Шкільні справи у юного Іоанна, слабкого здоров'ям, йшли погано. Він багато молився про дарування йому розуму до осягнення вчення, і Господь почув його молитву. Після парафіяльного училища він закінчив Архангельську духовну семінарію першим по успішності і Санкт-Петербурзьку духовну академію.
Одружився з дочкою протоієрея Костянтина Несвітского Єлизаветі. Подружжя взяли на себе подвиг дівоцтва.
За свячення молодий священик був призначений в собор апостола Андрія Первозванного в Кронштадті. Пастирський обов'язок отець Іоанн бачив у безперервній молитві, в духовно-моральному лікуванні людей, полегшення становища жебраків, бездомних, сиріт. Його благодійність і безкорисливість були безмежні. "У мене своїх грошей немає, - говорив отець Іоанн. - Мені жертвують, і я жертвую ... ". Їм були засновані "Будинок працьовитості" з дитячою бібліотекою, безкоштовної початкової школою і майстернями, піклування для допомоги бідним, нічліжний і прочан будинку, монастирі і храми в різних єпархіях.
Справжньою здравницею скорботних душ отець Іоанн вважав храм Христа, а найдієвішим засобом зцілення - Божественну літургію. До нього на сповіді, що тривали іноді по 12 годин, приходило до 6 тисяч осіб. Отець Іван здійснював Літургію майже кожен день. Ревнощі про Бога і людей Божих здобувала йому дар сміливої молитви і зцілення. Ім'я отця Іоанна було широко відомо: з усієї Росії, з Європи, Індії, Америки йому надсилали тисячі листів і телеграм з проханнями про молитву. Святитель Феофан Затворник († 1894) писав: "Батько Іоанн Кронштадтський - Божий чоловік. Молитва його доходить до Бога по великій вірі його ".
Відкрився в о. Івана і чудовий дар чудотворення, який прославив його на всю Росію і навіть далеко за межами її. Немає ніякої можливості перерахувати всі чудеса, вчинені о. Іоанном. Наша невіруюча інтелігенція і її друк навмисно замовчували ці незліченні явища сили Божої. Але все ж дуже багато чудес записано і збережено в пам'яті. Збереглася точна запис розповіді самого о. Іоанна про перший його диво своїм сопастирям-священикам. Глибоким смиренністю дихає ця розповідь. "Хтось в Кронштадті захворів, - так розповідав про це о. Іоанн. - Просили моєї молитовної допомоги. У мене і тоді вже була така звичка: нікому в проханні не відмовляти. Я став молитися, віддаючи недужого в руки Божі, просячи у Господа виконання над хворим Його святої волі. Але несподівано приходить до мене одна бабуся, яку я давно знав. вона була богобоязлива, глибоко віруюча жінка, яка провела своє життя по-християнськи і зі страхом Божим Конча своє земне мандрування. приходить вона до мене і наполегливо вимагає від мене, щоб я молився про болящих не інакше, як про його одужання. Пам'ятаю, тоді я майже злякався: як я можу - думав я - мати таке відвагу? Однак ця бабуся твердо вірила в силу моєї молитви і стояла на своєму. Тоді я сповідав перед Господом свою нікчемність і свою гріховність, побачив волю Божу в усій цій справі і став просити для недужого зцілення. і Господь послав йому милість свою - він одужав. Я ж дякував Господу за цю милість. іншого разу за моєю молитвою зцілення повторилося. Я тоді в цих двох випадках прямо вже побачив волю Божу, нове собі послух від Бога - молитися за тих, хто буде цього просити ".
За молитвою о. Іоанна дійсно відбувалося і тепер, за його блаженної кончини, продовжує відбуватися безліч чудових чудес. Виліковували молитвою і покладанням рук о. Іоанна найтяжчі хвороби, коли медицина губилася в своїй безпорадності. Зцілення відбувалися як наодинці, так і при великому скупченні народу, а вельми часто і заочно. Досить було іноді написати лист о. Іоанну або послати телеграму, щоб чудо зцілення відбулося. Особливо чудово те, що сталося на очах у всіх диво в селі Кончанськом (Суворовському), описане випадково перебувала тоді там суворівської комісією професорів військової академії (1901 р). Жінка, багато років страждала біснуванням і приведена до о. Іоанну в байдужому стані, через кілька миттєвостей була їм абсолютно зцілена і приведена в нормальний стан цілком здорової людини. За молитвою о. Іоанна прозрівав сліпі. Художником ЖИВОТОВСЬКИЙ описано чудове пролиття дощу в місцевості, яка страждала посухою і загрозливій лісовою пожежею, після того як о. Іоанн підніс там свою молитву. О. Іоанн зціляв силою своєї молитви не тільки російських православних людей, а й мусульман, і євреїв, і що зверталися до нього з-за кордону іноземців. Цей великий дар чудотворення природно був нагородою о. Іоанну за його великі подвиги - молитовні праці, посаду і самовіддані справи любові до Бога і ближніх.
Повне зібрання творів (вид. До 1917 р) включає його листи, щоденникові записи ( "Моє життя у Христі"), роздуми про шляхи до Бога, настанови про покаяння, проповіді.