Небагатий, але знатний дворянин в 1492-1504 роках служив пажем у свиті португальської королеви. Вивчав астрономію, навігацію і космографію. У 1505-1513 роках брав участь у морських боях з арабами, індійцями і маврами, показав себе хоробрим воїном, за що отримав чин морського капітана. Через помилкове звинувачення йому відмовили в подальшому підвищенні по службі і в 1517 році, подавши у відставку, він переїхав в Іспанію. Перейшовши на службу до короля Карла I, він запропонував проект кругосвітнього плавання, прийнятий після довгого торгу.
Один з вождів острова Мактан Лапу-Лапу противився новим порядкам і не збирався віддаватися під владу Хумабон. Магеллан організував проти нього військову експедицію. Він хотів наочно продемонструвати місцевим жителям міць Іспанії. Бій виявилося непідготовленим. Під час перебування європейців на Себу місцеві жителі мали можливість вивчити європейське зброю і його слабкі сторони. Вони швидко рухалися, не даючи європейцям прицілитися, і атакували моряків в незахищені обладунками ноги.
Так закінчилося перше кругосвітнє плавання, яке довело кулястість землі. Вперше європейці перетнули найбільший з океанів - Тихий, відкривши прохід з Атлантики. Експедиція з'ясувала, що значно більшу частину поверхні землі займає не суша, як думали Христофор Колумб і його сучасники, а океани. Іменем Магеллана були названі протоку і два зоряні скупчення, які описав історіограф і учасник експедиції Антоніо Піфачетта. Долі Магеллана, його зухвалому подвигу присвячений роман австрійського письменника Стефана Цвейга «Магеллан».