Призначаючи лікування головного болю, слід враховувати супутні патології, і в тому числі, ендокринні захворювання. При ендокринних захворюваннях порушується гуморальна, тобто за допомогою хімічних речовин, регуляція функцій організму. Наприклад, при цукровому діабеті рівень глюкози не підтримує на необхідному рівні, оскільки знижена продукція гормону інсуліну.
Іноді ендокринні розлади можуть приводити до головного болю. Наприклад, можливий головний біль внаслідок гіпоглікемії - зниження концентрації глюкози в крові. Для діагностики гормональних порушень застосовують ендокринологічне обстеження, яке включає в першу чергу визначення концентрації в крові біологічно активних речовин. Досліджують рівні гормонів гіпофіза (які можуть змінюватися в тому числі при його пухлинах), кори надниркових залоз, щитовидної залози, підшлункової залози, статеві гормони та ін.