Республіка Марій Ел розташована на сході Східно-Європейської рівнини в середній частині басейну річки Волга. Республіка Марій Ел входить до складу Приволзького федерального округу. На півночі, північному сході і сході Марій Ел межує з Кіровської областю, півдні і південному сході з Республікою Татарстан і Республікою Чувашія, на заході і північному заході - з Нижегородської областю. З півдня на північ республіка простягається на 150 км, а в найвужчому місці на 60 км. Довжина кордонів перевищує 1200 км.
Західну частину лівобережжя займає болотиста Марійська низовина. На заході республіки Волга приймає великий приплив - Ветлугу. На схід від по низовини протікають ліві притоки Волги, що беруть початок на південних схилах Вятський увалов: Мала Кокшага з притоками Малий Кундиш і Велика Ошла, Велика Кокшага з припливом Великий Кундиш, Рутка. В їх долинах багато лісових озер.
Східна частина території розташована в межах Вятський увалов (висота до 275 м), тут зустрічаються карстові форми рельєфу, поверхню розчленована долинами річок і ярами. Серед них річки басейну Вятки: Немда з притоками Лаж, Толмань, Шукшан і ін. Буй, Уржумка, Шошма; ліва притока Волги Ілеть з притоками Шора, Іровка і Юшут. Протяжність судноплавних шляхів в межах акваторії республіки становить 335 км, у т.ч. по річці Волзі - 230 км, по річці Ветлузі - 105 км. На Волзі в межах республіки розташовані Чебоксарське і Куйбишевське водосховища.
Марій Ел розташована в подтаёжной зоні. Грунти переважно дерново-підзолисті, болотні, сірі лісові. Змішані ліси (сосна, ялиця, ялина, береза) займають понад 50% території (в основному на заході і в центральних районах). По річкових долинах - дубово-липові ліси. Флора республіки налічує більше 1400 видів рослин, більш ніж 500 пологів, 114 родин. У Червоній книзі республіки наведені дані про 107 видах рідкісних і зникаючих рослин. У тваринному світі Збереглися вовк, бурий ведмідь, лисиця, лось, рись, бобер, кріт та ін. Борова і водоплавна птиця.
На території Марій Ел знаходяться національний парк Марій Чодрі, заповідник Велика Кокшага. Марій Чодрі розташований в басейні річки Ілеть (ліва притока Волги). Площа 36,6 тис. Га. Охоплює частину Марійський-Вятського вала, розчленованого на кулясті височини (Кленова гора та ін.). Багато старичні озера містять лікувальні грязі.
У рослинному покриві - хвойно-широколистяні ліси. На підвищених ділянках поширені дубняки з кленом, липою, ялиною, в долинах - змішані ліси з ялини, сосни, липи, дуба, клена, осики, в'яза, а також заплавні діброви. Зустрічаються сосняку за участю осики, берези, ялини. Незначні площі зайняті низинними трав'яними болотами. Близько 50 видів рослин відносяться до рідкісних для флори Марійській Республіки.
З тварин найбільш розповсюджені лось, білка, бурундук, заєць-русак, ласка, горностай, лісовий тхір, лісова куниця, є бобер (реаккліматезірован), видра. З тетеревиних птахів зустрічаються тетерев, глухар, рябчик, з денних - канюк, яструб великий, чорний шуліка, залітає беркут. На озерах гніздяться кряква, чирянка мала.