Філогенії подцарства Одноклітинні
Найпростіші - одноклітинні організми, що володіють цілком диференційованими органоидами і справжнім клітинним ядром, що ділиться шляхом мітозу. Таким чином, вони є досить складними організмами, що представляють результат тривалої доклеточного еволюції, яка відбулася перед появі справжньої клітини (еукаріотні організації). Серед еукаріотних організмів клітинний рівень організації слід розглядати як більш примітивний і вважати, що в розвитку життя на Землі найпростіші з'явилися раніше інших типів тварин і дали початок більш складних форм організації. На сучасному етапі розвитку життя найпростіші співіснують з більш складно організованими багатоклітинними організмами. Це можливо тільки тому, що в результаті еволюції представники подцарства Protozoa добре пристосувалися до умов життя і багато груп найпростіших (наприклад, інфузорії) біологічно прогресивні, хоча і знаходяться на клітинному рівні організації.
Все сказане дозволяє поставити питання про филогенетических взаєминах між різними типами найпростіших. При оцінці взаємин між окремими групами найпростіших насамперед виникає питання, який із типів слід вважати найбільш древнім.
Споровики і інфузорії не можуть бути визнані примітивними: перші - як паразити, другі - з огляду на велику складність їх будови. Найважче вирішується питання щодо саркодових і жгутіконосцев. Саркодовие в морфологічному відношенні багато в чому виявляють найбільшу простоту будови - відсутність постійних (в сенсі числа і положення) органоїдів (рота, порошіцу, пеллікули і всіх волокнистих структур), а також мінливу форму тіла і т.д. Однак багато зоологи вважали найбільш примітивними просто не саркодових, а жгутіконосцев і їх предків. Ця точка зору була обгрунтована Пашером в 1914 р Він вважав, що найдавніші організми повинні були харчуватися за рахунок оточувала їх неорганічної середовища, і такий рослинний (аутотрофний) спосіб харчування ми знаходимо серед Protozoa тільки у жгутіконосцев. Однак такий погляд на фотосинтез як на найдавніший спосіб харчування не можна вважати правильним.
Акад. А. І. Опарін у своїй гіпотезі походження життя переконливо доводить, що органічні речовини на Землі з'явилися раніше організмів і тому харчування перших організмів повинно було бути гетеротрофним. На користь примітивності жгутіконосцев говорить також схожість їх з такими примітивними організмами, як бактерії.
Якщо прийняти цю точку зору, то Mastigophora слід поставити в корені родовідного древа Protozoa, а разом з тим і всього тваринного світу. Однак викладена точка зору наштовхується на ряд труднощів. Електронно-мікроскопічні дослідження показують, що структура джгутика Mastigophora дуже складна і нічого спільного не має з джгутиками бактерій, які влаштовані набагато простіше. Таким чином відпадає один з важливих аргументів на користь примітивності жгутіконосцев і зв'язку їх з бактеріями. Важко припустити, що складно влаштований джгутик Mastigophora є риса найпримітивніших еукаріотних організмів. Правильніше припустити, що класи жгутіконосцев і саркодових відбуваються з давньої, примітивною, що не збереглася до наших днів групи еукаріотних гетеротрофних організмів, які мали формою руху, яке нагадувало жгутиковую, але не володіли складно влаштованими органоидами руху.
У подальшій филогении найпростіших жгутіконосци зіграли важливу роль. Безперечно, що коріння походження інфузорій беруть початок в джгутикових, бо вії володіють тією ж структурою, що і джгутик. В процесі еволюції від жгутіконосцев до інфузорій сталося множення (полімеризація) рухових органоїдів і складне перетворення ядерного апарату (поява ядерної дуалізму і полиплоидии макронуклеус).
Тип споровиков, ймовірно, також пов'язаний у своєму походженні з жгутиконосцами. Про це говорить велика схожість в будові гамет багатьох Sporozoa (кокцидии, кров'яні споровики) з типовими жгутиковими. Багато спільного і в особливостях життєвих циклів цих двох груп: жгутіконосци і споровики - організми з зіготіческой редукцією, гаплонти на більшій частині циклу.
Важливе значення класу Mastigophora ускладнюється ще й тим, що він з'явився джерелом, від якого відбуваються через колонії жгутиконосцев все багатоклітинні тварини - Metazoa.
Типи Cnidosporidia і Microsporidia. ймовірно, іншого походження і їх слід пов'язати з саркодові. На користь цього говорить велику схожість амебоидних зародків кнідоспорідіі з амебами і повна відсутність джгутикових стадій в циклі розвитку.
Слід зазначити, що клас Mastigophora знаходиться в безсумнівною філогенетичної зв'язку з нижчими водоростями. Зелені жгутикові (Phytomonadina, Dinoflagellata, Euglenoidea, Chrysomonadina) можна віднести з однаковим правом як до Protozoa, так і до нижчих водоростей. Від цих груп відбуваються багато інших груп водоростей.