Іноді з морквою трапляється біда: бадилля змінює колір, червоніє або стає коричневого, а потім чорного кольору. Бадилля червонуватого відтінку буває у коренеплодів, уражених морквяної мухою. Якщо висмикнути коренеплід з землі, в ньому будуть помітні ходи, які прогризли личинки морквяної мухи. Для зберігання такі коренеплоди непридатні.
Морква з червоною бадиллям краще відразу висмикнути з грядки і використовувати в їжу. Коли бадилля чорніє, а потім засихає, це погано - без гарної бадилля не виросте хороший коренеплід. Найчастіше це трапляється в кінці літа. У моркві багато грибкових захворювань: бура плямистість листя, чорна гниль, бактеріоз, церкоспороз та інші. Зазвичай ураження виникає окремими вогнищами, що ростуть поруч рослини можуть бути здоровими. Розвитку всіх цих захворювань сприяють різкі коливання температур, дощова погода і, звичайно, наявність в грунті або на насінні моркви збудників захворювань.
На старе місце морквину можна сіяти не раніше ніж через 5 років. Якщо захворювання тільки почалося, можна обприскати морква настоєм або відваром хвоща польового, часнику, чистотілу, кропиви. Можуть допомогти іммуноцітофіт, «Епін екстра». Вони сприяють підвищенню імунітету рослин. Ефективні фосфорно-калійні підгодівлі і обприскування по листю мікроелементами, що містять мідь. Але зараз, практично перед прибиранням моркви, робити це вже пізно. Поради стануть в нагоді на майбутній рік, тому що інфекція нікуди не дінеться з вашої ділянки. При збиранні уражену бадилля можна закласти в компост, але в окрему купу.
Шари треба пересипати вапном, а використовувати такий компост можна тільки через 2-3 роки. Коренеплоди з ураженої грядки краще використовувати раніше на заготовки. Або можна натерти і заморозити - в підвалі вони можуть згнити. Трапляється, що інфекція потрапляє в грядку і з насінням моркви. Це буває помітно, якщо посіяна моркву різних сортів, на частині грядки рослини хворіють, а інші здорові. Для профілактики перед посівом можна обробити насіння слабким розчином марганцівки з наступним промиванням водою. Можна прогріти насіння 15 хвилин в гарячій (близько 50 градусів) воді. Потім їх охолоджують і просушують.