В результаті перемоги французів, що відбулася при Маріньяно в 1515-му році, коли знову було завойовано герцогство Міланське, а імператорська армія переможена, Агріппа змушений був залишити Павію. Йому довелося залишити там же безліч своїх рукописів, які пізніше були відновлені одним з його друзів. Він перебрався в Казале, де написав свій твір «Liber de triplici ratione cognoscendi Deum» ( «Книга про потрійному шляху пізнання Бога»), яке присвятив своєму захисникові Гульєльмо Палеологу. Як в ранніх, так і в подальших своїх роботах він спростовував схоластичну теологію і робив акцент більше на вірі, ніж на людський розум, як на єдино можливий шлях до Бога. Його робота «Dehortatio gentilis theologiae» (лат. «Заперечення язичницької теології»), ймовірно, написана в цей період, грунтувалася на бесіді Агріппи зі своїми друзями під час бенкету, яка відбулася через кілька років після прочитання Агриппой курсу лекцій про «Поймандр». Він багатозначно попереджає їх, а також і інших інтелектуалів його часу, про те, що не слід заходити надто далеко в захопленні герметичними творами і в нехтуванні першістю християнського одкровення: «якщо ж таємно, так би мовити, ви вилучаєте багаті трофеї у їх незаконних власників, єгиптян, і підносить себе за допомогою їх багатств, тоді ви збагачуєте Церкву Божу, і тоді я не стану застерігати вас проти язичницької літератури, але говоритиму вам в її користь ». У Турині (останньої місцевості, де він зупинився в Італії), він читав лекції, присвячені «Посланням Павла» в 1516 році: це був останній раз, коли він викладав в університеті.
Після короткого часу при дворі Карла III, Герцога Савойського, Агріппа був узятий на посаду публічного адвоката і захисника у вільному імперському місті Меці. Напередодні Реформації велися досить розпалені релігійні та теологічні дебати. Агріппа і його друзі-гуманісти з великим інтересом стежили за розвитком ситуації, і часто відчували симпатію до реформаторам, при цьому, однак, не підтримуючи розколу. В даному контексті слід зазначити, як в своїй роботі «De peccato originale» (лат. «Про первородний гріх») (1518), а також і в деяких інших своїх творах Агріппа розбирав проблему Порятунку: віра є чільною його силою, в той час як розум займає лише другорядну роль. Агріппа був вельми оригінальний, крім того, в своєму припущенні про те, що первородний гріх полягав в акті сексуального сполучення, і більш покладав відповідальність за Падіння на Адама, ніж на Єву. У той же самий період він, крім того, вступив у конфронтацію з домініканськими ченцями, зокрема з Колд Сален, коли став висловлюватися на підтримку твори Лефевра д'Етапля «De una ex tribus Maria». Лефевр виступав проти поширеної думки про те, що Свята Анна тричі була заміжня, і народила трьох дочок: Марію, Матір Ісуса, а також двох інших Марій, яких вважали матерями Апостолів. У дуже незабаром вибухнув дуже небезпечний для Агріппи скандал з професійними викладачами, які проповідували проти Агріппи з кафедри.
Будучи радником з правових питань при мирового суддю в Меці, Агріппа зіграв дуже важливу роль під час знаменитого суду над відьмою, який відбувся в 1519 році. Він захищав жінку, обвинувачену в чаклунстві і, в результаті, увійшов в зіткнення з Інквізицією. Жінку звинувачували з тієї причини, що її мати вважали відьмою, а укладення договору з дияволом вважали справою спадковим. Однак Агріппа стверджував, що таїнство хрещення сильніше, ніж договір з дияволом. Він неявним чином викрив інквізитора не тільки в діях всупереч людської пристойності, але також і в тому, що він імпліцитно заперечує хрещення як таїнство, таким чином висловлюючи єретичні погляди. Не дивлячись на те, що Агріппа досяг успіху в порятунку життя обвинуваченої, його конфлікт з домініканськими владою зробили його положення в Меці хитким, і він змушений був залишити місто.
