Застосування названих принципів біоетики, при розумінні її предметного поля медичної домінантою (або в американському або в західноєвропейському варіантах), в процесі обгрунтуванні морального вибору в конкретних ситуаціях часто породжує моральні дилеми (дилема - необхідність вибору з двох, як правило, небажаних можливостей), що викликають гострі дискусії в біоетики і в суспільстві в цілому.
Абсолютна сповідування принципу автономії пацієнта повинно дати йому право розпоряджатися власним життям на свій розсуд у разі невиліковної хвороби (дилема евтаназії), але людина не може розпоряджатися власним життям, так як діє принцип недоторканності щодо людського життя. Принцип недоторканності людського життя має як релігійне, так і філософське обґрунтування. З точки зору релігійної свідомості людина - Боже творіння, що обумовлює повноту приналежності Богу і заперечує самовладдя над своїм тілом, оскільки людина наділена відповідальністю за себе, а не правом панування над собою. У філософії обґрунтування цього принципу вкорінюється в тому, що особистість становить першу і трансцендентну цінність, і якщо цю основу зруйнувати, то ми впадаємо в повний релятивізм.
Як правило, на практиці сповідання одного принципу призводить до порушення іншого, тому вважається, що названі принципи не мають абсолютної дії, оскільки від них доводиться відступати в конкретних ситуаціях. Однак такий відступ не позбавляє вибір моральної шкоди.
До основних проблем біоетики відносять такі:
o захист прав пацієнтів (в тому числі ВІЛ-інфікованих, психічно хворих людей, дітей і інших хворих з обмеженою компетентністю)
o дотримання справедливості в системі охорони здоров'я; 14
o аборт, контрацепція та нові репродуктивні технології (штучне запліднення, запліднення в "пробірці" з подальшою імплантацією ембріона в матку, сурогатне материнство)
o проведення експериментів на людині і тварин;
o визначення критеріїв діагностики смерті;
o генна терапія і генна інженерія;
o клонування (терапевтичне та репродуктивне)
o надання допомоги невиліковно хворим пацієнтам (хоспіси, організація паліативної допомоги);
o евтаназія (пасивна або активна, добровільна або примусова).
Погляд на точку відліку людського життя і надання йому статусу моральної цінності в різні епохи і в різних культурних традиціях пояснювався по-різному. Так, в східних культурах початок життя збігався із зачаттям; в західноєвропейській - з моментом народження; згодом тривалий час початок життя фіксувався першими рухами плода. Наукова точка зору на початок людського життя відрізняється великим різноманіттям навіть сьогодні. Різні фізіологічні підходи зводять початок життя до початку функціонування життєво важливих систем - серцебиття, легеневої або мозкової діяльності.
На початку XX ст. біологія визначала початок життя з чотиримісячного плода, в кінці XX ст. в шеститижневого плода за допомогою новітньої техніки фіксується електрофізіологічних активність стовбура мозку (до речі, відсутність таких мозкових імпульсів є сьогодні юридичною підставою для констатації смерті людини).
Сучасна мікрогенетіка обґрунтовує дві точки зору щодо початку життя. Згідно з першою, людський індивідуум як неповторна цілісність утворюється протягом другого тижня після зачаття. Друга точка зору грунтується на тому, що початок нового життя починається з моменту злиття ядер чоловічої і жіночої статевих клітин і утворення нового ядра, що містить неповторний генетичний матеріал. Тому протягом внутрішньоутробного розвитку новий людський організм не може вважатися частиною тіла матері, оскільки він не є органом або частиною органу матері. В такому випадку ембріон наділений цінністю людського життя, тому необхідно виключити будь-яку можливість його знищення або заподіяння йому шкоди. Наслідком такої позиції є трактування переривання вагітності за будь-яких причин вбивством, хоча не отримує такої оцінки з боку закону.
В контексті етичної теорії проблема штучного переривання вагітності вимагає визначення критеріїв морального статусу людського індивідуума. Класичні критерії, такі як раціональність, здатність до рефлексії, готовність зробити вчинок і ін. Очевидно, не можуть бути притягнуті.
У сучасній практиці з метою попередження штучних абортів широко застосовуються контрацепція і стерилізація. Радикальні прихильники заборони аборту вважають застосування контрацептивних засобів прихованою формою аборту, правда, визнають при цьому, що контрацептивні засоби і аборт - це два різновиди зла за своєю значимістю.