П родолженіе попередній частині. Ріплі терпить аварійну посадку на планеті-в'язниці. Зброї немає, купа бандюків є, та ще й, виявляється, дрібні чужі встигли таки залізти на корабель. Ой, що буде! Але взагалі фільм в порівнянні з попередньою частиною поганий.
На борту корабля «Сулак» виявляється Ліцехват, який при спробі зламати кріокапсулу ранить себе, і його кров з кислоти викликає пожежа. Капсули з розташованими в гіперсна лейтенантом Еллен Ріплі, Ребеккою Джорден, Дуейн Хіксом і андроидом Бішопом занурюються в рятувальну шлюпку. При посадці медичне сканування капсул показує, що у одного з сплячих на обличчі сидить Ліцехват. Відстикувавшись, шлюпка падає в океан на планеті Фіоріна-161 - в'язницю строгого режиму, де містяться злочинці виключно чоловічої статі. Тюрма є власністю «Вейланд-Ютані» - колись вона була ливарним заводом, який тепер закритий. Виживає тільки Ріплі - Ребекка захлинається, Хікса протикає опорна балка, а Бішоп, пошкоджений в фіналі «Чужі», повністю виведений з ладу. Коли шлюпку витягують з води, до тюремної собаці, яка стоїть біля входу в неї, наближається ліцехват. Тюремний лікар Клеменс виходжує Ріплі, а наглядач в'язниці Гарольд Ендрюс запитує у «Вейланд-Ютані» евакуацію лейтенанта. Присутність Ріплі на Фіоріни дуже згубно - тут відбувають термін відморозки, які страждають синдромом Джекобса. Оглянувши шлюпку, Ріплі зауважує сліди кислотної крові Чужих і просить зробити розтин тіла Ребекки, яке нічого не виявляє. Вона нічого не розповідає про те, з чим зіткнулася в минулому.
Тіла Ребекки і Хікса кремують в плавильному цеху. У той же час тюремна собака, яка гуляє десь у віддаленому приміщенні, б'ється в судомах і з неї вилуплюється Чужий. Скоро працює у вентиляційній шахті укладений Мерфі отримує плювок кислотою в обличчя і падає на вентилятор. Тим часом сліди кислотної крові Чужого не дають Ріплі спокою, і вона знаходить на місцевому звалищі викинуті туди останки Бішопа і підключає його до чорного ящика рятувальної шлюпки. Ріплі дізнається, що на борту шлюпки і «Сулак» був Чужий. Коли вона питає Бішопа, чи знає про це «Вейланд-Ютані», той відповідає, що вони завжди знали про це - все дані з «Сулак» переправлялися туди. Трьох в'язнів відправляють в шахту, де на них нападає Чужий. У живих залишається тільки укладений Голик, який від побаченого втрачає розум, через що вважають, що він убив двох інших ув'язнених. Ріплі чує, як Голик розповідає про Чужого, і вирішує поговорити з Ендрюсом про монстра, але той їй не вірить і наказує посадити під карантин в лазарет. Ріплі дізнається, що у в'язниці абсолютно немає ніякої зброї. У лазареті вона бачить, як Клеменса вбиває Чужий, який потім підходить впритул до Ріплі, але, з невідомих причин, не завдає їй ніякої шкоди і йде через повітропровід. Вона біжить до їдальні, де Ендрюс робить звіт по попереднім подіям, і намагається повідомити про Чужому, але тут з воздуховода з'являється Чужий і тягне Ендрюса.
Ув'язнені вирішують організуватися і заманити монстра в бункер для зберігання ядерних відходів. Вони розливають горючу суміш по коридорах в'язниці, щоб підпалити її, витравити Чужого з вентиляції та загнати його в бункер. Витівка не має успіху, так як Чужий, убивши одного ув'язненого, сам мимоволі влаштовує пожежа, через що гинуть кілька ув'язнених. У якийсь момент Ріплі починає мучити нездужання, крім того, вона розуміє, що Чужий неспроста не вбив її в момент їх зустрічі. Вона повертається до шлюпки, проводить рентгенівське сканування свого організму і розуміє, що всередині неї розвивається матка Чужого. Тоді Ріплі просить релігійного укладеного Диллона вбити її, але той відмовляється. Він вимагає, щоб спочатку Ріплі допомогла вбити Чужого, а потім він займеться нею. З'ясовується, що представники «Вейланд-Ютані» вже на підльоті і скоро приземляться. Ріплі здогадується, що компанія знає, про те, що вона носить ембріон матки, і що за нею прийдуть тільки для того, щоб заволодіти Чужим. Ріплі вирішує позбутися від монстра до їх прильоту. Приймається рішення спробувати загнати Чужого в форму для відливання в плавильному цеху, після чого пустити в неї розплавлений свинець. Щоб отримати підтримку з боку тих, хто вижив ув'язнених, Ріплі каже що компанія не пощадить нікого, щоб заволодіти Чужим, розповідаючи про екіпаж «Ностромо» і загін морських піхотинців разом з колоністами «Надії Хадлі».
Після того, як Чужий з'являється, ув'язнені намагаються заманити його в форму. В результаті це їм вдається, проте в живих залишаються лише четверо: ув'язнений Морзе, заступник начальника Ерон і Діллон з Ріплі. Морзе пробирається до панелі управління, а Ріплі з Діллоном залишаються в формі один на один з Чужим. Діллон розуміє, що хтось із них повинен залишитися всередині, щоб відвернути монстра, і приймає рішення пожертвувати собою. Ріплі вилазить наверх, а Чужий накидається на Диллона. У цей момент Морзе натискає на спуск, і кілька тонн розплавленого свинцю виливаються на Чужого, але монстр, розпечений, виривається з розплаву. Морзе кричить Ріплі, щоб вона включила охолоджуючу водяну форсунку. Форсунка розбризкує воду на Чужого, після чого той від різкого перепаду температури вибухає. У цей момент Ерон призводить в цех представників компанії. Їх лідер є точною копією андроїда Бішопа, але стверджує, що він всього лише творець цього робота. Він обіцяє Ріплі, що вони витягнуть ембріон матки з її тіла і знищать, а її саму врятують. Ріплі не вірить, і вони разом з Морзе відступають до краю форми. У цей момент один з прибулих солдат стріляє в Морзе, поранивши його в ногу. Ерон завдає псевдо-Бишопу удар по голові, за що його розстрілюють. Ріплі відходить до краю платформи і свідомо падає в розплавлений метал. Під час падіння з її грудей вилуплюється матка, яку вмираюча Ріплі притискає до себе. Представники компанії залишають спорожнілу в'язницю, забираючи з собою Морзе. Після їх відльоту в рятувальній шлюпці із «Сулак» програється повідомлення Ріплі, яке вона записала в фіналі «Чужого». Фільм завершується рапортом про те, що в'язниця на Фіоріни закрита, обладнання буде продано на металобрухт.