Через два дні після злочину президент Володимир Путін скликав у своїй сочинській резиденції нараду з питань боротьби зі злочинами в економічній сфері. «Андрій Андрійович [Козлов] працював на одному з найгостріших ділянок, він працював з так званими проблемними банками. Тим часом використання банківських інститутів для кримінальних цілей, на жаль, триває, і ми з вами є свідками переведення в готівку мільярдів рублів щомісяця в країні », - констатував він. А генеральний прокурор Юрій Чайка після наради, відповідаючи на питання про хід розслідування вбивства, сказав: «Те, що стосується його [Козлова] професійної діяльності, - це основна робоча версія бо ця людина дійсно стояв на сторожі закону: здійснював функцію нагляду за законністю діяльності банківської системи Російської Федерації. Причому людина, як його характеризують, безкомпромісний, людина порядна, людина, яка дорожив своєю репутацією як професіонал високого рівня. Тому ми працюємо перш за все над цією версією, оскільки на даний момент вважаємо, що вона головна ».
У свідченнях Ігнатьєва і Мельникова згадуються також Торгово-інвестиційний банк, «Белком», «Німан», ТФК - всі ці банки, за їхніми даними, були пов'язані з «Дисконтом» і керувалися однією або двома групами людей. Версія про те, що замовниками вбивства першого заступника голови ЦБ були бенефіціари цієї банківської групи, була однією з основних. Однак, вийшовши на виконавців вбивства і ланцюжок посередників в організації вбивства Козлова, наслідок відкинуло першу версію як неспроможну, пояснює старший слідчий з особливо важливих справ СКП Валерій Хомицький, який керував слідчою групою.
На думку слідчого, банкір пішов на злочин через те, що в своїх розглядах з ЦБ і Козловим дійшов до крайньої точки: «Або вбивати, або жити чесно - така ось альтернатива. Його партнерами по бізнесу були досить-таки важливі люди, в матеріалах справи це є (про кого йде мова, Хомицький відмовився повідомити. - «Ведомости»). Але це не означає, що його хтось підштовхував до вбивства, це було його власне рішення ». Багато в чому воно пояснюється особливостями характеру Френкеля, хоча він і при здоровому глузді, додає слідчий. Про характер банкіра за час слідства звучали суперечливі відгуки. Його колишній викладач на економічному факультеті МГУ, депутат Держдуми Павло Медведєв згадував про нього як про «тихоні», який «куща боїться», і сумнівався, що той здатний організувати вбивство. А ось однокурсники-банкіру він запам'ятався як мстивий, злопам'ятний і зарозумілий чоловік. Відразу після затримання Френкеля один з його знайомих заявив "Ведомостям": «Френкель дуже своєрідний. Він рідко зупинявся при реалізації задуманого. І був вкрай зол на Козлова, який підірвав його бізнес ». Президент Московської міжнародної валютної асоціації (ММВА) Олексій Мамонтов, в цілому симпатизує Френкелю, визнає, що для того idee fixe стало прагнення перемогти ЦБ в суді. Тим часом в ЦБ завжди, а при Козлові особливо дуже болісно реагували на судові перемоги банкірів над Банком Росії, додає Мамонтов.
Після затримання Френкель через свого батька передав Мамонтову, що той може розпоряджатися наявними у нього матеріалами на свій розсуд, і президент ММВА передав їх в «Коммерсант». «Все називали ці матеріали« листами Френкеля », хоча це, звичайно, ніякі не листи з-за ґрат - я їх і раніше розсилав по різних ЗМІ, тільки ось до арешту ними ніхто не цікавився», - пояснює він.