Таємна експедиція при Уряді сенаті
Однак, ставши імператрицею, вона швидко забула свої думки щодо гласності при розслідуванні найважливіших злочинів і, як і її попередники, знову зробила ставку на таємний орган держбезпеки, замаскований на цей раз від сторонніх очей. Пізніше, в законодавчій записці про майбутній устрій Російської імперії, Катерина II так сформулювала свою думку з приводу функцій даного органу. Таємна експедиція, на її переконання, по-перше, повинна збирати відомості «про всі злочини супроти правління» і, по-друге, «велить злочинців имать під варту і збере всі обставини», тобто здійснює арешт зловмисників і проводить розслідування за їхніми справами. Дослідник проблеми Н.Б. Голікова так оцінює результати проведеної імператрицею реорганізації: «Передача Таємної експедиції в ведення генерал-прокурора забезпечувала органам політичного розшуку максимальну централізацію, незалежність від інших установ і збереження найбільш повної секретності при розслідуванні політичних процесів». Не слід думати, що замаскований орган держбезпеки був підпорядкований власне Сенату як вищого державного закладу, при якому він формально числився. Як і раніше, структура політичного розшуку знову замикалася безпосередньо на персоні самодержця, на цей раз завдяки посередництвом генерал-прокурора Сенату, який грав, за великим рахунком, роль передавальної ланки.
Як свідчать джерела, Катерина II дійсно знала толк в політичному розшуку і особисто вникала в усі тонкощі того, «що до Таємної стосується». Причина подібного пристрасті імператриці цілком з'ясовна, оскільки влада її спочатку була особливо міцна. Це згодом час правління Катерини стало сприйматися дворянством як щасливий «золотий вік», а спочатку воно далеко не одностайно визнало її право на владу. Частина дворян взагалі хотіла бачити на престолі малолітнього сина Катерини II Павла, причому повноліття останнього дало новий поштовх таким настроям. Через два роки після воцаріння Катерини офіцер В. Мирович спробував здійснити державний переворот і звільнити ув'язненого в Шліссельбурзькій фортеці Іоанна Антоновича, також мав всі права на корону, оскільки після смерті Анни Іоанівни саме він був проголошений імператором. Раптова смерть чоловіка Катерини Петра III була більш ніж підозріла навіть для непосвячених і закономірно породила чутки про те, що законний імператор живий, але десь ховається. Подібні настрої призвели до появи цілого ряду самозванців, які несли в собі величезну потенційну загрозу невірної дружини. «Золотий вік» дворянства обернувся для селян подальшим посиленням кріпосного гніту, на що відповіддю стала остання грандіозна селянська війна 1773-1775 рр. під проводом О. Пугачова, який також оголосив себе імператором Петром III. Розслідуванням причин повстання, що потряс самі підвалини Російської імперії, також займалася держбезпека. Оскільки особисте життя імператриці була вельми далека від аскетизму, то численні чутки, плітки, жарти і примовки, що ходили з цього приводу в народі, також складали предмет неослабної інтересу політичного розшуку. І це були лише деякі причини, які спонукали Катерину II зберігати спеціальний орган для здійснення цього специфічного виду державної діяльності.
Переважна більшість справ, за якими вів слідство цей «новий-старий» орган держбезпеки, як і раніше, були так чи інакше пов'язані з «першими двома пунктами» указів 1715 і 1730 рр. Через Таємну експедицію пройшли в основному розгляду по всім політичним процесам того часу. Що був формально главою Експедиції генерал-прокурор Сенату А.І. Глєбов особисто доповідав про її діяльність імператриці, від якої отримував вказівки, і, крім неї, не був зобов'язаний звітувати з цих питань ні перед ким. У 1764 р Катерина змістила А.І. Глібова і призначила генерал-прокурором князя А.А. В'яземського. Фактично ж політичним розшуком в імперії керував обер-секретар Експедиції С.І. Шешковський, беззмінно займав цю посаду протягом цілих 30 років.
Звуження сфери застосування тортур постаралися заповнити дією релігії. Для отримання правдивих показань з обвинуваченим, так само як і з донощиком, на початку слідства розмовляв тюремний священик Петропавлівської фортеці, чиї дії стали називатися «напучування священиче». Найважливішою метою слідчих як в рясах, так і в партикулярному плаття було домогтися від допитуваного не тільки щиросердного зізнання, а й каяття у скоєному. Каяття під загрозою застосування тортур в разі упорствованія швидко перетворилося у вищу форму визнання під впливом релігійного почуття. Широкому впровадженню його в слідчу практику в чималому ступені сприяла і показна набожність С.І. Шешковского, що відзначається сучасниками. При цьому стало ритуалом каяття надзвичайно спрощувало розшук, роблячи непотрібним не тільки докази і докази, а й тортури як спосіб отримання зізнань. Катувати до Катерининської епоху дійсно стали не так часто, однак сенатське постанову від 15 травня 1767 р вказувало, що «тортури ж робити, якщо ж зі вмовляння не визнаються». Остаточно катування були скасовані Олександром I лише в 1801 р
Після смерті Катерини II в 1796 р на престол вступив її син Павло I. Матері своєї він не любив і багато зі своїх починань, будучи імператором, проводив в пику колишньої політики. Хоча новий імператор і звільнив з ув'язнення і заслання цілий ряд зазнали переслідувань за Катерині II з політичних мотивів осіб, проте Таємна експедиція була залишена в недоторканності. Підлеглий генерал-прокурора П.Х. Обольянінова, фаворита Павла, чиновник Д.Б. Мертваго згадував про цей період: «Час це було найжахливіше. Государ був на багатьох у підозрі. Знатних сановників майже щодня відставляли від служби і засилали на життя в села. Государ зайнявся справами церковними, переслідував розкольників, розбирав підставу їх секти, багатьох брали в Таємну експедицію, голили їм бороди, били і відправляли на поселення. Словом, щоденний жах. Начальник мій став інквізитором, все йшло через нього. Серце боліло, слухаючи шепотіння, і радий би не знати того, що розповідають ». Вже на самому початку правління Павла I була зроблена спроба розгляду письмових доносів самим царем. Підозрілий навіть до найближчого свого оточення, імператор наказав повісити на стіні Зимового палацу спеціальний ящик, куди кожен бажаючий міг покласти повідомлення для государя. Нікому не довіряючи цієї відповідальної місії, цар щораз власноруч відкривав ящик і забирав кореспонденцію. Правда, незабаром Павлу I довелося відмовитися від цієї затії - в ящик стали кидати лайливі листи і памфлети проти нього самого. Шпигуноманія доходила до крайніх меж. Граф Е.Ф. Комаровський згадував, що якось раз в бесіді з ним Павло I сказав, «що все проти нього, тобто імператриця і спадкоємець, що він оточений шпигунами ». Імператор, за словами князя А. Чарторийський, з самого моменту сходження на престол зі страхом передчував майбутній палацовий переворот. Передчуття не обдурили Павла, і, незважаючи на всі запобіжні заходи, переворот все-таки відбувся.