Ботний будинок знаходиться в центрі Петропавлівської фортеці, закладеної 16 (27) травня 1703 року і поклала початок місту Санкт-Петербургу. Фортеця зводилася як першокласне фортифікаційна споруда і більше двох сторіч була військовим об'єктом. Разом з тим вже в царювання Петра Великого фортеця отримала і меморіальне значення, і в 1723 р сюди був доставлений і поміщений на зберігання Бот Петра I - «Дідусь російського флоту». Спочатку він знаходився в одному з бастіонів фортеці (так званому Государевому, перейменованим трохи пізніше в бастіон Петра I, так як за його зведенням в 1703 р спостерігав Петро Великий), а в середині XVIII ст. для розміщення БОТИК було вирішено побудувати спеціальний павільйон на площі біля Петропавлівського собору.
Будівництво будівлі за проектом архітектора А.Ф. Віста *) почалося в 1761 р і завершилося в 1766 р Після закінчення робіт виявилося, що двері для бота зроблені занадто вузькими, тому його перенесення в павільйон стався без будь-якої урочистості в 1767 р Саме звідси він виводився для участі в морських парадах.
Архітектурний стиль цієї споруди (воно збереглося без перебудов до теперішнього часу, хоча в XIX в. Кілька разів піддавалося ремонтним роботам.) - перехідний від бароко до раннього класицизму. Фасади будиночка, спочатку пофарбовані в світло-сірий тон з виділенням архітектурних деталей білим кольором, відрізнялися пластичною виразністю. При їх оформленні використовувався характерний для бароко витончений малюнок білих наличників вікон, покрівля, пофарбована зеленою фарбою, була зроблена в два яруси з бароковим «зламом». Стиль оформлення західного і східного фасадів - портики тосканського ордера, завершення трикутними фронтонами, відносяться вже до елементів раннього класицизму.
На покрівлі будинку була встановлена скульптура «Навігації», але в 1826 році її замінили алебастровою статуєю Нептуна роботи Н. А. Токарєва, а в 1891 р - теракотової жіночою фігурою з веслом (алегорією навігації), створити скульпторові Д. І. Єнсена .
Внутрішній простір павільйону складається з центрального залу, перекритого зімкнутим склепінням, і двох приміщень по його сторонам.