У переважній більшості випадків живлення водних тварин відбувається екзогенно і набагато рідше - ендогенно, коли їжа не надходить із зовнішнього середовища. Для личинок багатьох безхребетних і риб характерно змішане харчування, при якому протягом певного часу молодь харчується залишком жовтка і шляхом захоплення корму ззовні. Ендогенне харчування відбувається за рахунок використання речовин власного тіла і тих, які утворюються в симбіотичних водоростях, що поселяються всередині гідробіонтів. Споживання речовин власного тіла спостерігається під час ембріонального розвитку і в постембріональпий період, коли тварина не може добувати їжу (голодування) або знаходиться в фізіологічному стані, що виключає харчування (сплячка, анабіоз, деякі стадії метаморфоза і ін.). Одні тварини здатні існувати без їжі місяці і навіть роки, інші - дні або тільки годинник. П'явка Hirudomedicinalls може голодувати 800 днів. Всього кілька годин обходяться без їжі ветвістоусие рачки.
Порівняно часто у гідробіонтів спостерігається ендогенне харчування за рахунок симбіонтів. Симбіотичні водорості зоохлорелли (Chlarella, Cartcria) і зооксантелли різні Cryptomonadina і Chrysomonadina) знайдені майже у всіх найпростіших. Харчування за рахунок симбіонтів зустрічається у багатьох гідр, актиній, коралів; у деяких з них (Prionastrea) зникає навіть просвіт між перегородками і екзогенне харчування, мабуть, зовсім виключено.
Екзогенне харчування гідробіонтів в основному носить голозойним характер, але нерідко буває осмотическим. Всмоктуючи через поверхню тіла продукти перетравлення їжі, харчуються всі погонофори. «Кожне» травлення з наступною епідермальній абсорбцією його продуктів зустрічається у морських їжаків, офіур і морських зірок. Розрізняють такі способи харчування:
- Заковтування грунту і збирання детриту. Здатність харчуватися грунтом з використанням знаходяться в ньому мертвого органічної речовини, бактерій та інших дрібних організмів властива дуже багатьом представникам бентоса.
- Збирання детриту на поверхні грунту багато тварин, що ведуть як рухливий, так і нерухомий спосіб життя. За допомогою щупалець або хоботків з війчастими борозенками організми захоплюють на поверхні грунту частки детриту і транспортують їх до ротового отвору. Так харчуються, наприклад, поліхети Chaetopterustipicus. До цієї ж групи збирачів детриту відносяться багато двостулкові молюски родин Nuculidae, Ledidae і Tellinidae.
- Соскребания обростань з твердих субстратів властиво головним чином брюхоногим молюскам
Фільтрація. Відфільтровування їжі з води може бути пасивним і активним. У першому випадку тварини фільтрують їжу, принесену природним струмом води. Так, ручейник Polycentropus живе в будиночку, який представляє собою мішок з шовковистих ниток, звернений відкритим кінцем проти течії. У мішок-мережу плином заносяться харчові частинки, зокрема водорості, які в міру накопичення з'їдаються личинкою. Подібна, трохи складніше влаштована спритна воронка є у ручейників Neurecltpsis і Hydropsyche.
У морях пасивна фільтрація широко розвинена у донних форм, що мешкають в зоні припливів-течій.
До активних фільтраторів відносяться тварини, які самі проганяють воду крізь відціджують апарат. Наприклад, вусаті кити мають в своїй пащі до 300 поперечних рядів рогових пластинок, звисають з неба до самого її дна з боків мови. Вода профільтровивается крізь бахрому ниток і на ній залишаються рачки, якими харчується тварина.
Серед риб до активних фільтраторів відносяться атлантичний оселедець, каспійський пузанок, товстолобик, тюлька, ряпушка, снеток, уклея і багато інших, відціджують їжу за допомогою зябрового апарату. З нижчих хордових дуже зроблений фільтрувальний апарат у аппендікулярій.
Дуже численні фильтратори серед ракоподібних. У ветвістоусих рачків сімейства Daphnidae, Bosminidae і Chydoridae фільтруючий апарат працює подібно насосу.