Агріппа переїхав разом зі своєю дружиною і дитиною в Кельн, де жив протягом року, очевидно не маючи постійної роботи. Тут його дружина захворіла і невдовзі померла, ймовірно під час поїздки разом зі своїм чоловіком в Женеву, де царю оселився і працював лікарем. Він знову одружився декількома місяцями по тому, на жінці з Женеви, яка народить йому шість дітей. Вони вирушили в Фрібур на початку 1523-го року, де Агріппа продовжував працювати лікарем і здобув велике визнання як вельми прогресивний мислитель.
Нарешті, Агріппа написав передмову до роботи цистерцианского ченця Годешалькуса Монкордіуса (Godeschalcus Moncordius), в якому він протиставляв методи цистерцианцев методам домініканських ченців.
В іншій своїй великій роботі, «De incertitudine», Агріппа прагнув показати відносність всього людського знання, він порівнює його зі словом Божим, яке є єдиною підставою справжньою впевненості, роблячи різкі випади стосовно всіх наук і мистецтв. Повторюючи мови «Encomium Moriae» (лат. «Похвала глупоті») Еразма Роттердамського, Агріппа висміює різні вірування, шкодуючи про те, що забобони зруйнували первісну чистоту Християнської Церкви. Цю роботу невірним чином витлумачили як відроджує грецький скептицизм. Однак насправді метою Агріппи була побудова нової концепції віри, заснованої на божественне одкровення більш, ніж на церковному тлумаченні, а також показання сліпоти і зарозумілості теологів-схоластів. Біблія повинна була знову зайняти провідну позицію в Християнській вірі і християнській релігійній практиці. Марк ван дер Поль відніс Агриппу до послідовників цистерцианских традиції, він показав, що трактат «De incertitudine» можна вважати кульмінацією боротьби Агріппи проти теологів-схоластів. Розгорілися великі наукові дебати щодо уявного протиріччя між захистом окультних наук, яку Агріппа робить в творі «Оккультная Філософія», і його описом наук людських як «марних і неточних» в «De incertitudine». Однак це протиріччя може бути дозволено через визнання того факту, що Агріппа гостро розмежовував розум і віру: він критикував схоластів за їх ігнорування цього розрізнення, у зв'язку з чим вони плутають вивчення створених речей з вивченням речей божественних. Вплив Божественного одкровення у Святому Письмі неможливо зрозуміти через судження наших почуттів, через розуміння нашого розуму, через докази за допомогою силогізмів, за допомогою будь-якої з наук, будь-яких спекуляцій, в загальному, за допомогою будь-яких сил людських. Це можливо зробити лише через віру в Ісуса Христа, «яка виливається в нашу душу від Бога Отця за посередництвом Святого Духа» (De incertitudine, in Opera, 299). Божественні речі не є предмет для дискусій, це предмет віри. Навпаки, нам дозволено «філософствувати, дискутувати і робити висновки за допомогою нашого інтелекту щодо всіх речей створених», якщо ми вкладаємо в них свою віру і не покладаємо на них свою надію (De originale peccato, in Opera, 553). З цієї точки зору ми розуміємо, яким чином окультні науки можуть бути законним предметом для вивчення, навіть в тому випадку, якщо їх вважати «марними і неточними», і яким чином вони можуть стати підставою для абсолютної релігійної впевненості. Відповідно, твір «Оккультная Філософія» завершується міркуванням про те, як жити релігійним життям, і за те удостоюватися божественних одкровень.
Як писав П'єр Байло в своєму «Словнику» ( «Dictionnaire»), не дивлячись на свої великі пізнання, Агріппа був визнаний «malheureux» (фр. «Нікчемним людиною»), оскільки був дуже цікавий, він був виконаний духу свободи, а його настрою відрізнялися непостійністю. Постійно здійснюючи подорожі, здається, він дійсно відповідав духу епохи Ренесансу. Сумно, проте й не дивно, що цей мислитель з плином століть став відомий більш як маг. Через досить амбівалентне позиції Агріппи по відношенню до різних релігійних і інтелектуальних поглядам, які були головними в його час, а також з-за дуже неясною комбінації магії і скепсису в пошуках істини, він став дуже приваблює до себе увагу представником епохи Ренесансу. У будь-якому випадку, «Оккультная Філософія» Агріппи вважається традиційним компендіумом по магії епохи Ренесансу, які надали надзвичайний вплив на подальший розвиток магічною і езотеричної традиції.