До хімічних забруднювачів відносяться природні токсичні речовини (мікотоксини і морські токсини), забруднюючі речовини навколишнього середовища (ртуть, свинець, радіонукліди та діоксини). Під забруднювачами іноді розуміють і природні хімічні речовини, що містяться в рослинах, наприклад глікоалкалоіди картоплі.
Коли мова йде про хімічні небезпеки, у багатьох випадках ефект важко пов'язати зі специфічним продуктом. На склад їжі впливають токсичні метали, привнесені водою і кислотними дощами, і більше 80 000 промислових хімікатів.
Хімічне забруднення може позначитися на здоров'ї після єдиного випадку впливу або, частіше, після тривалого впливу.
Хімічне забруднення надає мутагенний, канцерогенний і тератогенний ефекти на здоров'я людини. Зокрема, при оцінці канцерогенності речовини допустимий рівень визначають як рівень, при якому ймовірність раку збільшується на один випадок на мільйон, якщо вплив триває протягом усього життя.
В рамках міжнародної програми GEMS / Food - Глобальної системи моніторингу навколишнього середовища, - яка діє з 1976 р уряди різних країн, громадські організації і широка публіка отримують інформацію про рівні та тенденції накопичення забруднювачів в їжі і їх вплив на здоров'я людей і торгівлю.
В рамках Codex управління потенційно небезпечними хімікатами в харчових продуктах делеговано комітетам по харчовим добавкам і забруднювачів і по залишках пестицидів.