно в руках ордена домініканців.
Під впливом двох великих жебракуючих орденів чернецтво переживало новий ренесанс. Один лицар-хрестоносець утворив жебракуючий орден кармелітів, який в 1226 році був затверджений папою. Орден сервитов утворився в 1233 році у Флоренції як світське суспільство. У 1255 році папа Олександр IV затвердив їх статус, але лише з XV століття цей орден став злиденним.
Але якщо ідеалом лицарської епохи був герой з хрестом на плащі, то в XIII столітті звернення тата, який закликає до хрестового походу, зустрічалися вже з повною байдужістю. Широкі проекти IV Латеранського собору не принесли очікуваних результатів в цій області. Угорський король Андрій II, французький король Людовик IX, а потім Фрідріх II ще очолили хрестові походи, але без особливих успіхів. Андраш II взяв участь в хрестовому поході до Палестини, очоливши військо чисельністю 15 000 чоловік. На час своєї відсутності він віддав країну під захист папи, а управління поклав на архієпископа Естергомський. Військо було переправлено венеціанцями по морю; Андраш як плату за це відмовився в їх користь від міста Зари. Угорський хрестовий похід на початку 1218 року закінчився без результатів.
Останній акт боротьби між татом і імператором (Перша половина XIII століття)
Найбільш важким завданням наступників Інокентія III було здійснення універсальної політичної влади пап в боротьбі з владою імператора Фрідріха II, що досягла в цей час підйому. Фрідріх II (1212-1250) зростав під опікою Інокентія III (Фрідріх був онуком Фрідріха Барбаросси, спадкоємцем Сицилійського королівства і Німецько-римської імперії). У 1212 році Фрідріх був обраний німецьким королем. У наступному році помер Інокентій III, і Фрідріх II знову почав війну за Італію. У зв'язку з тим що йому належала Сицилія, яка в той час була добре організоване, багате світське королівство, його шанси на перемогу були великі. Він оточив папство з півночі і півдня. Однак в Німеччині Фрідріх не володів фактичною владою. У Сицилії до XIII століття склалося розвинуте господарство і торгівля. Центром південноіталійського чиновницького держави була Сицилія, спираючись на яку Фрідріх II, останній з середньовічних імператорів, знову спробував втілити в життя мрію про світове панування. Фрідріх майже не виїжджав з милою його серцю Сицилії, і Німеччина представлялася йому далекою і холодної провінцією. Останній імператор з роду Гогенштауфенів облаштував свій Палермский двір на східний манер, зі східним комфортом.
Спочатку папство проявило поступливість по відношенню до честолюбним планам Фрідріха II. Гонорій III (1216-1227) вступив на папський престол, будучи старим і немічним людиною. Він навіть не намагався проявити силу по відношенню до юному імператору. Таким чином, Фрідріх безперешкодно зміг об'єднати материнський спадок, Сицилійське королівство, з успадкованим від батька Німецьким королівством. Папу Гонорія в набагато більшому ступені хвилювали внутрішні справи і стали вже нав'язливою ідеєю зусилля по організації хрестового походу. Гонорій III узаконив утворення нових жебракуючих орденів, а з метою організації хрестового походу за всяку ціну шукав згоди з Фрідріхом. Папа зумовив і коронацію Фрідріха в імператори тим, що той здійснить звільнення Святої землі. Отримавши 1220 року корону імператора, Фрідріх II навіть і не подумав зайнятися хрестовим походом, а приступив до зміцнення своїх позицій в Італії.